核酸結構調控的模擬酶催化及應用
發(fā)布時間:2021-07-08 20:29
自從發(fā)現(xiàn)天然核酶以來,核酸不僅是遺傳信息的存儲和加工介質,而且還表現(xiàn)出催化活性。這些核酸的多功能性推動了許多研究朝著實際應用發(fā)展,例如生物分子檢測、生物工程和納米醫(yī)學。與天然蛋白質酶和核酶相比,DNA酶(DNAzyme)具有許多實際優(yōu)勢,例如DNA酶比蛋白質酶和核酶更具有化學和熱穩(wěn)定性,這使DNA酶更適合現(xiàn)場測試和現(xiàn)場分析,而且DNA的化學合成進展極大地降低了DNA酶的生產成本。同時,在許多領域中已經探索了光敏氧化,例如光動力療法(PDT)和光動力抗菌化學療法(PACT)。盡管利用光敏劑(PS)產生的活性氧(ROS)具有新興的應用功能,但是光敏化過程的可控管理有時仍然存在問題。因此,隨著對DNA化學功能性的深入研究,DNA的選擇性識別特性使它們成為光敏氧化的優(yōu)秀調節(jié)劑。所以,本論文利用DNA結構的多樣性,根據(jù)不同的PS配體與DNA之間相互作用,開發(fā)了兩種基于DNA的光氧化模擬酶,為PDT以及生物傳感等方面提供一些方法。主要內容如下:1、可見光驅動的基于G-四鏈體(G4)的光氧化酶。G4/Hemin復合體已被廣泛用作模擬過氧化物酶的DNA酶,其通過催化H2O
【文章來源】:浙江師范大學浙江省
【文章頁數(shù)】:99 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
含AP位點的雙鏈DNA結構式示意圖[13]
第一章緒論3N-糖苷鍵的水解裂解導致AP位點的產生,這個過程是可由一些因素,如化學修飾來誘導產生(圖2),從而產生一個正電荷的核酸堿基和不穩(wěn)定的糖苷鍵[14]。糖苷鍵裂解高度依賴于pH,并且脫氧嘌呤核苷的裂解速率高于脫氧嘧啶核苷的裂解速率,脫氧鳥苷是最不穩(wěn)定的核苷,所以在酸性條件下處理DNA會以受控方式生成AP位點[15],大多數(shù)在DNA中生成AP位點或合成缺堿基寡核苷酸的方法均基于此原理。在1987年Stuart和Chambers利用尿嘧啶DNA-糖基化酶(UDG)產生脫堿基寡核苷酸[16],UDG可通過脫氨作用去除DNA中的胞嘧啶形成尿嘧啶殘基,從而生成所需的AP位點。此外,另外一種常用的合成缺堿基寡核苷酸的方法,通常用化學穩(wěn)定的四氫呋喃作為合成寡核苷酸AP位點中2"-脫氧核糖的穩(wěn)定類似物[17-18]。圖1.2AP的產生,修復和生物學影響的示意圖[18]Figure1.2Origin,repairandbiologicalconsequencesofspontaneousAPsites[18]AP位點作為DNA損傷的一種常見的形式,可能會變成潛在的致突變性甚至致死性病變[19](如圖1.2),可以阻止DNA復制和轉錄。但是,并不是AP位點的形成一定會造成DNA的永久損傷,因為AP位點可以被生物體內具有修復功能的酶進行自我修復的[20]。因此,AP位點修復是細胞存活的關鍵步驟,在單個DNA受損堿基的修復過程中,AP位點是修復過程中的中間體,所以AP位點的修復與堿基切除修復途徑(BER)密切相關,而且在人類細胞中BER是去除
第一章緒論4內源性DNA損傷的主要DNA修復途徑。BER涉及特定的DNA糖基化酶,可去除修飾的或異常的核酸堿基,并產生AP位點。BER過程是通過各種類型的特異性酶在AP位點進行酶促裂解而引發(fā)的,在產生AP位點之后,II類apurinic-apyrimidinic(AP)核酸內切酶在AP位點的5"切割磷酸二酯鍵,形成5"-磷酸和3"-OH殘基,隨后該殘基會被DNA脫氧核糖磷酸二酯酶去除,DNA聚合酶在5"-磷酸和3"-OH末端的單核苷酸缺口處發(fā)揮作用,添加正確的核苷酸,最后DNA連接酶將磷酸骨架中的缺口連接起來完成整個BER修復[21]。圖3為BER過程AP位點修復的示意圖。圖1.3堿基切除修復(BER)中AP位點的修復[19]Figure1.3BaseexcisionrepairofAPsites[19]1.2.2AP-DNA的熒光識別在DNA雙鏈中,AP位點也可能是受損堿基沒有被功能性修復酶修復而產生的,開發(fā)針對AP位點的選擇性識別方法對于識別此類DNA損傷以及探索該損傷的治療藥物至關重要。通過熒光識別AP-DNA的方法便捷且靈敏度高,但熒光方法基本都是基于配體探針,因為DNA雙鏈體中的AP位點本質上是疏水的,疏水配體將很容易地與目標堿基進行氫鍵鍵合,并與位于AP位點兩側的堿基堆疊而進入AP位點。2003年Yoshimoto等人[22]使用2-氨基-7-甲基-吡啶
