發(fā)布時(shí)間：2021-08-05 16:23

　　數(shù)量性狀基因座（QTL）定位是現(xiàn)代數(shù)量遺傳學(xué)研究的主要手段。傳統(tǒng)的QTL定位主要是基于常規(guī)的分子標(biāo)記遺傳圖譜。常規(guī)遺傳圖譜的分子標(biāo)記密度不高,相鄰標(biāo)記間通常都存在空白區(qū),因而必須根據(jù)兩側(cè)標(biāo)記,通過(guò)連鎖分析對(duì)空白區(qū)進(jìn)行QTL檢測(cè)。傳統(tǒng)的QTL區(qū)間作圖或復(fù)合區(qū)間作圖方法都是基于這一原理。近10多年來(lái),由于高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,利用高通量測(cè)序已經(jīng)在不少物種中構(gòu)建出高密度或超高密度的遺傳圖譜。高密度遺傳圖譜已經(jīng)基本沒(méi)有空白區(qū),這意味著沒(méi)有必要使用雙側(cè)標(biāo)記進(jìn)行QTL定位,而是可以通過(guò)直接檢驗(yàn)各個(gè)標(biāo)記來(lái)定位QTL。因此,針對(duì)常規(guī)遺傳圖譜的QTL定位方法不能有效地利用高密度圖譜提供的信息,有必要專門開發(fā)適用于高密度圖譜的QTL定位方法。高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)QTL定位研究帶來(lái)的另一個(gè)重要發(fā)展就是基于自然群體的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）,目前已成為QTL定位的一種常用方法。然而,GWAS的靈敏度和精確度有賴于大樣本。目前,雖然高通量測(cè)序成本已大幅度降低,但進(jìn)行大樣本重測(cè)序?qū)ζ胀ㄑ芯空邅?lái)說(shuō)仍然是一筆巨大的費(fèi)用。因此,如何在不增加重測(cè)序費(fèi)用的條件下有效提高GWAS的靈敏度和精確度是一個(gè)亟待解決的問(wèn)題。針對(duì)上述... 

【文章來(lái)源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁(yè)數(shù)】：83 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

決定系數(shù)、F統(tǒng)計(jì)量、k之間的關(guān)系

圖 2-2 余因子數(shù)量和F統(tǒng)計(jì)量的關(guān)系Figure 2-2. The relationship between the number of cofactors and the F-statistics圖 2-3 余因子數(shù)量和 統(tǒng)計(jì)量的關(guān)系Figure 2-3. The relationship between the number of cofactors and the R-squared從圖 2-2 和圖 2-3 可以看出，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量值越大，決定系數(shù) 值越大，線性擬合的效果越好，但F統(tǒng)計(jì)量達(dá)到最大值 1273 時(shí)，開始下降。 值趨于１，但在

圖 2-3 余因子數(shù)量和 統(tǒng)計(jì)量的關(guān)系Figure 2-3. The relationship between the number of cofactors and the R-squared從圖 2-2 和圖 2-3 可以看出，F(xiàn)統(tǒng)計(jì)量值越大，決定系數(shù) 值越大，線性擬合的效果越好，但F統(tǒng)計(jì)量達(dá)到最大值 1273 時(shí)，開始下降。 值趨于１，但在0.9889 時(shí)開始趨于平穩(wěn)。如果把兩張圖合并在一起，就會(huì)發(fā)現(xiàn)它們曲線相交在橫坐標(biāo)為 13（余因子選擇個(gè)數(shù)）的點(diǎn)上。為了更詳細(xì)說(shuō)明F統(tǒng)計(jì)量達(dá)到最大時(shí)，回歸模型總體最顯著時(shí)的細(xì)節(jié)，我們對(duì)余因子個(gè)數(shù)為 11、12、13 和 14 四組數(shù)據(jù)的細(xì)節(jié)進(jìn)行比較，見表 2-2，設(shè)定 11 個(gè)數(shù)據(jù)（10 個(gè) QTL 和 1 個(gè) 值）進(jìn)行 QTL 定位（估計(jì) QTL 位置和效應(yīng)）時(shí)發(fā)現(xiàn)，選擇 13 個(gè)余因子時(shí)效果最佳，可完全定位到設(shè)定的 QTL，估計(jì)余因子效應(yīng)值有 5 個(gè)（下劃線標(biāo)注）更接近設(shè)定的效應(yīng)值， 值最接近設(shè)定的中值，比設(shè)定 10 個(gè) QTL 多一個(gè)余因子，是 Bin514 的效應(yīng)被分解在 Bin512 和 Bin515 兩個(gè)位置上，但不會(huì)影響 QTL 定位�？偨Y(jié)：對(duì)回歸模型的總體顯著性進(jìn)行檢驗(yàn)，通過(guò)找到F統(tǒng)計(jì)量的最大值，便可以確定回歸模型余因子最佳的個(gè)數(shù)。由于F統(tǒng)計(jì)量服從F分布，在確定余因子最佳個(gè)數(shù)的時(shí)候，可以通過(guò)數(shù)值逼近的方式快速確定，消耗較少的計(jì)算資源。

【參考文獻(xiàn)】：
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