春小麥的苗期生長受到干旱的嚴重影響,進而影響其產(chǎn)量和品質(zhì)。為了明確響應干旱脅迫的關鍵表達基因,本研究以PEG脅迫和相應對照春小麥苗期葉片為材料構建轉(zhuǎn)錄組測序文庫,利用Illumina HiSeq TM2000進行測序,采用FPKM法計算基因表達量,對差異表達基因進行功能分類和KEGG通路分析。結(jié)果表明,樣品測序均得到6.4 G以上的堿基,每組樣品Q30堿基百分比均大于88.73%。最終結(jié)果篩選到差異表達基因1 217個,其中410個上調(diào)表達基因,807個下調(diào)表達基因,顯著富集到谷胱甘肽和苯丙烷類等代謝途徑。本研究結(jié)果為小麥等作物抗旱基因的挖掘和功能研究奠定了良好的基礎。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(24)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

PEG脅迫與對照組差異基因統(tǒng)計

圖1 PEG脅迫與對照組差異基因統(tǒng)計為了分析比較PEG脅迫和對照兩組之間的表達，根據(jù)默認參數(shù)，用得到的clean reads映射到帶有BOWTIE程序的轉(zhuǎn)錄組組件，然后將相匹配的讀取數(shù)其轉(zhuǎn)化為RPKM。根據(jù)FDR<0.05且|log2FC|>1從中篩選出了1 217個PEG脅迫處理和對照組間的差異表達基因，其中上調(diào)表達的基因有410個，807個基因表達受到抑制，為理解春小麥應答PEG脅迫的分子機制以及抗旱功能基因的挖掘提供了一定的理論依據(jù)。

CK與PEG差異基因GO分類

【參考文獻】：
期刊論文
[1]水稻苗期耐冷性差異的轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 郭慧,李樹杏,孫平勇,郝留根,張宏偉,鄧華鳳.  分子植物育種. 2020(06)
[2]水稻苗期低溫應答轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 朱琳,袁夢,高紅秀,曲悅,何沈雨,王劍,王珊,王思宇,楊玲,張忠臣,金正勛.  華北農(nóng)學報. 2018(05)
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博士論文
[1]甘藍型油菜應答干旱脅迫的組學研究[D]. 王力敏.華中農(nóng)業(yè)大學 2017
[2]PEG脅迫下的甘蔗RNA-Seq定量分析與差異表達基因鑒定[D]. 郭晉隆.福建農(nóng)林大學 2013
[3]阿拉善荒漠區(qū)珍稀泌鹽植物長葉紅砂響應鹽脅迫的轉(zhuǎn)錄組學研究[D]. 黨振華.內(nèi)蒙古大學 2013



本文編號：3415450