非人靈長(zhǎng)類(lèi)無(wú)論是進(jìn)化特征還是生理習(xí)性都與人類(lèi)極為相似,將非人靈長(zhǎng)類(lèi)物種用于生物醫(yī)學(xué)的臨床研究和新藥物的開(kāi)發(fā)研究,不僅能夠很好地觀(guān)測(cè)到靈長(zhǎng)類(lèi)對(duì)臨床治療的反映和新藥物的治療效果,同時(shí)也避免了人類(lèi)倫理道德的相關(guān)困擾。而非人靈長(zhǎng)類(lèi)的代表物種——獼猴（Macaca mulatta）的生物進(jìn)化特征與人類(lèi)相似,可以作為檢測(cè)人類(lèi)基因突變和疾病相關(guān)性的疾病模型。1978年,印度禁止獼猴出口到世界各地的育種中心,減少了印度獼猴的可用性,隨后生物醫(yī)學(xué)研究對(duì)中國(guó)獼猴的需求增加。目前獼猴物種的演化生物學(xué)、種群遺傳學(xué)和種群基因組學(xué)等已開(kāi)展大量的科學(xué)研究,揭示了獼猴物種的演化歷史、適應(yīng)性機(jī)制和科學(xué)價(jià)值。種群基因組學(xué)已被用于鑒定與疾病相關(guān)的遺傳變異,利用種群基因組測(cè)序鑒定獼猴功能缺失突變,為建立有價(jià)值的遺傳疾病動(dòng)物模型提供理論支撐。本研究從NCBI（National Center for Biotechnology Information）上分別下載了20只中國(guó)獼猴個(gè)體和20只印度獼猴個(gè)體的基因組數(shù)據(jù),平均測(cè)序深度37.07×,基因組覆蓋率98.67%。所有數(shù)據(jù)均為成年獼猴個(gè)體,為了避免性別和年齡差異,本研究中只針對(duì)... 

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 國(guó)內(nèi)外靈長(zhǎng)類(lèi)組學(xué)的研究進(jìn)展
    1.3 靈長(zhǎng)類(lèi)介紹
    1.4 靈長(zhǎng)類(lèi)種群基因組學(xué)的研究進(jìn)展
        1.4.1 基因組學(xué)的概述
        1.4.2 基因組測(cè)序技術(shù)的原理和發(fā)展
        1.4.3 種群基因組學(xué)的概述
            1.4.3.1 種群基因組學(xué)的研究策略
            1.4.3.2 原始數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)處理
            1.4.3.3 序列比對(duì)(mapping)
            1.4.3.4 遺傳變異檢測(cè)
            1.4.3.5 群體結(jié)構(gòu)分析
            1.4.3.6 選擇信號(hào)鑒定
            1.4.3.7 群體歷史模擬
        1.4.4 靈長(zhǎng)類(lèi)種群基因組學(xué)的研究
    1.5 研究目的及意義
第二章 材料與方法
    2.1 技術(shù)路線(xiàn)與研究方法
    2.2 樣品數(shù)據(jù)采集
    2.3 全基因組遺傳變異分析
        2.3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理和變異檢測(cè)
        2.3.2 SNP的鑒定
    2.4 群體基因組學(xué)分析
        2.4.1 系統(tǒng)發(fā)育分析
        2.4.2 主成分分析
        2.4.3 群體結(jié)構(gòu)分析
        2.4.4 群體和系統(tǒng)地理歷史
        2.4.5 雜合度分析和遺傳多態(tài)性指數(shù)
        2.4.6 連鎖不平衡分析
        2.4.7 XP-EHH選擇信號(hào)計(jì)算
        2.4.8 種群受選擇信號(hào)
第三章 結(jié)果與討論
    3.1 數(shù)據(jù)收集與測(cè)序
    3.2 全基因組遺傳變異
    3.3 種群基因組學(xué)分析
        3.3.1 系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系的鑒定
        3.3.2 主成分分析
        3.3.3 群體結(jié)構(gòu)分析
        3.3.4 群體和系統(tǒng)地理歷史
        3.3.5 群體雜合度和遺傳多態(tài)性指數(shù)
        3.3.6 群體的連鎖不平衡分析
        3.3.7 XP-EHH選擇信號(hào)計(jì)算
        3.3.8 種群受選擇信號(hào)
    3.4 小結(jié)
第四章 結(jié)論與展望
    4.1 結(jié)論
    4.2 展望
附錄
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間的研究成果
聲明
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]海洋魚(yú)類(lèi)種群基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 柳瑩,高麗,馮俊榮.  生物技術(shù)通報(bào). 2016(11)
[3]非人靈長(zhǎng)類(lèi)模型[J]. 胡新天,仇子龍,顧勇,龔能,孫強(qiáng).  中國(guó)科學(xué)院院刊. 2016(07)
[4]獼猴的體檢和醫(yī)療訓(xùn)練[J]. 王巖,王明.  特種經(jīng)濟(jì)動(dòng)植物. 2016(01)
[5]植物啟動(dòng)子研究進(jìn)展[J]. 李田,孫景寬,劉京濤.  生物技術(shù)通報(bào). 2015(02)
[6]我國(guó)疾病動(dòng)物模型的研究現(xiàn)狀和展望[J]. 薛麗香,張鳳珠,孫瑞娟,董爾丹.  中國(guó)科學(xué):生命科學(xué). 2014(09)
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博士論文
[1]基于全基因組重測(cè)序技術(shù)分析水稻和菰漸滲系的基因組變異[D]. 王真慧.東北師范大學(xué) 2013

碩士論文
[1]人類(lèi)啟動(dòng)子系統(tǒng)分析及轉(zhuǎn)錄因子與剪接因子互作網(wǎng)絡(luò)分析[D]. 魏官云.內(nèi)蒙古科技大學(xué) 2014
[2]生物信息平臺(tái)構(gòu)建及序列比對(duì)算法研究[D]. 孫榮榮.西南大學(xué) 2008
[3]一個(gè)控制擬南芥小孢子發(fā)育基因的定位和雄性不育基因啟動(dòng)子的克隆[D]. 馮丹丹.上海師范大學(xué) 2008



本文編號(hào)：3683822