【背景】植物乳桿菌含有豐富的天然質粒,分析這些質粒的序列特征有利于分析質粒所攜帶的遺傳信息�！灸康摹糠治鰪闹参锶闂U菌PC518分離的新質粒pLP224,聚類分析其所屬家族質粒的保守性與多樣性�！痉椒ā刻崛≈参锶闂U菌PC518的質粒,酶切后構建質粒DNA文庫,測序和BLAST鑒定文庫中的新序列;通過反向PCR完成質粒全序列測定,注釋新質粒;使用進化樹軟件MEGA X構建質粒的Rep蛋白進化樹,并分析結合序列的變化�！窘Y果】從植物乳桿菌PC518分離出一個質粒pLP224,大小為1766bp,其中（G+C）mol%含量為41.39%,與已知質粒的最大序列相似性為86.85%。推定其復制方式為滾環(huán)復制,屬于pMV158家族成員。17個pMV158家族質粒的Rep蛋白分析表明:pMV158家族質粒的Rep蛋白進化距離越近,其dso位點的結合序列相似性越高,進化距離越遠則其序列相似性越低�！窘Y論】pLP224是pMV158家族的新成員。pMV158家族質粒在dso位點的切開序列上保守,在結合序列上多樣。其Rep蛋白隨結合序列變化而不同。這種差異有利于pMV158家族不同成員在同一宿主的共存,是家... 

【文章來源】：微生物學通報. 2020,47(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

植物乳桿菌PC518的質粒分析圖

p MV158家族質粒的dso結構圖

p MV158家族的質粒以切開序列作為保守序列，但結合序列沒有顯示出共同的保守性。結合序列的重復是多樣的，有些是二重復，有些是三重復，重復序列之間可以連續(xù)也可以間隔。通過Gen Bank查找出16個只有一個Rep蛋白的p MV158家族質粒，分別是質粒p M411[1 6]、p LP18[8]、p PSC22[16]、p MA67[17]、p G271[18]、p A852[18]、p FX2[19]、p LF24[4]、p PSU1[20]、p SMQ172[21]、p ER13[22]、p LS55[23]、p CPS49[23]、p RW35[23]、p GB2002[23]、p CL2.1[23]。對這些質粒的Rep蛋白和結合序列分析發(fā)現(xiàn)，Rep蛋白聚類和結合序列有對應性關系(圖4)。當Rep蛋白在進化樹上顯示為同一簇時，它們對應的結合序列相對保守，如同一簇的p SMQ172和p ER13的結合序列都重復了2次且重復序列相同(TTTGGCGAGTT)，同一簇的p RW35和p GB2002的結合序列也重復了2次且重復序列相同(AAATTCG)；同一簇的p MA67和p LS55的結合序列重復了3次且重復序列相同(GCGACTTTT)，同一簇的p PSC22和p FX2的結合序列也重復了3次且重復序列相同(CGCCAACG)。同一簇的p LP224 (CGGCGACATTT)和p LF24(GAGCGACATTT)的結合序列都重復了2次，它們之間有2個堿基不同；同一簇的p G271(GCGAGTTTT)和p A852 (GCGACTTTT)都重復了3次，9個堿基中只有1個堿基不同。在進化距離越近的Rep蛋白之間，它們在結合序列相似性越高，距離越遠則序列相似性越低。如p PSU1的三重復序列(GGCGACA)與相鄰一簇的p MA67和p LS55的三重復(GCGACTTTT)相似性比較高；p LP18 (GACCGCCGTTT)與相鄰一簇的p PSC22和p FX2 (CGCCAACG)的三重復序列之間較相似，p CPS49的三重復(CGGCGACTTTT)也相似于相鄰一簇的p PSC22和p FX2的三重復(CGCCAACG)。p CL2.1的Rep蛋白與其余質粒的Rep蛋白進化距離較遠，其結合序列不同于其余質粒的結合序列。p LP224和p LP18共存于植物乳桿菌PC518中，它們的Rep蛋白進化距離較遠，差異較大；其結合序列一個是二重復，一個是三重復，重復序列也不同，這種差異是它們共存的基礎。隨著Rep蛋白的差異變化，結合序列顯示出相應的變化。不管Rep蛋白的差異性多大，切開序列是完全保守的，不會隨之而變。dso位點在切開序列上的保守性是家族分類的界限，該家族成員之間的多樣性體現(xiàn)在結合序列上。3 討論

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]革蘭陽性菌質粒提取方法的改良和質粒pLP60的序列分析[D]. 姚芳.成都醫(yī)學院 2019



本文編號：3582171