發(fā)布時間：2021-11-15 23:29

　　噬菌體與宿主之間復(fù)雜的相互作用在形成環(huán)境微生物群落結(jié)構(gòu)中起著重要作用。細(xì)菌與噬菌體之間反復(fù)產(chǎn)生抗性與感染性的共進(jìn)化過程稱為拮抗共進(jìn)化。細(xì)菌-噬菌體的拮抗共進(jìn)化在種群動力學(xué)、進(jìn)化多樣性、基因重組等方面扮演重要角色。噬菌體感染宿主的第一步是吸附,在共進(jìn)化過程中宿主對噬菌體吸附的抑制作用以及噬菌體對宿主吸附能力的增強(qiáng),均導(dǎo)致了噬菌體吸附元件及細(xì)菌吸附受體的共進(jìn)化多樣性。本研究以納帕海高原濕地水樣分離得到的熒光假單胞菌W-6及其長尾噬菌體VW6S為材料,開展了宿主全基因組解析、共進(jìn)化后、過程中宿主抗感染基因、噬菌體感染基因變化、宿主吸附受體以及噬菌體吸附元件確定等研究。W-6全基因組長度6,109,123 bp,G+C含量59.79%;共編碼5,474個基因;具有74個重復(fù)序列,89個非編碼RNA,24座基因島以及2個CRISPR序列和4個spacer序列;還發(fā)現(xiàn)W-6含有前噬菌體,表明W-6是一株溶源菌。共進(jìn)化過程中不同時期宿主重測序比對結(jié)果表明:共產(chǎn)生了254個堿基突變,涉及80個基因,其中吸附受體相關(guān)的突變占總突變數(shù)量的10%,而外膜蛋白的突變遠(yuǎn)多于LPS;甲基趨化蛋白突變占10%,這也... 

【文章來源】：昆明理工大學(xué)云南省

【文章頁數(shù)】：141 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

W-6結(jié)構(gòu)基因組長度分布圖

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文22圖2.2熒光假單胞菌W-6COG分類圖Fig.2.2PseudomonasfluorescensW-6COGclassificationmap2.3.2.2W-6的KEGG注釋根據(jù)KEGG注釋信息進(jìn)一步得到Gene的Pathway注釋（表2.9）。通過KEGG注釋分析了W-6的3,063個基因，共注釋了115個Pathway，其中占比較大的是Metabolicpathways（代謝通路）48.23%、Biosynthesisofsecondarymetabolites（次級代謝的生物合成）20.96%和Microbialmetabolismindiverseenvironments（不同環(huán)境中的微生物代謝）17.36%。表2.9W-6KEGG功能注釋表Table2.9W-6KEGGfunctionannotationNO.PathwayAllgeneswithpathwayannotation1Metabolicpathways803(48.23%)2Biosynthesisofsecondarymetabolites349(20.96%)3Microbialmetabolismindiverseenvironments289(17.36%)4Biosynthesisofantibiotics261(15.68%)5ABCtransporters241(14.47%)

昆明理工大學(xué)碩士學(xué)位論文27是64個。分子功能的基因中結(jié)合功能基因最多有78個。圖2.3W-6GO功能注釋統(tǒng)計圖Fig.2.3W-6GOfunctionannotationchart2.3.2.4W-6耐藥基因注釋通過ARDB和CARD兩個數(shù)據(jù)庫預(yù)測注釋，一共找到有56個耐藥基因（表2.9）。表2.10W-6的耐藥基因Table.2.10W-6drugresistancegeneORFIDSTARSTOPARO_name1,7151,920,9361,922,087macA450491,199492,329macA2,6863,028,0023,029,102MexJ1,3641,536,4421,537,434MexF5,1585,771,8245,772,720adeL1,0381,175,3331,176,718smeS2,9643,334,5903,336,290NeisseriameningititisPBP2conferringresistancetobeta-lactam4,4995,051,7195,052,912StreptomycescinnamoneusEF-Tumutants

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]細(xì)菌基因島研究進(jìn)展[J]. 鄧瑞,陳亮.  重慶醫(yī)學(xué). 2018(06)
[2]基因組學(xué)思維[J]. 趙曉娟,楊瑩,潘軍強(qiáng),楊進(jìn).  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2017(02)
[3]噬菌體Bp7尾絲蛋白gp37的原核表達(dá)與鑒定[J]. 孫虎芝,任慧英,張燦.  動物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2016(05)
[4]T7噬菌體尾蛋白P11的表達(dá)、純化及鑒定[J]. 趙翠嬌,寧保安,范獻(xiàn)軍,李桂敏,高志賢.  鄭州大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)版). 2014(04)
[5]大腸桿菌氨基酸轉(zhuǎn)運蛋白的研究進(jìn)展[J]. 馬蓉,張立軍,丁銳,敖永華,胡紫菱,劉姍.  科技通報. 2012(03)
[6]基因組中重復(fù)序列的意義[J]. 艾對元.  生命的化學(xué). 2008(03)
[7]生物進(jìn)化的“溶源菌”關(guān)系演變進(jìn)程[J]. 胡姜平,孫剛,房巖.  生物學(xué)通報. 2007(04)
[8]發(fā)展基因組學(xué)和生物信息學(xué)刻不容緩[J]. 吳旻.  中國科技月報. 1999(12)

博士論文
[1]布魯氏菌等三種兼性胞內(nèi)寄生菌比較基因組分析及應(yīng)用[D]. 楊曉雯.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]鼠疫耶爾森氏菌噬菌體Yep-phi基因組研究及其受體鑒定[D]. 趙向娜.中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院 2013



本文編號：3497717