中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis),是雜食性水生動(dòng)物,也是我國(guó)重要的水產(chǎn)養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)動(dòng)物。生物體內(nèi)外的微生物在生物生長(zhǎng)發(fā)育以及其他重要的生命活動(dòng)中起到不容忽視的作用。但到目前為止對(duì)于中華絨螯蟹體內(nèi)外微生物多樣性的研究并不多。為了進(jìn)一步了解中華絨螯蟹體內(nèi)外的微生物多樣性,同時(shí)為了給中華絨螯蟹的優(yōu)質(zhì)養(yǎng)殖研究提供一條新思路,本文采集了上海周邊養(yǎng)殖場(chǎng)中華絨螯蟹腸道和鰓以及飼養(yǎng)環(huán)境中的池水、底泥和水草樣品,利用核酸提取、文庫(kù)DNA構(gòu)建、高通量測(cè)序等技術(shù)對(duì)樣品中的宏基因組進(jìn)行了測(cè)序,并對(duì)測(cè)序后的數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析,得到的結(jié)果如下:1.上海郊區(qū)8個(gè)養(yǎng)殖場(chǎng)中華絨螯蟹微生物多樣性分析:8個(gè)上海郊區(qū)的養(yǎng)殖場(chǎng)中中華絨螯蟹中鰓的主要菌種為變形菌門(mén)(Proteobacteria)、放線菌門(mén)(Actinobacteria)、擬桿菌門(mén)(Bacteroidetes)、厚壁菌門(mén)(Firmicutes)和Saccharibacteria門(mén)。腸道中的優(yōu)勢(shì)物種為變形菌門(mén)、厚壁菌門(mén)、柔膜菌門(mén)(Tenericutes)、擬桿菌門(mén),部分池塘還存在放線菌門(mén)和Saccharibacteria門(mén)的生物,與鰓相比少了柔膜菌...

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中華絨螯蟹養(yǎng)殖現(xiàn)狀
    1.2 水生動(dòng)物微生物多樣性研究現(xiàn)狀
        1.2.1 微生物在養(yǎng)殖池塘中的作用
        1.2.2 魚(yú)類(lèi)微生物多樣性研究進(jìn)展
        1.2.3 甲殼動(dòng)物微生物多樣性研究進(jìn)展
    1.3 微生物多樣性研究方法
        1.3.1 傳統(tǒng)分離培養(yǎng)
        1.3.2 電子顯微研究
        1.3.3 泛基因組研究
    1.4 測(cè)序技術(shù)的發(fā)展
        1.4.1 一代技術(shù)——熒光標(biāo)記桑格法
        1.4.2 二代技術(shù)——循環(huán)陣列合成序列
    1.5 研究目的與意義
第二章 上海郊區(qū)8家養(yǎng)殖場(chǎng)中華絨螯蟹微生物多樣性分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 樣品采集
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.1.3 實(shí)驗(yàn)方法
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 測(cè)序基本數(shù)據(jù)
        2.2.2 中華絨螯蟹微生物結(jié)構(gòu)分析
        2.2.3 Alpha多樣性分析
        2.2.4 PCA分析
        2.2.5 組間差異顯著性檢測(cè)
        2.2.6 群落Heatmap圖
    2.3 小結(jié)與討論
第三章 藍(lán)藻爆發(fā)對(duì)中華絨螯蟹微生物多樣性的影響
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法
        3.1.1 樣品采集
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        3.1.3 實(shí)驗(yàn)方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 測(cè)序基本數(shù)據(jù)分析
        3.2.2 中華絨螯蟹微生物結(jié)構(gòu)分析
        3.2.3 Alpha多樣性分析
        3.2.4 OTU分布韋恩圖
        3.2.5 NMDS分析
        3.2.6 組間差異檢測(cè)
    3.3 結(jié)果與討論
第四章 不同飼料喂養(yǎng)對(duì)中華絨螯蟹微生物菌群的影響
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料及方法
        4.1.1 樣品采集
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        4.1.3 實(shí)驗(yàn)方法
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 樣本基本數(shù)據(jù)
        4.2.2 測(cè)序基本數(shù)據(jù)
        4.2.3 樣本菌群結(jié)構(gòu)分析
        4.2.4 Alpha多樣性
        4.2.5 OTU分布韋恩圖
        4.2.6 NMDS分析
        4.2.7 組間差異顯著性檢驗(yàn)
        4.2.8 樣品層級(jí)聚類(lèi)分析
    4.3 小結(jié)與討論
小結(jié)
參考文獻(xiàn)
致謝



本文編號(hào)：3763972