microRNA是一類內(nèi)源性的長(zhǎng)度約為20～24個(gè)核苷酸的單鏈非編碼小RNA,具有高度進(jìn)化保守性和表達(dá)特異性,在生物體內(nèi)的各種生理和病理過(guò)程中發(fā)揮著廣泛而重要的調(diào)控作用。迄今為止,科學(xué)家已經(jīng)在動(dòng)物、植物、病毒以及真菌等生物體中檢測(cè)到了數(shù)以萬(wàn)計(jì)的microRNA,但是仍然有大量未知的microRNA等待著人們的發(fā)現(xiàn)。因此,更多新的microRNA的發(fā)現(xiàn)與識(shí)別,將有利于人們對(duì)它的功能以及它在復(fù)雜生物過(guò)程中的調(diào)控作用展開(kāi)更深層更全面的研究與分析。新的microRNA的發(fā)現(xiàn)主要有生物實(shí)驗(yàn)檢測(cè)和計(jì)算預(yù)測(cè)識(shí)別兩類方法,前者雖然更為直接準(zhǔn)確,但是其實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng),成本高,而且很難克隆特定組織、特定時(shí)期表達(dá)的microRNA。研究表明,基于計(jì)算的預(yù)測(cè)方法可以彌補(bǔ)實(shí)驗(yàn)方法的不足,近年來(lái),隨著生物信息學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)的不斷融合發(fā)展,基于機(jī)器學(xué)習(xí)的計(jì)算預(yù)測(cè)方法已成為當(dāng)前的研究熱點(diǎn)。因此,本論文以生物信息學(xué)為背景,基于機(jī)器學(xué)習(xí)中的隨機(jī)森林算法構(gòu)建了兩個(gè)計(jì)算模型,mil RNApredictor和plant Mir P-rice,分別用來(lái)預(yù)測(cè)識(shí)別真菌和水稻的microRNA,具體的研究成果概括如下:（1）milRNAp... 

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略語(yǔ)表
第1章 緒論
    1.1 課題研究背景與意義
    1.2 論文研究?jī)?nèi)容
    1.3 論文結(jié)構(gòu)安排
第2章 microRNA生物學(xué)知識(shí)及研究現(xiàn)狀
    2.1 microRNA的簡(jiǎn)介
        2.1.1 microRNA的發(fā)現(xiàn)
        2.1.2 microRNA的發(fā)生機(jī)制與特征總結(jié)
    2.2 microRNA的預(yù)測(cè)與識(shí)別研究方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.2 計(jì)算方法
    2.3 microRNA的預(yù)測(cè)研究現(xiàn)狀
        2.3.1 真菌milRNA預(yù)測(cè)研究現(xiàn)狀
        2.3.2 植物microRNA預(yù)測(cè)研究現(xiàn)狀
第3章 真菌microRNA(mil RNA)的預(yù)測(cè)
    3.1 引言
    3.2 數(shù)據(jù)集構(gòu)建
    3.3 特征提取
    3.4 算法與性能評(píng)估
        3.4.1 隨機(jī)森林算法
        3.4.2 性能評(píng)估
    3.5 結(jié)果與討論
        3.5.1 mil RNApredictor的構(gòu)建與性能評(píng)估
        3.5.2 能量特征與常用k-mer特征的比較
        3.5.3 milRNApredictor與 mirnovo的比較
        3.5.4 關(guān)鍵參數(shù)對(duì)mil RNApredictor的影響
    3.6 本章小結(jié)
第4章 水稻microRNA前體的預(yù)測(cè)
    4.1 引言
    4.2 數(shù)據(jù)集構(gòu)建
    4.3 特征提取
    4.4 結(jié)果與討論
        4.4.1 riceMirP的構(gòu)建與性能評(píng)估
        4.4.2 riceMirP與其他預(yù)測(cè)方法比較
    4.5 本章小結(jié)
第5章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3648951