發(fā)布時(shí)間：2022-12-23 18:47

　　乳酸乳球菌乳酸亞種（Lactococcus lactis subsp.lactis,L.lactis subsp.lactis）是發(fā)酵乳制品加工最常用的發(fā)酵劑菌種之一,具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)可影響細(xì)菌的生理活動(dòng),進(jìn)而影響細(xì)菌的表型特征。而關(guān)于L.lactis subsp.lactis DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)與重要生產(chǎn)特性的相關(guān)性研究鮮有報(bào)道。故解析L.actis subsp.lactis的DNA甲基化組和限制修飾系統(tǒng)多樣性以及DNA甲基化組對(duì)菌株表型的影響對(duì)于L.lactis subsp.lactis的開發(fā)利用意義重大。本研究以發(fā)酵特性（產(chǎn)酸能力、蛋白水解能力和產(chǎn)粘能力）存在較大差異的23株L.lactis subsp.lactis為研究對(duì)象,通過PacBio SMRT測(cè)序技術(shù)分析了L.lactis subsp.lactis的DNA甲基化和限制修飾系統(tǒng)多樣性,并探究了 DNA甲基化組對(duì)菌株表型的影響。主要研究結(jié)果如下:（1）本研究完成了 23株自然發(fā)酵乳L(zhǎng).lactis subsp.lactis分離株的基因組完成圖,發(fā)現(xiàn)菌株間具有較高的核苷酸一致性（AN... 

【文章頁(yè)數(shù)】：70 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 引言
    1.1 乳酸乳球菌乳酸亞種
        1.1.1 乳酸乳球菌乳酸亞種的概述
        1.1.2 乳酸乳球菌的應(yīng)用價(jià)值
    1.2 比較功能基因組學(xué)
    1.3 表觀遺傳學(xué)
        1.3.1 表觀遺傳學(xué)研究?jī)?nèi)容
        1.3.2 DNA甲基化
        1.3.3 限制修飾系統(tǒng)
        1.3.4 細(xì)菌DNA甲基化的研究現(xiàn)狀
        1.3.5 DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)的調(diào)節(jié)作用
    1.4 測(cè)序技術(shù)
        1.4.1 第一代和第二代測(cè)序技術(shù)
        1.4.2 第三代測(cè)序技術(shù)
        1.4.3 第三代測(cè)序技術(shù)在DNA甲基化方面的應(yīng)用
    1.5 研究目的及意義
        1.5.1 研究目的
        1.5.2 研究?jī)?nèi)容
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)菌株
    2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
    2.3 儀器設(shè)備
    2.4 實(shí)驗(yàn)方法
        2.4.1 菌株活化鑒定與擴(kuò)培
        2.4.2 DNA提取
        2.4.3 DNA的純化、質(zhì)量評(píng)估與修復(fù)
        2.4.4 基因組建庫(kù)上機(jī)
        2.4.5 PacBio SMRT測(cè)序及基因組組裝
        2.4.6 ANI與TNI分析
        2.4.7 Pan-core基因組分析
        2.4.8 基因組圈圖繪制
        2.4.9 基因組功能注釋
        2.4.10 甲基化分析
        2.4.11 REBASE注釋
        2.4.12 功能基因的甲基化分析
        2.4.13 統(tǒng)計(jì)分析和作圖
3 結(jié)果與分析
    3.1 乳酸乳球菌亞種的基因組基本特征
    3.2 乳酸乳球菌亞種的核心-泛基因分析
        3.2.1 泛基因分析
        3.2.2 核心基因分析
        3.2.3 附屬基因分析
    3.3 乳酸乳球菌亞種的功能注釋
        3.3.1 RAST注釋結(jié)果
        3.3.2 COG注釋結(jié)果
        3.3.3 KEGG注釋結(jié)果
    3.4 乳酸乳球菌乳酸亞種的甲基化基本信息
        3.4.1 甲基化基序
        3.4.2 基序類型
        3.4.3 基序甲基化比率
        3.4.4 甲基化基序數(shù)量
    3.5 乳酸乳球菌乳酸亞種的限制修飾系統(tǒng)
        3.5.1 限制修飾酶特點(diǎn)
        3.5.2 甲基化轉(zhuǎn)移酶的系統(tǒng)發(fā)育樹
        3.5.3 甲基轉(zhuǎn)移酶基因簇
        3.5.4 甲基轉(zhuǎn)移酶與基序的對(duì)應(yīng)
    3.6 甲基化位點(diǎn)的分布
    3.7 甲基化對(duì)功能基因影響
        3.7.1 ldh甲基化
        3.7.2 關(guān)鍵功能基因的甲基化位點(diǎn)分布
        3.7.3 功能基因甲基化與表型的相關(guān)性分析
4 討論
5 結(jié)論
致謝
參考文獻(xiàn)
作者簡(jiǎn)介


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]高通量測(cè)序中序列拼接算法的研究進(jìn)展[J]. 周衛(wèi)星,石海鶴.  計(jì)算機(jī)科學(xué). 2019(05)
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[4]長(zhǎng)鏈非編碼RNA與表觀遺傳調(diào)控[J]. 陳宇寧,熊興東.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2014(08)
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博士論文
[1]Lactobacillus casei Zhang BREX系統(tǒng)鑒定及DNA甲基化與菌株生物學(xué)特性的相關(guān)性研究[D]. 惠文彥.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019

碩士論文
[1]具有優(yōu)良發(fā)酵特性乳酸乳球菌乳酸亞種的篩選[D]. 任敏.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]自然發(fā)酵乳中乳酸乳球菌乳酸亞種群體遺傳學(xué)和功能基因組學(xué)研究[D]. 李偉程.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[3]基于全基因組測(cè)序的副溶血弧菌種群進(jìn)化研究[D]. 楊獻(xiàn)偉.中國(guó)人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2015



本文編號(hào)：3725239