生態(tài)適應(yīng)是有機(jī)體在長期自然選擇過程中隨著環(huán)境因素變化而改變自身形態(tài)、結(jié)構(gòu)和生理生化特性,以便與環(huán)境相適應(yīng)的過程。這一過程普遍存在于生物中。當(dāng)環(huán)境發(fā)生變化時,動物會采取相應(yīng)的策略來適應(yīng)波動的環(huán)境,以保證其生存和繁衍。比如,動物會采取改變腸道微生物組成來適應(yīng)新的食物類型。腸道微生物適應(yīng)性機(jī)制的研究可以為動物保護(hù)提供科學(xué)的依據(jù)。在探究動物適應(yīng)性進(jìn)化或評估微生物與宿主適應(yīng)性關(guān)系的研究中,兩棲類對環(huán)境敏感等特性較一般脊椎動物更具研究價值,是研究進(jìn)化的很好模式物種。在當(dāng)今極端天氣增多、人為活動頻繁、兩棲動物數(shù)量減少的情況下,兩棲類對波動環(huán)境的適應(yīng)性機(jī)制的研究很有意義。因此,本文選取分布范圍廣,適應(yīng)人為活動環(huán)境的澤陸蛙為研究對象,收集四個季度（春季、夏季、秋季和冬眠前）澤陸蛙170只個體,采集胃容物和腸內(nèi)容物樣品,結(jié)合胃含物分析法、基于16S rRNA基因的IonS5TMXL測序技術(shù)、Tax4Fun功能預(yù)測和生物信息學(xué)分析來研究澤陸蛙食性的季節(jié)性變化;澤陸蛙腸道菌群結(jié)構(gòu)和多樣性的季節(jié)性變化;分析季節(jié)性食性與澤陸蛙腸道微生物的相關(guān)性。以此探究澤陸蛙腸道微對食物季節(jié)性變化的適應(yīng)性機(jī)制。研究結(jié)果如下:根據(jù)... 

【文章來源】：西華師范大學(xué)四川省

【文章頁數(shù)】：86 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

樣地Figure2-1Samplearea

第2章材料與方法14試劑盒。構(gòu)建好后，Qubit定量和文庫檢測其是否合格。合格后，用Thermofisher的IonS5TMXL測序平臺進(jìn)行上機(jī)測序。圖2-2CTAB法操作流程Figure2-2OperationflowofCTABmethod表2-2PCR擴(kuò)增引物序列Table2-2PCRamplifiedprimersequence類型Type區(qū)域Part引物名稱Primername引物序列(5’→3)Primersequence反應(yīng)體系(30μL)反應(yīng)程序Thermalprofile細(xì)菌16SV4515FGTGCCAGCMGCCGCGGTAAPhusionMasterMix(2×)，15μL；Primer(2μM)，3μL(6μM)；gDNA(1ng/μL)，10μL(10ng)；H2O，2μL98°C預(yù)變性1min；30×(98°C，10S；50°C，30S；72°C，30S)；72°C，5min；保持4°C806RGGACTACHVGGGTWTCTAAT

第2章材料與方法15圖2-3冬眠前樣本的PCR擴(kuò)增電泳檢測圖Figure2-3TheelectrophoresisofPCRamplificationinpre-hibernationsample2.6.2信息分析利用Gutadapt（V1.9.1）[89]剪切read低質(zhì)量部分后所得reads用Barcode拆分出各樣品數(shù)據(jù)，截掉Barcode及引物的序列，質(zhì)控得原始數(shù)據(jù)（Rawreads），隨后去除嵌合體序列獲有效數(shù)據(jù)（Cleanreads）。用Uparse軟件（V7.0.1001）對所以樣本的全部有效數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類，并將相似度大于或等于97%的序列定義為同一個OUT（Operationaltaxonomicunits），同時，選OTUs中出現(xiàn)頻數(shù)最高的序列為代表序列用于注釋。用Mothur方法和SILVA132的SSUrRNA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋分析（閾值：0.8~1），獲得分類學(xué)信息并分別在界（Kingdom）、門（Phylum）、綱（Class）、目（Order）、科（Family）、屬（Genus）、種（Species）水平統(tǒng)計個樣本的群落組成。最后，以樣本數(shù)據(jù)量最少的為標(biāo)準(zhǔn)，對各樣本數(shù)據(jù)進(jìn)行均一化處理，用于后續(xù)的Alpha多樣性和Beta多樣性分析。在Qiime軟件（Version1.9.1）中進(jìn)行Observedspecies、Chao1、Shannon、Simpson、Goodscoverage、PDwholetree指數(shù)和Unifrac距離的計算以及UPGMA樣本聚類樹的構(gòu)建。在R軟件（Version2.15.3）中，利用R軟件進(jìn)行稀釋曲線、Rankabundance曲線、PCA圖、PCoA圖和NMDS圖的繪制，Alpha和Beta多樣性指數(shù)組間差異分析，Manteltest、CCA、RDA和VPA分析及功能預(yù)測�；讦炼鄻有�，在R軟件中，利用Wilcoxon秩和檢驗來檢驗不同季度間以及不同性別間腸道微生物豐富度和多樣性的差異。通過PCoA、PCA、NMDS等降維分析和樣本聚類樹展示來探究不同樣本或組別間群落結(jié)構(gòu)的差異。并利用T-檢驗和Anosim統(tǒng)計分析方法對分組樣本的物種組成和群落結(jié)構(gòu)進(jìn)行差異顯著性檢驗。用R的Tax4fun包進(jìn)行腸道?

