蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)是蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究的一個(gè)重要環(huán)節(jié),大量的新預(yù)測(cè)方法被提出的同時(shí),也不斷有新的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器出現(xiàn)。試驗(yàn)選取7種目前常用的蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)服務(wù)器:PSRSM、SPOT-1D、MUFOLD、Spider3、RaptorX,Psipred和Jpred4,對(duì)它們進(jìn)行了使用方法的介紹和預(yù)測(cè)效果的評(píng)估。隨機(jī)選取了PDB在2018年8月至11月份發(fā)布的180條蛋白質(zhì)作為測(cè)試集,評(píng)估角度為:Q3、Sov、邊界識(shí)別率、內(nèi)部識(shí)別率、轉(zhuǎn)角C識(shí)別率,折疊E識(shí)別率和螺旋H識(shí)別率七種角度。上述服務(wù)器180條測(cè)試數(shù)據(jù)的Q3結(jié)果分別為:89.96%、88.18%、86.74%、85.77%、83.61%,79.72%和78.29%。結(jié)果表明PSRSM的預(yù)測(cè)結(jié)果最好。180條測(cè)試集中,以同源性30%,40%,70%分類(lèi)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果中,PSRSM的Q3結(jié)果分別為:89.49%、90.53%、89.87%,均優(yōu)于其他服務(wù)器。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)可從結(jié)合多種深度學(xué)習(xí)方法以及使用大數(shù)據(jù)訓(xùn)練模型方向做進(jìn)一步的研究。 

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【文章目錄】：
1 PSRSM-Server
2 其他方法介紹
    2.1 Spider3
    2.2 SPOT-1D
    2.3 RaptorX
    2.4 MUFOLD
    2.5 Psipred
    2.6 Jpred4
3 結(jié)果評(píng)估
    3.1 Q3
    3.2 Sov
    3.3 邊界識(shí)別率和內(nèi)部識(shí)別率
4 結(jié) 論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)在線服務(wù)器預(yù)測(cè)評(píng)估[J]. 朱樹(shù)平,劉毅慧.  生物信息學(xué). 2019(01)



本文編號(hào)：3663275