隨著基因組學(xué)研究的深入,全基因組分子標(biāo)記檢測(cè)技術(shù)已經(jīng)成為作物學(xué)和育種中常用的一種技術(shù)手段�；赑CR的分子標(biāo)記方法和全基因組基因分型技術(shù)（Genotyping By Sequencing,GBS）分別為目的基因的篩選（前景篩選）和遺傳背景的篩選（背景篩選）提供了成熟的工具。然而,在科研和育種上,仍然需要開發(fā)價(jià)格低廉、能夠同時(shí)對(duì)材料進(jìn)行背景和前景篩選的全基因組分子標(biāo)記技術(shù)。針對(duì)這個(gè)問題,我們結(jié)合已有的轉(zhuǎn)座子顯示技術(shù),結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)開發(fā)了出一種新的全基因組分子標(biāo)記檢測(cè)方法TD-seq（Transposon display by sequencing）。TD-seq技術(shù)利用轉(zhuǎn)座子在基因組散布分布的特點(diǎn),實(shí)現(xiàn)對(duì)全基因組的檢測(cè)。同時(shí),TD-seq利用轉(zhuǎn)座子在基因組上的拷貝數(shù)高的特點(diǎn),將轉(zhuǎn)座子顯示得到的PCR產(chǎn)物全部進(jìn)行高通量測(cè)序,實(shí)現(xiàn)用一對(duì)引物檢測(cè)多達(dá)上千個(gè)分子標(biāo)記位點(diǎn)的效果。另外,鑒于高通量測(cè)序的靈敏度高,可以檢測(cè)因擴(kuò)增效率低而導(dǎo)致的低含量PCR產(chǎn)物。因此,TD-seq技術(shù)利用高通量測(cè)序的優(yōu)勢(shì),將傳統(tǒng)凝膠電泳檢測(cè)PCR產(chǎn)物有無的方法轉(zhuǎn)換為利用高通量測(cè)序檢測(cè)PCR產(chǎn)物中的SNP/indel。... 

【文章來源】：廣西大學(xué)廣西壯族自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

RFLP標(biāo)記多態(tài)性的分子基礎(chǔ)[12]

3圖1-2VNTR標(biāo)記多態(tài)性的分子基礎(chǔ)[12]Fig1-2MolecularbasisofVNTRpolymorphism1.1.2.2基于PCR的分子標(biāo)記早期分子標(biāo)記技術(shù)出現(xiàn)以后，分子標(biāo)記技術(shù)越來越進(jìn)步，逐漸發(fā)展出了基于PCR的分子標(biāo)記技術(shù)，比如，隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA（RandomAmplifiedPolymorphicDNA，RAPD)標(biāo)記[13]、DNA擴(kuò)增指紋印記（DNAamplificationfingerprinting，DAF）標(biāo)記[14]、隨機(jī)引物PCR（arbitrarilyprimedPCR，AP-PCR）標(biāo)記（如圖1-3）[15]、簡(jiǎn)單序列重復(fù)區(qū)間（inter-simplesequencerepeats，ISSR）標(biāo)記[16]、SSR標(biāo)記簡(jiǎn)單序列重復(fù)（simplesequencerepeats，SSR)標(biāo)記（如圖1-4）[17]、特異序列擴(kuò)增區(qū)域（sequencecharacterizedamplifiedregions，SCAR)標(biāo)記和序列標(biāo)簽位點(diǎn)(sequencetaggedsites，STS)標(biāo)記[18]。這些技術(shù)的原理都是：將不同的待測(cè)基因組DNA使用相同的引物進(jìn)行擴(kuò)增，然后利用凝膠電泳檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的長(zhǎng)度，所得到的大小相同的條帶反映待測(cè)基因組之間的同源性，大小不同的條帶反映待測(cè)基因組之間的多態(tài)性，如果某個(gè)條帶僅在某一特定的待測(cè)樣品中出現(xiàn)，該條帶便可作為此種樣品的分子標(biāo)記[19]。雖然這幾種基于PCR的分子標(biāo)記使用靈敏度低的凝膠電泳方法檢測(cè)擴(kuò)增結(jié)果，但PCR技術(shù)的應(yīng)用，提高了檢測(cè)的靈敏度也提高了分子標(biāo)記檢測(cè)的準(zhǔn)確性。

4圖1-3隨機(jī)引物PCR產(chǎn)物多態(tài)性的分子基礎(chǔ)[12]Fig1-3MolecularbasisofrandomprimerPCRproductpolymorphism


本文編號(hào)：3468815