發(fā)布時(shí)間：2022-04-23 07:48

　　粟酒裂殖酵母作為單細(xì)胞模式生物,在生物學(xué)基礎(chǔ)研究領(lǐng)域一直扮演著重要的角色。研究者們基于該物種開發(fā)了很多便于分子生物學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)研究的良好的遺傳操作工具,不過(guò)大部分遺傳操作技術(shù)的開發(fā)都只集中于粟酒裂殖酵母實(shí)驗(yàn)室菌株,研究者們通常也只利用實(shí)驗(yàn)室菌株探索生命體的分子機(jī)理。隨著二代測(cè)序技術(shù)的開發(fā)和普及,研究者們開始關(guān)注粟酒裂殖酵母的群體基因組學(xué)和遺傳學(xué)的應(yīng)用。他們獲得野生粟酒裂殖酵母菌株研究該物種核基因組多態(tài)性。他們的研究發(fā)現(xiàn)粟酒裂殖酵母并沒(méi)有清晰的種群結(jié)構(gòu)。我們實(shí)驗(yàn)室一直對(duì)粟酒裂殖酵母的演化歷史很感興趣,我們決定利用粟酒裂殖酵母的線粒體基因組進(jìn)一步探索該模式生物的進(jìn)化歷程。本論文從菌種保藏中心獲得了 38株粟酒裂殖酵母菌株,利用Tn5打斷基因組技術(shù)進(jìn)行全基因組建庫(kù)并進(jìn)行二代測(cè)序。同時(shí)我們下載了之前研究上傳的161株野生粟酒裂殖酵母的二代測(cè)序數(shù)據(jù)。我們一共獲得了 199株粟酒裂殖酵母菌株的二代測(cè)序數(shù)據(jù),并且對(duì)199株粟酒裂殖酵母菌株的二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行從頭拼接,成功獲得了 69種線粒體基因組類型。我們基于串聯(lián)的線粒體編碼基因構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹以及基于多態(tài)性位點(diǎn)構(gòu)建種群結(jié)構(gòu)圖,發(fā)現(xiàn)粟酒裂殖酵母可以... 

【文章頁(yè)數(shù)】：149 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 粟酒裂殖酵母的介紹
    1.2 裂殖酵母線粒體基因組的組成
    1.3 粟酒裂殖酵母線粒體內(nèi)含子介紹
    1.4 粟酒裂殖酵母群體基因組學(xué)的研究現(xiàn)狀
    1.5 粟酒裂殖酵母線粒體基因組的研究現(xiàn)狀
    1.6 分離子分組混合分析法的介紹及研究現(xiàn)狀
    1.7 本文研究的目的與內(nèi)容
第二章 實(shí)驗(yàn)儀器和試劑
    2.1 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)試劑
    2.3 實(shí)驗(yàn)儲(chǔ)液,培養(yǎng)基及緩沖液配置
第三章 粟酒裂殖酵母種內(nèi)線粒體基因組多態(tài)性
    3.1 材料和方法
        3.1.1 粟酒裂殖酵母菌株來(lái)源
        3.1.2 粟酒裂殖酵母基因組提取
        3.1.3 粟酒裂殖酵母全基因組建庫(kù)測(cè)序
        3.1.4 粟酒裂殖酵母線粒體基因組組裝與注釋
        3.1.5 K-region的拼接及注釋
        3.1.6 系統(tǒng)進(jìn)化樹的構(gòu)建
        3.1.7 多態(tài)性位點(diǎn)的確定
        3.1.8 種群結(jié)構(gòu)圖的構(gòu)建
        3.1.9 基于多態(tài)性位點(diǎn)的熱圖構(gòu)建
        3.1.10 線粒體重組事件驗(yàn)證
        3.1.11 粟酒裂殖酵母進(jìn)化時(shí)間推算
        3.1.12 本章使用的軟件列表
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 粟酒裂殖酵母線粒體基因組及K-region組裝結(jié)果
        3.2.2 粟酒裂殖酵母參考線粒體基因組錯(cuò)誤修改
        3.2.3 粟酒裂殖酵母線粒體基因組內(nèi)含子的分布及演化
        3.2.4 粟酒裂殖酵母線粒體基因組的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系研究
        3.2.5 線粒體內(nèi)含子存在-缺失多態(tài)性及其系統(tǒng)發(fā)育研究
        3.2.6 K-region的系統(tǒng)發(fā)育分析
        3.2.7 粟酒裂殖酵母兩個(gè)古老譜系分離時(shí)間的估計(jì)
    3.3 討論
        3.3.1 粟酒裂殖酵母的種群結(jié)構(gòu)
        3.3.2 粟酒裂殖酵母線粒體基因組的低重組率
        3.3.3 粟酒裂殖酵母菌株的非隨機(jī)采樣
        3.3.4 粟酒裂殖酵母種群結(jié)構(gòu)的形成
第四章 粟酒裂殖酵母的遺傳學(xué)應(yīng)用
    4.1 材料和方法
        4.1.1 本章節(jié)用到的主要菌株
        4.1.2 JB869菌株的驗(yàn)證
        4.1.3 人工倒置2.23Mb倒位實(shí)驗(yàn)
        4.1.4 同宗配合菌株篩選實(shí)驗(yàn)
        4.1.5 異宗配合菌株的構(gòu)建實(shí)驗(yàn)
        4.1.6 粟酒裂殖酵母四分體孢子分析
        4.1.7 基因組測(cè)序及獲取多態(tài)性位點(diǎn)
        4.1.8 分離子分組混合分析法濕實(shí)驗(yàn)操作流程
        4.1.9 分離子分組混合分析法干實(shí)驗(yàn)分析流程
        4.1.10 本章節(jié)用到的軟件列表
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 遺傳定位菌株的選擇
        4.2.2 JB869多態(tài)性位點(diǎn)分布
        4.2.3 JB869 2.23 Mb倒位菌株的構(gòu)建
        4.2.4 遺傳定位菌株的運(yùn)用
    4.3 討論
第五章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
    附表1 38株本研究新采集菌株的信息
    附表2 161株菌株拼接測(cè)序信息匯總表
致謝



本文編號(hào)：3646870