隨著全基因組測(cè)序變得商業(yè)化,測(cè)序成本的降低,在生物多樣性,種群歷史動(dòng)態(tài),及適應(yīng)性進(jìn)化等方面的應(yīng)用越來(lái)越廣泛。將全基因組學(xué)與群體遺傳學(xué)進(jìn)行結(jié)合,對(duì)虎的群體進(jìn)化,群體多樣性和亞種的分化機(jī)制進(jìn)行研究,不僅能加深對(duì)虎的理解,更可以為其他物種的研究提供參考。最主要的是對(duì)種群遺傳多樣性的恢復(fù)并最終放歸大自然提供依據(jù)�；ⅲ≒anthera tigris）是最大的貓科動(dòng)物。在生態(tài)系統(tǒng)中,虎位于食物鏈的頂端,具有調(diào)節(jié)生態(tài)平衡和物種多樣性的作用。處于不同地理?xiàng)l件下的虎亞種,在身體的某些方面也發(fā)生了巨大的變化。在生理方面,比如脂肪的存儲(chǔ),食物的消化和身體代謝的差異;在外型方面,比如毛色,花紋,體型大小等的差異。對(duì)這些方面的形成機(jī)理進(jìn)行研究,可以更加理解區(qū)域差異造成種間差異的原因,以及為了對(duì)環(huán)境更好的適應(yīng),物種所進(jìn)行的進(jìn)化。同時(shí)對(duì)其他虎亞種的進(jìn)化機(jī)制提供參考。對(duì)于保護(hù)瀕危野生動(dòng)物,了解他們的生存狀態(tài)及種群歷史動(dòng)態(tài)與環(huán)境氣候變化之間的規(guī)律,對(duì)于采用針對(duì)性的保護(hù)措施具有重要作用。本文利用二代測(cè)序技術(shù),對(duì)5只東北虎和3只華南虎進(jìn)行全基因組重測(cè)序。結(jié)合SNP和CNV多態(tài)性的分析,對(duì)兩個(gè)群體之間的遺傳結(jié)構(gòu)特征,基因交流... 

【文章來(lái)源】：東北林業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：117 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１小片段ＤＮＡ文庫(kù)的構(gòu)建原理??

??速的方法ｔ１２ｌ數(shù)據(jù)分析流程圖如圖２－２。??原始數(shù)據(jù)處理?變異檢．測(cè)?群體分析??■?ｒ?Ｉ?ｒ．?ｍ?ｉ??Ｗｍ?—?ＢＰ３?■■??ｊｏｉ?ｉｎｎｒ?ｒ－ｉＬ??ＨＥＳａＪＩＩ??圖２－２數(shù)據(jù)分析流程??Ｆｉｇ．２－２?Ｔｈｅ?ｗｏｒｋｆｌｏｗ?ｏｆ?ｄａｔａ?ａｎａｌｙｓｉｓ??２．４．１測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估??經(jīng)過(guò)Ｉｌｌｕｍｉｎａ?Ｈｉｓｅｑ?ＰＥＩ?５０測(cè)序平臺(tái)得到的原始圖像數(shù)據(jù)經(jīng)ＣＡＳＡＶＡ堿基識(shí)別（ｂａｓｅ??ｃａｌｌｉｎｇ）轉(zhuǎn)化為原始的序列數(shù)據(jù)（Ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ?Ｒｅａｄｓ），稱(chēng)之為原始數(shù)據(jù)（ｒａｗ?ｄａｔａ）或ｒａｗ??ｒｅａｄｓ，以ｆａｓｔｑ格式儲(chǔ)存。數(shù)據(jù)的質(zhì)量主要從測(cè)序質(zhì)量，測(cè)序錯(cuò)誤率分布，ＧＣ含量分布??方面進(jìn)行評(píng)估。??２．４．２原始數(shù)據(jù)的過(guò)濾與統(tǒng)計(jì)??原始測(cè)序數(shù)據(jù)中會(huì)包含帶接頭的，低質(zhì)量的以及未檢測(cè)到的堿基等，為保證后續(xù)信??息分析的高效進(jìn)行，在分析前需將這些干擾序列過(guò)濾掉，得到有效數(shù)據(jù)，這些有效數(shù)據(jù)??稱(chēng)之為?ｃｌｅａｎ?ｄａｔａ?或?ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ。??原始數(shù)據(jù)過(guò)濾步驟如下．？??１）

Ｔｈｅ?ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ?ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｎｕｍｂｅｒ?ｏｆ?ＳＮＰ，?ａｎｄ?ｔｈｅ?ｏｒｄｉｎａｔｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｍｕｔａｔｉｏｎ?ｔｙｐｅ??ｏｆＳＮＰ??圖２－７?ＳＮＰ的突變類(lèi)型及數(shù)量分布??Ｆｉｇ?２－７?Ｍｕｔａｔｉｏｎ?ｔｙｐｅ?ａｎｄ?ｑｕａｎｔｉｔｙ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ＳＮＰ??２．５．５．２群體ＳＮＰ分析??基于群體ＳＮＰ的方法面對(duì)東北虎５只個(gè)體，華南虎３只個(gè)體分別進(jìn)行ＳＮＰ的檢測(cè)??與注釋。??東北虎群體的ＳＮＰ約有５５８萬(wàn)個(gè)。華南虎約有３９０萬(wàn)個(gè)，由于兩個(gè)亞種的群體數(shù)量??不相等，個(gè)體數(shù)目歸一化之后，華南虎約有７８萬(wàn)個(gè)，東北虎約有１８６萬(wàn)個(gè)，華南虎的群??體ＳＮＰ遠(yuǎn)遠(yuǎn)小于東北虎的。后者大約是前者的２．４倍�？梢酝茰y(cè)，華南虎群體的多態(tài)性??是低的。由于野生華南虎已經(jīng)滅絕。如今中國(guó)圈養(yǎng)的華南虎種群都是２０世紀(jì)中期捕獲??的６只野生華南虎的后代。由于現(xiàn)存圈養(yǎng)種群的血統(tǒng)沒(méi)有野生華南虎來(lái)改良，導(dǎo)致圈養(yǎng)??華南虎較高的近交程度，不斷下降的遺傳雜合性和遺傳多樣性。截至１９８６年３月中國(guó)??１７家動(dòng)物園詞養(yǎng)了?４０只純種的華南虎，其中包括２３名雄性和１４名雌性，其中沒(méi)有一??個(gè)是野生的。他們都是來(lái)自福建的一只野生雌虎和貴州的五只虎的第三代或第四代的后??代。造成了性別比例不平衡和不適當(dāng)?shù)呐鋵?duì)等問(wèn)題。２００５年

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3328650