基于FlowJo軟件生物信息學(xué)降維方法的小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式分析
發(fā)布時(shí)間:2021-11-22 12:38
目的:研究流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞分析方法,探索建立使用流式細(xì)胞術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)分析小鼠造血干祖細(xì)胞的新方法,為實(shí)驗(yàn)血液學(xué)研究提供基礎(chǔ)。方法:使用流式細(xì)胞儀進(jìn)行小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式分析;使用FlowJo軟件對(duì)造血干祖細(xì)胞結(jié)果應(yīng)用t-分布鄰域嵌入算法(t-distributed stochastic neighbor embedding,t SNE)、統(tǒng)一流形逼近與投影(uniform manifold approximation and projection,UMAP)和流式自組織特征映射(flow selforganizing feature map,FlowSOM)分析,并對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行比較,探索通過生物信息學(xué)降維方式分析小鼠造血干祖細(xì)胞流式結(jié)果的新方法。結(jié)果:t SNE、UMAP和FlowSOM分析可以通過降維直觀地反映群體細(xì)胞的抗原表達(dá)水平,并對(duì)細(xì)胞進(jìn)行分群和聚類。其分析結(jié)果與傳統(tǒng)流式分析所得細(xì)胞群比例相符。結(jié)論:流式細(xì)胞術(shù)結(jié)合FlowJo軟件建立的小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞分析方法可以很好地評(píng)價(jià)造血干祖細(xì)胞各群分布和比例,具有較好的穩(wěn)定性和評(píng)價(jià)能力。
【文章來源】:醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2020,41(02)
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【部分圖文】:
小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式細(xì)胞分析結(jié)果
小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式細(xì)胞t SNE分析結(jié)果
如圖5所示,100個(gè)單細(xì)胞以抗原表達(dá)情況為依據(jù),形成聚類分析結(jié)果。標(biāo)識(shí)顏色越相近、所在位置越相近的細(xì)胞,其抗原表達(dá)和細(xì)胞類型越接近。著色的扇形標(biāo)識(shí)表示該抗原表達(dá)強(qiáng)弱情況,扇形標(biāo)識(shí)越大,該抗原表達(dá)越多。由圖5(c)可見,主要細(xì)胞群包括3個(gè),細(xì)胞比例最高的一群為ST-HSC(綠色),其CD34表達(dá)為陽(yáng)性,CD16/32表達(dá)為陰性。細(xì)胞比例次之的為L(zhǎng)T-HSC(紅色),其CD34和CD16/32表達(dá)均為陰性。細(xì)胞比例第三的為MPP(藍(lán)色),其CD34和CD16/32表達(dá)均為陽(yáng)性。聚類分析結(jié)果與3種細(xì)胞的細(xì)胞群比例相符,呈依次降低關(guān)系(58.3%、22.0%、12.6%)。3 討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]兩種流式細(xì)胞術(shù)分析軟件用于檢測(cè)小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞的方法比較[J]. 付偉超,梁昊岳,王楠,于文穎,程雪蓮,任怡然,楊晚竹,陳婷,白楊,董芳. 中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備. 2017(09)
[2]流式細(xì)胞術(shù)操作軟件在小鼠造血干細(xì)胞檢測(cè)中的應(yīng)用比較[J]. 梁昊岳,楊晚竹,程雪蓮,王金宏. 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2015(03)
[3]Sysmex XE-2100全自動(dòng)血細(xì)胞分析儀常見故障與排除[J]. 鄭衛(wèi)東,郭亮,田彩霞,王娟,周傳輝. 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2015(01)
[4]細(xì)胞免疫表型檢測(cè)在急性白血病分型診斷中的應(yīng)用價(jià)值[J]. 胡瑛,秦慶,朱藍(lán)玉,于增國(guó). 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2014(08)
[5]BD Influx流式細(xì)胞分選儀參數(shù)調(diào)試和最佳條件的設(shè)定[J]. 梁昊岳,楊晚竹,程雪蓮,紀(jì)慶,張峴,王金宏. 中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備. 2014(02)
本文編號(hào):3511707
【文章來源】:醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2020,41(02)
【文章頁(yè)數(shù)】:6 頁(yè)
【部分圖文】:
小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式細(xì)胞分析結(jié)果
小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞流式細(xì)胞t SNE分析結(jié)果
如圖5所示,100個(gè)單細(xì)胞以抗原表達(dá)情況為依據(jù),形成聚類分析結(jié)果。標(biāo)識(shí)顏色越相近、所在位置越相近的細(xì)胞,其抗原表達(dá)和細(xì)胞類型越接近。著色的扇形標(biāo)識(shí)表示該抗原表達(dá)強(qiáng)弱情況,扇形標(biāo)識(shí)越大,該抗原表達(dá)越多。由圖5(c)可見,主要細(xì)胞群包括3個(gè),細(xì)胞比例最高的一群為ST-HSC(綠色),其CD34表達(dá)為陽(yáng)性,CD16/32表達(dá)為陰性。細(xì)胞比例次之的為L(zhǎng)T-HSC(紅色),其CD34和CD16/32表達(dá)均為陰性。細(xì)胞比例第三的為MPP(藍(lán)色),其CD34和CD16/32表達(dá)均為陽(yáng)性。聚類分析結(jié)果與3種細(xì)胞的細(xì)胞群比例相符,呈依次降低關(guān)系(58.3%、22.0%、12.6%)。3 討論
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]兩種流式細(xì)胞術(shù)分析軟件用于檢測(cè)小鼠骨髓造血干祖細(xì)胞的方法比較[J]. 付偉超,梁昊岳,王楠,于文穎,程雪蓮,任怡然,楊晚竹,陳婷,白楊,董芳. 中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備. 2017(09)
[2]流式細(xì)胞術(shù)操作軟件在小鼠造血干細(xì)胞檢測(cè)中的應(yīng)用比較[J]. 梁昊岳,楊晚竹,程雪蓮,王金宏. 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2015(03)
[3]Sysmex XE-2100全自動(dòng)血細(xì)胞分析儀常見故障與排除[J]. 鄭衛(wèi)東,郭亮,田彩霞,王娟,周傳輝. 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2015(01)
[4]細(xì)胞免疫表型檢測(cè)在急性白血病分型診斷中的應(yīng)用價(jià)值[J]. 胡瑛,秦慶,朱藍(lán)玉,于增國(guó). 醫(yī)療衛(wèi)生裝備. 2014(08)
[5]BD Influx流式細(xì)胞分選儀參數(shù)調(diào)試和最佳條件的設(shè)定[J]. 梁昊岳,楊晚竹,程雪蓮,紀(jì)慶,張峴,王金宏. 中國(guó)醫(yī)學(xué)裝備. 2014(02)
本文編號(hào):3511707
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