本文編號:3272281
【文章來源】:浙江師范大學浙江省
【文章頁數(shù)】:99 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
含AP位點的雙鏈DNA結構式示意圖[13]
第一章緒論3N-糖苷鍵的水解裂解導致AP位點的產生,這個過程是可由一些因素,如化學修飾來誘導產生(圖2),從而產生一個正電荷的核酸堿基和不穩(wěn)定的糖苷鍵[14]。糖苷鍵裂解高度依賴于pH,并且脫氧嘌呤核苷的裂解速率高于脫氧嘧啶核苷的裂解速率,脫氧鳥苷是最不穩(wěn)定的核苷,所以在酸性條件下處理DNA會以受控方式生成AP位點[15],大多數(shù)在DNA中生成AP位點或合成缺堿基寡核苷酸的方法均基于此原理。在1987年Stuart和Chambers利用尿嘧啶DNA-糖基化酶(UDG)產生脫堿基寡核苷酸[16],UDG可通過脫氨作用去除DNA中的胞嘧啶形成尿嘧啶殘基,從而生成所需的AP位點。此外,另外一種常用的合成缺堿基寡核苷酸的方法,通常用化學穩(wěn)定的四氫呋喃作為合成寡核苷酸AP位點中2"-脫氧核糖的穩(wěn)定類似物[17-18]。圖1.2AP的產生,修復和生物學影響的示意圖[18]Figure1.2Origin,repairandbiologicalconsequencesofspontaneousAPsites[18]AP位點作為DNA損傷的一種常見的形式,可能會變成潛在的致突變性甚至致死性病變[19](如圖1.2),可以阻止DNA復制和轉錄。但是,并不是AP位點的形成一定會造成DNA的永久損傷,因為AP位點可以被生物體內具有修復功能的酶進行自我修復的[20]。因此,AP位點修復是細胞存活的關鍵步驟,在單個DNA受損堿基的修復過程中,AP位點是修復過程中的中間體,所以AP位點的修復與堿基切除修復途徑(BER)密切相關,而且在人類細胞中BER是去除
第一章緒論4內源性DNA損傷的主要DNA修復途徑。BER涉及特定的DNA糖基化酶,可去除修飾的或異常的核酸堿基,并產生AP位點。BER過程是通過各種類型的特異性酶在AP位點進行酶促裂解而引發(fā)的,在產生AP位點之后,II類apurinic-apyrimidinic(AP)核酸內切酶在AP位點的5"切割磷酸二酯鍵,形成5"-磷酸和3"-OH殘基,隨后該殘基會被DNA脫氧核糖磷酸二酯酶去除,DNA聚合酶在5"-磷酸和3"-OH末端的單核苷酸缺口處發(fā)揮作用,添加正確的核苷酸,最后DNA連接酶將磷酸骨架中的缺口連接起來完成整個BER修復[21]。圖3為BER過程AP位點修復的示意圖。圖1.3堿基切除修復(BER)中AP位點的修復[19]Figure1.3BaseexcisionrepairofAPsites[19]1.2.2AP-DNA的熒光識別在DNA雙鏈中,AP位點也可能是受損堿基沒有被功能性修復酶修復而產生的,開發(fā)針對AP位點的選擇性識別方法對于識別此類DNA損傷以及探索該損傷的治療藥物至關重要。通過熒光識別AP-DNA的方法便捷且靈敏度高,但熒光方法基本都是基于配體探針,因為DNA雙鏈體中的AP位點本質上是疏水的,疏水配體將很容易地與目標堿基進行氫鍵鍵合,并與位于AP位點兩側的堿基堆疊而進入AP位點。2003年Yoshimoto等人[22]使用2-氨基-7-甲基-吡啶
本文編號:3272281
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