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Ecological and Geographical Reasons for the Variation of Digestive Tract Length in Anurans[J]. Chunlan MAI,Jianping YU,Wenbo LIAO.  Asian Herpetological Research. 2019(04)
[2]Altitudinal Variation in Digestive Tract Lengh in Feirana quadranus[J]. Chunlan MAI,Jin HUANG,Qin LIAO,Wenbo LIAO,Lixia ZHANG.  Asian Herpetological Research. 2019(03)
[3]動物腸道菌群與營養(yǎng)物質(zhì)代謝的研究進(jìn)展[J]. 陳雙雙,司華哲,李光玉,劉晗璐.  飼料工業(yè). 2018(02)
[4]黃翅大白蟻后腸幾丁質(zhì)降解微生物的分離與鑒定[J]. 孫新新,李凈凈,寧娜,譚慧軍,倪金鳳.  微生物學(xué)通報. 2017(07)
[5]微生物研究助推新一輪科技革命[J]. 林小春.  半月談. 2016 (11)
[6]鳥類消化系統(tǒng)形態(tài)解剖學(xué)與生理學(xué)的研究進(jìn)展[J]. 徐興軍,王有祥,邵淑麗,呂建偉,王維禹,張偉偉,謝志剛,李旭艷.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(21)
[7]淮北煤礦區(qū)塌陷湖水生昆蟲群落結(jié)構(gòu)的季節(jié)性變化[J]. 李曉明,紀(jì)磊,鄧道貴.  生態(tài)學(xué)雜志. 2015(05)
[8]動物胃腸道微生物研究技術(shù)的應(yīng)用進(jìn)展[J]. 于文雅,孫澤威.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2015(03)
[9]16S rRNA測序技術(shù)在腸道微生物中的應(yīng)用研究進(jìn)展[J]. 李東萍,郭明璋,許文濤.  生物技術(shù)通報. 2015(02)
[10]Altitudinal Variation in Digestive Tract Length in Yunnan Pond Frog （Pelophylax pleuraden）[J]. Shangling LOU,Yanhong LI,Long JIN,Zhiping MI,Wenchao LIU,Wenbo LIAO.  Asian Herpetological Research. 2013(04)

博士論文
[1]東北林蛙腸道菌群多樣性及其影響因素研究[D]. 佟慶.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]初生嬰兒腸道菌群與母體各部位菌群相關(guān)性研究[D]. 席曉霞.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017

碩士論文
[1]飛蝗幾丁質(zhì)降解酶基因的異質(zhì)性表達(dá)及酶學(xué)特性分析[D]. 李應(yīng)龍.山西大學(xué) 2016
[2]基于穩(wěn)定同位素和胃含物分析研究膠州灣方氏云鳚的攝食習(xí)性[D]. 李世巖.中國海洋大學(xué) 2015
[3]花背蟾蜍臟器大小、腸道可塑性和內(nèi)分泌細(xì)胞的季節(jié)變化[D]. 牛鑫鑫.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
[4]準(zhǔn)噶爾盆地南緣三種食肉動物的食性及其種間關(guān)系研究[D]. 林宣龍.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[5]應(yīng)用PCR-DGGE技術(shù)對不同日齡仔豬腸道菌群分布規(guī)律的研究[D]. 吳高鋒.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[6]三種鱗翅目昆蟲幾丁質(zhì)降解酶基因的克隆及分子特性研究[D]. 賀玉年.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[7]海南島稻田蛙類的食性分析[D]. 王偉.海南大學(xué) 2008



本文編號：3394181