番茄SlOMTs基因序列分析及褪黑素合成相關(guān)基因SlCOMT1的克隆及功能鑒定
發(fā)布時(shí)間:2021-12-19 02:29
甲基化是植物體內(nèi)一種常見的酶促反應(yīng),大多數(shù)次生代謝物質(zhì)的甲基化均受氧甲基轉(zhuǎn)移酶(O-methyltransferase,OMT)的催化調(diào)控,該酶可催化植物次級代謝物質(zhì)的甲基化和褪黑素的合成,進(jìn)而影響植物的生長發(fā)育以及植物對生物脅迫和非生物脅迫的抵抗能力。OMT可分為CCoAOMT類型和COMT兩種類型,其中屬于COMT類型的COMT蛋白在調(diào)控褪黑素合成途徑中起到關(guān)鍵作用。褪黑素可作為生長調(diào)節(jié)劑參與調(diào)控植物的生長發(fā)育,并且可增強(qiáng)植物應(yīng)對生物脅迫與非生物脅迫的能力。本研究以番茄為試材,對OMT家族的基因序列及蛋白序列進(jìn)行了生物信息學(xué)分析,并克隆了COMT類型的褪黑素合成相關(guān)基因SlCOMT1;隨后,將該基因轉(zhuǎn)入番茄對其功能進(jìn)行了初步探討,為揭示褪黑素調(diào)控番茄的生長發(fā)育分子機(jī)理及創(chuàng)制抗鹽性較強(qiáng)的新種質(zhì)奠定理論基礎(chǔ)。主要研究結(jié)果如下:1.番茄SlOMT家族基因編碼COMT類型和CCoAOMT類型的氧甲基轉(zhuǎn)移酶在番茄基因組中分離得到18個(gè)OMT基因,分別命名為SlOMT1-18,這些基因分布在8條染色體上,基因長度在726 bp到1338 bp之間;由這些基因編碼的蛋白分為兩種類型:SlOMT1...
【文章來源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:64 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3-1:番茄OMT家族基因的染色體定位??
為了分析番茄OMT家族基因編碼蛋白之間的關(guān)系,使用MEGA?5.0軟件中??的鄰接法(NJ)構(gòu)建S10MT家族基因編碼蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn),S10MT??家族基因編碼蛋白可以分為COMT類型和CCoAOMT類型,(圖3-2A),兩類??蛋白分別包含9個(gè)成員,并且發(fā)現(xiàn)各個(gè)亞家族成員間相對保守。COMT類型的??蛋白成員中,S10MT1,?S10MT3和S10MT5的親緣關(guān)系最近,說明它們在進(jìn)化??過程中可能來自于同一個(gè)祖先。CCoAOMT類型蛋白成員中,S1OMT10和??S10MT12的親緣關(guān)系最近。??為了探究S10MT家族中蛋白結(jié)構(gòu)域,本研宄運(yùn)用Phyzome?12在線軟件構(gòu)??建S10MT家族的蛋白結(jié)構(gòu)圖,結(jié)果發(fā)現(xiàn)除了?S10MT8和S10MT9含有一個(gè)??O-methyltransferase?(Pfm00891)結(jié)構(gòu)域之夕卜,其他COMT類型的蛋白都含有2??個(gè)保守結(jié)構(gòu)域,Dimerisation?結(jié)構(gòu)域和?O-methyltransferase?(Pfm00891)結(jié)構(gòu)??域(圖3-2B?);?CCoAOMT類型蛋白只含有O-methyltransferase結(jié)構(gòu)域??(Pfm01596)(圖3-2B)。以上結(jié)果表明
進(jìn)行了分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn),S10MT基因家族編碼的蛋白基本是由四種元件組成的,??包括a-螺旋、無規(guī)則卷曲、延伸鏈以及P-轉(zhuǎn)角,其中a-螺旋所占比例最高,p-轉(zhuǎn)??角所占比例最低(圖3-3A)。然后運(yùn)用Phyre?2在線軟件分析蛋白的三級結(jié)構(gòu)(圖??3-3B),結(jié)果發(fā)現(xiàn)COMT類型家族以及CCoAOMT類型家族的蛋白結(jié)構(gòu)都十分??相似。這些數(shù)據(jù)說明,S10MT基因家族在結(jié)構(gòu)上是高度保守的。??SlOMTl?圚丨Hill?_1_?Ml??S1QMT2??S10MT3??—I?Mi?>11?—IM?細(xì)敘??S10MT4?I?;??SIOMTS?>??_?■?IM?■■?K?—11??■?>?B?美??S10MT6?>!??Sl〇MT7?|?—■?■?I?IWIH—?■?II?I?!■?■?■?II??SJOMT8?丨丨丨■■l^?■?Ml?I?■?■?■■祕??S10MT9?:?^1#??SIOMTIO??SiOMTll?._H—―丨--1???ffiMNHw-—?jiǎng)??SIOMT12?B圈'"IW-Milll*棚?潘;??S10MT13?卜酬■■震春??S1DMT14?.??S10MT15?H跚-his—M?參??inim?丨了?■?—?i?—?_?園■?■?_?_?■??丨■?in?■?mu????SIOMT17?HH>?丨_??SlOMTl8?‘.■—"側(cè)1?_?l_—麵?麵■?1?HW?h
本文編號:3543606
【文章來源】:云南大學(xué)云南省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:64 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3-1:番茄OMT家族基因的染色體定位??
