為分析坡壘、青梅葉綠體基因組密碼子偏好性使用模式,運(yùn)用CodonW、R語言等軟件對49條坡壘葉綠體基因組密碼子和51條青梅葉綠體基因組密碼子進(jìn)行中性繪圖、ENC-plot等系統(tǒng)分析。結(jié)果表明,坡壘、青梅葉綠體基因組有效密碼子數(shù)（ENC）均超過50,其密碼子偏好性較弱。中性繪圖分析發(fā)現(xiàn),坡壘和青梅GC₃與GC₁₂相關(guān)不顯著,回歸斜率分別為0.21、0.18,說明密碼子偏好性主要受到自然選擇的影響。ENC-plot分析結(jié)果顯示,兩者均約有20個基因分布在ENC期望值曲線附近,這部分基因密碼子偏性主要受突變影響。相對同義密碼子使用度（RSCU）分析發(fā)現(xiàn),坡壘、青梅最優(yōu)密碼子各有17、15個,且多以A/T結(jié)尾,但兩者中相同的最優(yōu)密碼子僅有11個。其中,坡壘密碼子第1位堿基及序列長度對葉綠體基因組密碼子偏性影響較大;青梅則是第3位堿基組成對密碼子偏性影響較大。綜上,坡壘、青梅葉綠體基因組密碼子偏性是由選擇和突變及其它因素共同作用形成的,但存在一定差異。 

【文章來源】：林業(yè)調(diào)查規(guī)劃. 2020,45(06)

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

中性繪圖分析

PR2-plot 繪圖分析

ENC-plot 繪圖分析

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號：3289174