中華絨螯蟹(Eriocheir sinensis),是雜食性水生動物,也是我國重要的水產(chǎn)養(yǎng)殖經(jīng)濟動物。生物體內(nèi)外的微生物在生物生長發(fā)育以及其他重要的生命活動中起到不容忽視的作用。但到目前為止對于中華絨螯蟹體內(nèi)外微生物多樣性的研究并不多。為了進一步了解中華絨螯蟹體內(nèi)外的微生物多樣性,同時為了給中華絨螯蟹的優(yōu)質(zhì)養(yǎng)殖研究提供一條新思路,本文采集了上海周邊養(yǎng)殖場中華絨螯蟹腸道和鰓以及飼養(yǎng)環(huán)境中的池水、底泥和水草樣品,利用核酸提取、文庫DNA構建、高通量測序等技術對樣品中的宏基因組進行了測序,并對測序后的數(shù)據(jù)進行生物信息學分析,得到的結果如下:1.上海郊區(qū)8個養(yǎng)殖場中華絨螯蟹微生物多樣性分析:8個上海郊區(qū)的養(yǎng)殖場中中華絨螯蟹中鰓的主要菌種為變形菌門(Proteobacteria)、放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、厚壁菌門(Firmicutes)和Saccharibacteria門。腸道中的優(yōu)勢物種為變形菌門、厚壁菌門、柔膜菌門(Tenericutes)、擬桿菌門,部分池塘還存在放線菌門和Saccharibacteria門的生物,與鰓相比少了柔膜菌...

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中華絨螯蟹養(yǎng)殖現(xiàn)狀
    1.2 水生動物微生物多樣性研究現(xiàn)狀
        1.2.1 微生物在養(yǎng)殖池塘中的作用
        1.2.2 魚類微生物多樣性研究進展
        1.2.3 甲殼動物微生物多樣性研究進展
    1.3 微生物多樣性研究方法
        1.3.1 傳統(tǒng)分離培養(yǎng)
        1.3.2 電子顯微研究
        1.3.3 泛基因組研究
    1.4 測序技術的發(fā)展
        1.4.1 一代技術——熒光標記桑格法
        1.4.2 二代技術——循環(huán)陣列合成序列
    1.5 研究目的與意義
第二章 上海郊區(qū)8家養(yǎng)殖場中華絨螯蟹微生物多樣性分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 樣品采集
        2.1.2 實驗儀器
        2.1.3 實驗方法
    2.2 結果與分析
        2.2.1 測序基本數(shù)據(jù)
        2.2.2 中華絨螯蟹微生物結構分析
        2.2.3 Alpha多樣性分析
        2.2.4 PCA分析
        2.2.5 組間差異顯著性檢測
        2.2.6 群落Heatmap圖
    2.3 小結與討論
第三章 藍藻爆發(fā)對中華絨螯蟹微生物多樣性的影響
    3.1 實驗材料與方法
        3.1.1 樣品采集
        3.1.2 實驗儀器
        3.1.3 實驗方法
    3.2 結果與分析
        3.2.1 測序基本數(shù)據(jù)分析
        3.2.2 中華絨螯蟹微生物結構分析
        3.2.3 Alpha多樣性分析
        3.2.4 OTU分布韋恩圖
        3.2.5 NMDS分析
        3.2.6 組間差異檢測
    3.3 結果與討論
第四章 不同飼料喂養(yǎng)對中華絨螯蟹微生物菌群的影響
    4.1 實驗材料及方法
        4.1.1 樣品采集
        4.1.2 實驗儀器
        4.1.3 實驗方法
    4.2 結果與分析
        4.2.1 樣本基本數(shù)據(jù)
        4.2.2 測序基本數(shù)據(jù)
        4.2.3 樣本菌群結構分析
        4.2.4 Alpha多樣性
        4.2.5 OTU分布韋恩圖
        4.2.6 NMDS分析
        4.2.7 組間差異顯著性檢驗
        4.2.8 樣品層級聚類分析
    4.3 小結與討論
小結
參考文獻
致謝



本文編號：3763972