數(shù)量性狀基因座（QTL）定位是現(xiàn)代數(shù)量遺傳學研究的主要手段。傳統(tǒng)的QTL定位主要是基于常規(guī)的分子標記遺傳圖譜。常規(guī)遺傳圖譜的分子標記密度不高,相鄰標記間通常都存在空白區(qū),因而必須根據(jù)兩側(cè)標記,通過連鎖分析對空白區(qū)進行QTL檢測。傳統(tǒng)的QTL區(qū)間作圖或復合區(qū)間作圖方法都是基于這一原理。近10多年來,由于高通量測序技術的發(fā)展,利用高通量測序已經(jīng)在不少物種中構(gòu)建出高密度或超高密度的遺傳圖譜。高密度遺傳圖譜已經(jīng)基本沒有空白區(qū),這意味著沒有必要使用雙側(cè)標記進行QTL定位,而是可以通過直接檢驗各個標記來定位QTL。因此,針對常規(guī)遺傳圖譜的QTL定位方法不能有效地利用高密度圖譜提供的信息,有必要專門開發(fā)適用于高密度圖譜的QTL定位方法。高通量測序技術對QTL定位研究帶來的另一個重要發(fā)展就是基于自然群體的全基因組關聯(lián)分析（GWAS）,目前已成為QTL定位的一種常用方法。然而,GWAS的靈敏度和精確度有賴于大樣本。目前,雖然高通量測序成本已大幅度降低,但進行大樣本重測序?qū)ζ胀ㄑ芯空邅碚f仍然是一筆巨大的費用。因此,如何在不增加重測序費用的條件下有效提高GWAS的靈敏度和精確度是一個亟待解決的問題。針對上述... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學福建省

【文章頁數(shù)】：83 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

決定系數(shù)、F統(tǒng)計量、k之間的關系

圖 2-2 余因子數(shù)量和F統(tǒng)計量的關系Figure 2-2. The relationship between the number of cofactors and the F-statistics圖 2-3 余因子數(shù)量和 統(tǒng)計量的關系Figure 2-3. The relationship between the number of cofactors and the R-squared從圖 2-2 和圖 2-3 可以看出，F(xiàn)統(tǒng)計量值越大，決定系數(shù) 值越大，線性擬合的效果越好，但F統(tǒng)計量達到最大值 1273 時，開始下降。 值趨于１，但在

圖 2-3 余因子數(shù)量和 統(tǒng)計量的關系Figure 2-3. The relationship between the number of cofactors and the R-squared從圖 2-2 和圖 2-3 可以看出，F(xiàn)統(tǒng)計量值越大，決定系數(shù) 值越大，線性擬合的效果越好，但F統(tǒng)計量達到最大值 1273 時，開始下降。 值趨于１，但在0.9889 時開始趨于平穩(wěn)。如果把兩張圖合并在一起，就會發(fā)現(xiàn)它們曲線相交在橫坐標為 13（余因子選擇個數(shù)）的點上。為了更詳細說明F統(tǒng)計量達到最大時，回歸模型總體最顯著時的細節(jié)，我們對余因子個數(shù)為 11、12、13 和 14 四組數(shù)據(jù)的細節(jié)進行比較，見表 2-2，設定 11 個數(shù)據(jù)（10 個 QTL 和 1 個 值）進行 QTL 定位（估計 QTL 位置和效應）時發(fā)現(xiàn)，選擇 13 個余因子時效果最佳，可完全定位到設定的 QTL，估計余因子效應值有 5 個（下劃線標注）更接近設定的效應值， 值最接近設定的中值，比設定 10 個 QTL 多一個余因子，是 Bin514 的效應被分解在 Bin512 和 Bin515 兩個位置上，但不會影響 QTL 定位�？偨Y(jié)：對回歸模型的總體顯著性進行檢驗，通過找到F統(tǒng)計量的最大值，便可以確定回歸模型余因子最佳的個數(shù)。由于F統(tǒng)計量服從F分布，在確定余因子最佳個數(shù)的時候，可以通過數(shù)值逼近的方式快速確定，消耗較少的計算資源。

【參考文獻】：
期刊論文
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本文編號：3324074