水稻NAM基因家族的全基因組鑒定及表達(dá)分析(英文)
發(fā)布時間:2021-08-07 04:34
植物特異性轉(zhuǎn)錄因子NAM家族從屬于NAC轉(zhuǎn)錄因子超家族,在植株生長發(fā)育、生理代謝以及應(yīng)對各種脅迫反應(yīng)中均發(fā)揮重要作用。該研究采用生物信息學(xué)方法鑒定水稻基因組中的NAM基因,分析其時空表達(dá)模式、亞細(xì)胞定位以及蛋白相互作用,并采用實(shí)時定量qRT-PCR方法分析不同外源激素(如SA、ABA和MeJA)以及非生物脅迫(包括干旱、鹽和冷)處理下各NAM基因的表達(dá)特征,為進(jìn)一步探索NAM基因在非生物脅迫中的功能和應(yīng)激機(jī)制以及激素調(diào)控途徑奠定基礎(chǔ)。結(jié)果顯示:(1)從水稻基因組中共鑒定出48個NAM基因,進(jìn)化分析將其分為5個亞家族;NAM基因在水稻基因組中存在9對片段復(fù)制事件。(2)組織表達(dá)分析顯示,NAM基因在水稻不同組織及發(fā)育時期表現(xiàn)特異性表達(dá),特別是葉鞘、莖和節(jié)的生長過程中高表達(dá),且大多數(shù)是核定位,并存在多種蛋白互作。(3)實(shí)時定量qRT-PCR表達(dá)分析顯示,10個NAM基因在不同組織中均特異表達(dá);大部分NAM基因在鹽和干旱脅迫下表達(dá)上調(diào),而在冷脅迫下表達(dá)降低;SA、ABA和MeJA處理均可顯著改變各NAM基因的表達(dá)水平。研究表明,NAM基因在水稻生長發(fā)育、激素應(yīng)答和非生物脅迫響應(yīng)中具有重要作用...
【文章來源】:西北植物學(xué)報. 2020,40(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:11 頁
【文章目錄】:
1 Materials and methods
1.1 Materials
1.2 Methods
1.2.1 Identification of NAM proteins in rice
1.2.2 Gene structure and protein motif analysis
1.2.3 Phylogenetic and duplication analysis
1.2.4 Spatio-temporal expression and induced expression analysis
1.2.5 Sub-cellular location and protein interaction
2 Results
2.1 Rice NAM genes structure, distribution and protein motif
2.2 Systematic evolutionary and duplication analysis of rice NAM gene family
2.3 Spatio-temporal expression levels of the NAM genes in rice
2.4 Induced expression profiles of rice NAM genes
2.5 Subcellular location and protein interactions of rice NAM proteins
3 Discussion
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]穿心蓮轉(zhuǎn)錄因子ApNAC1的克隆、亞細(xì)胞定位及原核表達(dá)[J]. 王健,齊夢蝶,郭娟,申業(yè),林慧馨,黃璐琦. 中國中藥雜志. 2017(05)
本文編號:3327092
【文章來源】:西北植物學(xué)報. 2020,40(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:11 頁
【文章目錄】:
1 Materials and methods
1.1 Materials
1.2 Methods
1.2.1 Identification of NAM proteins in rice
1.2.2 Gene structure and protein motif analysis
1.2.3 Phylogenetic and duplication analysis
1.2.4 Spatio-temporal expression and induced expression analysis
1.2.5 Sub-cellular location and protein interaction
2 Results
2.1 Rice NAM genes structure, distribution and protein motif
2.2 Systematic evolutionary and duplication analysis of rice NAM gene family
2.3 Spatio-temporal expression levels of the NAM genes in rice
2.4 Induced expression profiles of rice NAM genes
2.5 Subcellular location and protein interactions of rice NAM proteins
3 Discussion
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]穿心蓮轉(zhuǎn)錄因子ApNAC1的克隆、亞細(xì)胞定位及原核表達(dá)[J]. 王健,齊夢蝶,郭娟,申業(yè),林慧馨,黃璐琦. 中國中藥雜志. 2017(05)
本文編號:3327092
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