為了分析番茄OMT家族基因編碼蛋白之間的關(guān)系,使用MEGA?5.0軟件中??的鄰接法(NJ)構(gòu)建S10MT家族基因編碼蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹。結(jié)果發(fā)現(xiàn),S10MT??家族基因編碼蛋白可以分為COMT類型和CCoAOMT類型,(圖3-2A),兩類??蛋白分別包含9個(gè)成員,并且發(fā)現(xiàn)各個(gè)亞家族成員間相對保守。COMT類型的??蛋白成員中,S10MT1,?S10MT3和S10MT5的親緣關(guān)系最近,說明它們在進(jìn)化??過程中可能來自于同一個(gè)祖先。CCoAOMT類型蛋白成員中,S1OMT10和??S10MT12的親緣關(guān)系最近。??為了探究S10MT家族中蛋白結(jié)構(gòu)域,本研宄運(yùn)用Phyzome?12在線軟件構(gòu)??建S10MT家族的蛋白結(jié)構(gòu)圖,結(jié)果發(fā)現(xiàn)除了?S10MT8和S10MT9含有一個(gè)??O-methyltransferase?(Pfm00891)結(jié)構(gòu)域之夕卜,其他COMT類型的蛋白都含有2??個(gè)保守結(jié)構(gòu)域,Dimerisation?結(jié)構(gòu)域和?O-methyltransferase?(Pfm00891)結(jié)構(gòu)??域(圖3-2B?);?CCoAOMT類型蛋白只含有O-methyltransferase結(jié)構(gòu)域??(Pfm01596)(圖3-2B)。以上結(jié)果表明
進(jìn)行了分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn),S10MT基因家族編碼的蛋白基本是由四種元件組成的,??包括a-螺旋、無規(guī)則卷曲、延伸鏈以及P-轉(zhuǎn)角,其中a-螺旋所占比例最高,p-轉(zhuǎn)??角所占比例最低(圖3-3A)。然后運(yùn)用Phyre?2在線軟件分析蛋白的三級結(jié)構(gòu)(圖??3-3B),結(jié)果發(fā)現(xiàn)COMT類型家族以及CCoAOMT類型家族的蛋白結(jié)構(gòu)都十分??相似。這些數(shù)據(jù)說明,S10MT基因家族在結(jié)構(gòu)上是高度保守的。??SlOMTl?圚丨Hill?_1_?Ml??S1QMT2??S10MT3??—I?Mi?>11?—IM?細(xì)敘??S10MT4?I?;??SIOMTS?>??_?■?IM?■■?K?—11??■?>?B?美??S10MT6?>!??Sl〇MT7?|?—■?■?I?IWIH—?■?II?I?!■?■?■?II??SJOMT8?丨丨丨■■l^?■?Ml?I?■?■?■■祕??S10MT9?:?^1#??SIOMTIO??SiOMTll?._H—―丨--1???ffiMNHw-—?jiǎng)??SIOMT12?B圈'"IW-Milll*棚?潘;??S10MT13?卜酬■■震春??S1DMT14?.??S10MT15?H跚-his—M?參??inim?丨了?■?—?i?—?_?園■?■?_?_?■??丨■?in?■?mu????SIOMT17?HH>?丨_??SlOMTl8?‘.■—"側(cè)1?_?l_—麵?麵■?1?HW?h
本文編號:3543606
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