依賴Ⅱ型CAP的細(xì)菌轉(zhuǎn)錄激活的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)
發(fā)布時(shí)間：2021-11-04 02:20
轉(zhuǎn)錄激活是基因表達(dá)、基因表達(dá)調(diào)控和發(fā)育的基礎(chǔ)。轉(zhuǎn)錄激活的過(guò)程需要RNA聚合酶、轉(zhuǎn)錄激活蛋白、DNA和核糖核苷酸的參與。大腸桿菌中的代謝物激活蛋白（catabolite activator protein,CAP）是第一個(gè)被鑒定純化的轉(zhuǎn)錄激活蛋白,也是第一個(gè)獲得三維結(jié)構(gòu)的轉(zhuǎn)錄激活蛋白。大腸桿菌的CAP能夠激活100多個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄,是一類經(jīng)典的轉(zhuǎn)錄激活蛋白。CAP被稱為c AMP受體蛋白,與變構(gòu)因子c AMP結(jié)合后,構(gòu)象發(fā)生改變才能激活轉(zhuǎn)錄。最簡(jiǎn)單的CAP依賴的啟動(dòng)子只需要CAP,無(wú)需其他輔助因子即可激活轉(zhuǎn)錄,根據(jù)其DNA結(jié)合位點(diǎn)的不同可分為兩類:第一類是CAP的DNA結(jié)合位點(diǎn)位于RNA聚合酶的DNA結(jié)合位點(diǎn)的上游,如lac啟動(dòng)子,人工啟動(dòng)子CC（-61.5）;第二種是CAP的DNA結(jié)合位點(diǎn)與RNA聚合酶的DNA結(jié)合位點(diǎn)部分重疊,如gal啟動(dòng)子,人工啟動(dòng)子CC（-41.5）。解析完整的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物的結(jié)構(gòu)對(duì)于探究轉(zhuǎn)錄激活機(jī)制有非常重要的意義。目前的研究已經(jīng)獲得了大腸桿菌的I型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物和嗜熱棲熱菌的II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物結(jié)構(gòu),結(jié)構(gòu)顯示嗜熱棲熱菌的CAP不需要c A...
【文章來(lái)源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
CAP的SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳圖
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文4實(shí)驗(yàn)結(jié)果19可知σ純度較高。通過(guò)PEI沉淀、硫酸銨鹽析、Ni柱親和層析、離子交換層析、分子篩等蛋白純化手段純化了RNA聚合酶核心酶，電泳鑒定如圖4.2A泳道2所示，可知雖有少許雜蛋白，但是蛋白純度總體較高。RNA聚合酶全酶的純化圖譜如圖4.2B所示，電泳鑒定圖譜如圖4.2A泳道3所示，表明RNA聚合酶的純度較高，分離效果好。圖4.2RNA聚合酶純化鑒定（A）RNA聚合酶純化鑒定電泳圖1：純化的σ；2：純化的RNA聚合酶核心酶；3：純化后的RNA聚合酶全酶。（B）RNA聚合酶純化圖譜。4.2II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物的結(jié)構(gòu)特征為了得到完整的II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)能夠代表II型CAP依賴的啟動(dòng)子CC63核酸骨架（圖4.3），位置是從-63到+15。這個(gè)核酸骨架包含了保守的CAP結(jié)合位點(diǎn)，保守的-10延伸區(qū)，保守的-10區(qū)，保守的discriminatorelement，保守的核心識(shí)別元件，13bp的轉(zhuǎn)錄泡（模板鏈和非模板鏈維持解旋的狀態(tài)）。
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文4實(shí)驗(yàn)結(jié)果19可知σ純度較高。通過(guò)PEI沉淀、硫酸銨鹽析、Ni柱親和層析、離子交換層析、分子篩等蛋白純化手段純化了RNA聚合酶核心酶，電泳鑒定如圖4.2A泳道2所示，可知雖有少許雜蛋白，但是蛋白純度總體較高。RNA聚合酶全酶的純化圖譜如圖4.2B所示，電泳鑒定圖譜如圖4.2A泳道3所示，表明RNA聚合酶的純度較高，分離效果好。圖4.2RNA聚合酶純化鑒定（A）RNA聚合酶純化鑒定電泳圖1：純化的σ；2：純化的RNA聚合酶核心酶；3：純化后的RNA聚合酶全酶。（B）RNA聚合酶純化圖譜。4.2II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物的結(jié)構(gòu)特征為了得到完整的II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)能夠代表II型CAP依賴的啟動(dòng)子CC63核酸骨架（圖4.3），位置是從-63到+15。這個(gè)核酸骨架包含了保守的CAP結(jié)合位點(diǎn)，保守的-10延伸區(qū)，保守的-10區(qū)，保守的discriminatorelement，保守的核心識(shí)別元件，13bp的轉(zhuǎn)錄泡（模板鏈和非模板鏈維持解旋的狀態(tài)）。
