乳酸乳球菌乳酸亞種（Lactococcus lactis subsp.lactis,L.lactis subsp.lactis）是發(fā)酵乳制品加工最常用的發(fā)酵劑菌種之一,具有較高的經(jīng)濟價值。DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)可影響細菌的生理活動,進而影響細菌的表型特征。而關于L.lactis subsp.lactis DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)與重要生產(chǎn)特性的相關性研究鮮有報道。故解析L.actis subsp.lactis的DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)多樣性以及DNA甲基化組對菌株表型的影響對于L.lactis subsp.lactis的開發(fā)利用意義重大。本研究以發(fā)酵特性（產(chǎn)酸能力、蛋白水解能力和產(chǎn)粘能力）存在較大差異的23株L.lactis subsp.lactis為研究對象,通過PacBio SMRT測序技術分析了L.lactis subsp.lactis的DNA甲基化和限制修飾系統(tǒng)多樣性,并探究了 DNA甲基化組對菌株表型的影響。主要研究結果如下:（1）本研究完成了 23株自然發(fā)酵乳L.lactis subsp.lactis分離株的基因組完成圖,發(fā)現(xiàn)菌株間具有較高的核苷酸一致性（AN... 

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【學位級別】：碩士

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摘要
Abstract
縮略語表
1 引言
    1.1 乳酸乳球菌乳酸亞種
        1.1.1 乳酸乳球菌乳酸亞種的概述
        1.1.2 乳酸乳球菌的應用價值
    1.2 比較功能基因組學
    1.3 表觀遺傳學
        1.3.1 表觀遺傳學研究內(nèi)容
        1.3.2 DNA甲基化
        1.3.3 限制修飾系統(tǒng)
        1.3.4 細菌DNA甲基化的研究現(xiàn)狀
        1.3.5 DNA甲基化對基因表達的調(diào)節(jié)作用
    1.4 測序技術
        1.4.1 第一代和第二代測序技術
        1.4.2 第三代測序技術
        1.4.3 第三代測序技術在DNA甲基化方面的應用
    1.5 研究目的及意義
        1.5.1 研究目的
        1.5.2 研究內(nèi)容
2 材料與方法
    2.1 實驗菌株
    2.2 實驗試劑
    2.3 儀器設備
    2.4 實驗方法
        2.4.1 菌株活化鑒定與擴培
        2.4.2 DNA提取
        2.4.3 DNA的純化、質(zhì)量評估與修復
        2.4.4 基因組建庫上機
        2.4.5 PacBio SMRT測序及基因組組裝
        2.4.6 ANI與TNI分析
        2.4.7 Pan-core基因組分析
        2.4.8 基因組圈圖繪制
        2.4.9 基因組功能注釋
        2.4.10 甲基化分析
        2.4.11 REBASE注釋
        2.4.12 功能基因的甲基化分析
        2.4.13 統(tǒng)計分析和作圖
3 結果與分析
    3.1 乳酸乳球菌亞種的基因組基本特征
    3.2 乳酸乳球菌亞種的核心-泛基因分析
        3.2.1 泛基因分析
        3.2.2 核心基因分析
        3.2.3 附屬基因分析
    3.3 乳酸乳球菌亞種的功能注釋
        3.3.1 RAST注釋結果
        3.3.2 COG注釋結果
        3.3.3 KEGG注釋結果
    3.4 乳酸乳球菌乳酸亞種的甲基化基本信息
        3.4.1 甲基化基序
        3.4.2 基序類型
        3.4.3 基序甲基化比率
        3.4.4 甲基化基序數(shù)量
    3.5 乳酸乳球菌乳酸亞種的限制修飾系統(tǒng)
        3.5.1 限制修飾酶特點
        3.5.2 甲基化轉移酶的系統(tǒng)發(fā)育樹
        3.5.3 甲基轉移酶基因簇
        3.5.4 甲基轉移酶與基序的對應
    3.6 甲基化位點的分布
    3.7 甲基化對功能基因影響
        3.7.1 ldh甲基化
        3.7.2 關鍵功能基因的甲基化位點分布
        3.7.3 功能基因甲基化與表型的相關性分析
4 討論
5 結論
致謝
參考文獻
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
[1]具有優(yōu)良發(fā)酵特性乳酸乳球菌乳酸亞種的篩選[D]. 任敏.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2019
[2]自然發(fā)酵乳中乳酸乳球菌乳酸亞種群體遺傳學和功能基因組學研究[D]. 李偉程.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2019
[3]基于全基因組測序的副溶血弧菌種群進化研究[D]. 楊獻偉.中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院 2015



本文編號：3725239