信使RNA（mRNA）攜帶著DNA的遺傳信息并傳遞遺傳信息到細胞中的不同區(qū)域。研究發(fā)現(xiàn)大量的mRNA在細胞中并非隨機分布而是聚集在特定的亞細胞區(qū)域。mRNA的亞細胞定位造成的mRNA和蛋白質(zhì)在細胞內(nèi)不均衡分布對細胞極性的形成、細胞運動的發(fā)生和細胞生長發(fā)育發(fā)揮重要作用。因此,研究mRNA亞細胞定位對理解mRNA的功能以及細胞的時空調(diào)控機制至關(guān)重要。RNA原位熒光雜交技術(shù)和高通量的RNA亞細胞測序技術(shù)被廣泛應(yīng)用于檢測mRNA亞細胞水平的空間分布情況。隨著生物實驗技術(shù)不斷優(yōu)化,目前原位雜交技術(shù)和測序技術(shù)可實現(xiàn)多種細胞環(huán)境下高分辨率RNA亞細胞圖譜的繪制,為研究mRNA亞細胞定位機制和揭示基因表達調(diào)控機制提供了可靠的信息資源。然而,生物實驗技術(shù)操作繁瑣且費用昂貴,因此迫切需要采用計算生物學(xué)方法開發(fā)mRNA亞細胞定位預(yù)測模型實現(xiàn)mRNA亞細胞定位信息的快速獲取。本研究從RNALocate中獲取人類mRNA的亞細胞定位數(shù)據(jù),從Gen Bank中獲取對應(yīng)mRNA的序列。假設(shè)數(shù)據(jù)中單標簽的mRNA能提供更多的亞細胞定位信息,本研究僅保留了單標簽mRNA亞細胞定位數(shù)據(jù)構(gòu)建基準數(shù)據(jù)集。研究采用核苷酸九聯(lián)體... 

【文章來源】：電子科技大學(xué)四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：48 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

利用機器學(xué)習(xí)分類算法搭建人類mRNA亞細胞定位預(yù)測模型的基本流程

電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文6圖2-1mRNA在細胞內(nèi)分布情況的示意圖表2-1mRNA亞細胞定位基準訓(xùn)練數(shù)據(jù)集的詳細信息類別亞細胞位置去除相似度大于80%的冗余序列前去除相似度大于80%的冗余序列后1,(%)細胞質(zhì)1992(39.6)1954(39.9)細胞質(zhì)基質(zhì)2,(%)核糖體1740(34.6)1666(34.0)3,(%)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)937(18.6)924(18.9)4,(%)細胞核367(7.3)357(7.3)外泌體突觸線粒體合計50364901

SVM基本原理示意圖


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