發(fā)布時間：2022-01-26 04:54

　　氧氣是動物體新陳代謝的重要成分,其正常供應(yīng)對于維持動物體的生長發(fā)育、組織器官的正常生理機(jī)能至關(guān)重要,而低氧環(huán)境往往會導(dǎo)致動物體的氧氣供應(yīng)不足,進(jìn)而產(chǎn)生一系列病理生理上的反應(yīng)。大多數(shù)陸生哺乳動物對低氧的耐受較差,而地下鼠由于對地下洞道中低氧環(huán)境的長期適應(yīng),其在行為、生理、遺傳等不同層次產(chǎn)生了一系列的低氧適應(yīng)策略。棕色田鼠（Lasiopodomys mandarinus）長期生活于地下,是一種典型的地下鼠,而與其同屬的布氏田鼠（L.brandtii）則為地面鼠。兩種田鼠可以作為跨物種轉(zhuǎn)錄組研究的良好模型。本研究以棕色田鼠和布氏田鼠為研究對象,處理組和對照組各3只成年雄性個體,在實驗室低氧艙內(nèi)10%低氧處理48小時,取腦組織進(jìn)行二代轉(zhuǎn)錄組測序,經(jīng)質(zhì)控、拼接、注釋后,采用跨物種轉(zhuǎn)錄組方法對腦組織進(jìn)行了常氧下物種間及慢性低氧下物種內(nèi)的差異表達(dá)分析。旨在利用跨物種轉(zhuǎn)錄組方法揭示棕色田鼠的低氧適應(yīng)機(jī)制,探索物種間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的直接比較方法,以期為地下鼠低氧適應(yīng)的研究提供新的技術(shù)方向。主要研究結(jié)果如下:1)棕色田鼠與布氏田鼠各有6個樣本的腦轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),質(zhì)控后共獲得89.4Gbp Clean data... 

【文章來源】：鄭州大學(xué)河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：76 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

本研究技術(shù)路線圖示

2低氧腦轉(zhuǎn)錄組拼接、評估與注釋132.3.4轉(zhuǎn)錄組拼接結(jié)果評估利用BUSCO軟件，將棕色田鼠/布氏田鼠的轉(zhuǎn)錄本集與unigene集分別比對到OrthoDB數(shù)據(jù)庫的哺乳綱單拷貝直系同源基因中。結(jié)果如圖所示（圖2.1），棕色田鼠轉(zhuǎn)錄本集能夠匹配到81.8%的單拷貝直系同源基因，同時unigene集能夠匹配到76.1%的單拷貝直系同源基因，而布氏田鼠轉(zhuǎn)錄本集能匹配上82.4%的單拷貝直系同源基因，unigene能夠匹配上75.3%的單拷貝直系同源基因。結(jié)果表明轉(zhuǎn)錄本集與unigene集均能較完整的反映該物種的轉(zhuǎn)錄組信息。圖2.1棕色田鼠/布氏田鼠轉(zhuǎn)錄本集及unigene集BUSCO分析結(jié)果Figure2.1TheBUSCOresultsoftranscriptsandunigenesinL.mandarinusandL.brandtiiX軸：不同的分組,Y軸:比對到序列占OrthoDB哺乳動物子庫單拷貝直系同源序列比例。TheXaxisgivesthedifferentgroup;Yaxisrepresentstheratioofsequencesalignedtothesingle-copyorthologoussequencesofOrthoDB"smammalianlibrary利用bowtie2，將棕色田鼠/布氏田鼠常氧組、慢性低氧組共計12個樣本測序數(shù)據(jù)比對到拼接得到的轉(zhuǎn)錄本上。結(jié)果如表所示（表2.5），棕色田鼠和布氏田鼠測序樣本的比對率均分別達(dá)到90.23%和91.02%以上，表明拼接得到的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)能夠很好的代表測序數(shù)據(jù)。表2.5棕色田鼠與布氏田鼠測序數(shù)據(jù)對拼接結(jié)果比對率Table2.5TheresultofmappinginL.mandarinusandL.brandtii測序樣本比對率棕色田鼠（常氧組）A191.02%A290.23%A391.32%

3物種間常氧腦轉(zhuǎn)錄組的差異表達(dá)分析22圖3.1樣本生物學(xué)重復(fù)熱圖檢驗Figure3.1Testofbiologicalreplicates圖A、B：修正前棕色田鼠、布氏田鼠；圖C、D:修正后棕色田鼠、布氏田鼠。AandBrepresentL.mandarinusandL.brandtiiboforerevise;CandDrepresentL.mandarinusandL.brandtiiafterrevise圖3.2主成分分析結(jié)果Figure3.2Principalcomponentanalysisamonggroups圖A：修正前棕色田鼠、布氏田鼠；圖B：修正后棕色田鼠、布氏田鼠。ArepresentL.mandarinusandL.brandtiiboforerevise;BrepresentL.mandarinusandL.brandtiiafterrevise

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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[2]三種小型哺乳動物低氧適應(yīng)生理生化機(jī)制研究[D]. 謝惠春.陜西師范大學(xué) 2016

碩士論文
[1]急性低氧對棕色田鼠和布氏田鼠行為影響的比較研究[D]. 劉登輝.鄭州大學(xué) 2018
[2]牦牛、黃牛舌尖的比較轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析[D]. 倪正強(qiáng).蘭州大學(xué) 2017
[3]棕色田鼠（Lasiopodomys mandarinus）視器的胚后發(fā)育及辨色能力研究[D]. 王利媛.陜西師范大學(xué) 2014
[4]三種地下鼠線粒體DNA全序列測定及系統(tǒng)進(jìn)化分析[D]. 李揚(yáng)威.鄭州大學(xué) 2013



本文編號：3609856