【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]冷凍電鏡技術(shù)的應(yīng)用與發(fā)展[J]. 張曉凱,張叢叢,劉忠民,劉力嘉,夏蕾. 科學(xué)技術(shù)與工程. 2019(24)
[2]細(xì)菌RNA聚合酶抑制劑的分子生物學(xué)機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 史婧,馮鈺. 浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(01)
本文編號(hào)：3474800
【文章來(lái)源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
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【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
CAP的SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳圖
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文4實(shí)驗(yàn)結(jié)果19可知σ純度較高。通過(guò)PEI沉淀、硫酸銨鹽析、Ni柱親和層析、離子交換層析、分子篩等蛋白純化手段純化了RNA聚合酶核心酶，電泳鑒定如圖4.2A泳道2所示，可知雖有少許雜蛋白，但是蛋白純度總體較高。RNA聚合酶全酶的純化圖譜如圖4.2B所示，電泳鑒定圖譜如圖4.2A泳道3所示，表明RNA聚合酶的純度較高，分離效果好。圖4.2RNA聚合酶純化鑒定（A）RNA聚合酶純化鑒定電泳圖1：純化的σ；2：純化的RNA聚合酶核心酶；3：純化后的RNA聚合酶全酶。（B）RNA聚合酶純化圖譜。4.2II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物的結(jié)構(gòu)特征為了得到完整的II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)能夠代表II型CAP依賴的啟動(dòng)子CC63核酸骨架（圖4.3），位置是從-63到+15。這個(gè)核酸骨架包含了保守的CAP結(jié)合位點(diǎn)，保守的-10延伸區(qū)，保守的-10區(qū)，保守的discriminatorelement，保守的核心識(shí)別元件，13bp的轉(zhuǎn)錄泡（模板鏈和非模板鏈維持解旋的狀態(tài)）。
浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文4實(shí)驗(yàn)結(jié)果19可知σ純度較高。通過(guò)PEI沉淀、硫酸銨鹽析、Ni柱親和層析、離子交換層析、分子篩等蛋白純化手段純化了RNA聚合酶核心酶，電泳鑒定如圖4.2A泳道2所示，可知雖有少許雜蛋白，但是蛋白純度總體較高。RNA聚合酶全酶的純化圖譜如圖4.2B所示，電泳鑒定圖譜如圖4.2A泳道3所示，表明RNA聚合酶的純度較高，分離效果好。圖4.2RNA聚合酶純化鑒定（A）RNA聚合酶純化鑒定電泳圖1：純化的σ；2：純化的RNA聚合酶核心酶；3：純化后的RNA聚合酶全酶。（B）RNA聚合酶純化圖譜。4.2II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物的結(jié)構(gòu)特征為了得到完整的II型CAP依賴的轉(zhuǎn)錄激活復(fù)合物，我們?cè)O(shè)計(jì)了一個(gè)能夠代表II型CAP依賴的啟動(dòng)子CC63核酸骨架（圖4.3），位置是從-63到+15。這個(gè)核酸骨架包含了保守的CAP結(jié)合位點(diǎn)，保守的-10延伸區(qū)，保守的-10區(qū)，保守的discriminatorelement，保守的核心識(shí)別元件，13bp的轉(zhuǎn)錄泡（模板鏈和非模板鏈維持解旋的狀態(tài)）。
【參考文獻(xiàn)】：
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[1]冷凍電鏡技術(shù)的應(yīng)用與發(fā)展[J]. 張曉凱,張叢叢,劉忠民,劉力嘉,夏蕾. 科學(xué)技術(shù)與工程. 2019(24)
[2]細(xì)菌RNA聚合酶抑制劑的分子生物學(xué)機(jī)制研究進(jìn)展[J]. 史婧,馮鈺. 浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2019(01)
本文編號(hào)：3474800
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