全基因組測序（Whole Genome Sequencing,WGS）是對未知基因組序列的個(gè)體進(jìn)行基因組的測序和分析的常規(guī)技術(shù)。基因組信息對于鑒定遺傳性疾病、表征驅(qū)動(dòng)癌癥進(jìn)展的突變和追蹤疾病爆發(fā)極為重要�；谌蚪M重測序的人類遺傳學(xué)和群體進(jìn)化學(xué)的研究,可以快速的實(shí)現(xiàn)基因組多樣性分析,遺傳進(jìn)化分析,致病和易感性基因等變異基因的篩選。目前,全基因組學(xué)測序主要是使用二代測序儀進(jìn)行測序,從樣本的提取、建庫、測序每一個(gè)環(huán)節(jié)都會(huì)影響測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量和產(chǎn)能,而測序數(shù)據(jù)質(zhì)量將影響下游信息分析的結(jié)果,因此,獲得高質(zhì)量的數(shù)據(jù)是生物信息分析全面,正確的前提。AT分離是測序數(shù)據(jù)質(zhì)量監(jiān)控的一個(gè)關(guān)鍵點(diǎn),AT分離的結(jié)果可能會(huì)影響到下游生信分析的變異檢測和CNV分析,同時(shí),也可能會(huì)導(dǎo)致一些高GC區(qū)域的覆蓋度偏低,減低高GC區(qū)域的位點(diǎn)分析準(zhǔn)確性,或無法分析微衛(wèi)星位點(diǎn)信息。雖然AT分離偏大或偏小對生信分析的影響不大,但為了將這種影響降低至最小,我們對這個(gè)指標(biāo)的影響因素進(jìn)行了分析并優(yōu)化,確保更好的保證測序數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性和可靠性。本文采用華大自主研發(fā)的測序儀（BGISEQ-500、DIPSEQ）進(jìn)行WGS文庫的測序,并對測序數(shù)... 

【文章來源】：華南理工大學(xué)廣東省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：61 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

DNB制備規(guī)則陣列芯片（PatternedArray）：是采用先進(jìn)的半導(dǎo)體精密加工工藝，在硅片表面

華南理工大學(xué)工程碩士學(xué)位論文6物稱為NDA納米球（DNAnanoball,DNB），如下圖1-1所示。RCA是線性擴(kuò)增，每一輪的擴(kuò)增都是以原始的環(huán)狀DNA為模板，使用保證性極高的聚合酶，擴(kuò)增后的DNB在同一個(gè)位置上出現(xiàn)同樣錯(cuò)誤的概率幾乎是零，因此可以有效的避免擴(kuò)增錯(cuò)誤累積的問題，從而提高測序的準(zhǔn)確定。圖1-1DNB制備規(guī)則陣列芯片（PatternedArray）：是采用先進(jìn)的半導(dǎo)體精密加工工藝，在硅片表面形成結(jié)合位點(diǎn)陣列，實(shí)現(xiàn)DNA納米球的規(guī)則排列吸附。陣列芯片修飾位點(diǎn)的間距均一，每個(gè)位點(diǎn)至固定一個(gè)DNB，可保證不同的納米球之間光信號不會(huì)互相干擾，也保證了測序準(zhǔn)確度，同時(shí)也提高了測序芯片的利用效率，提供了最高的成像效率和最優(yōu)的試劑用量。DNB加載：DNB在酸性條件下帶負(fù)電，在表面活化劑的輔助下，通過正負(fù)電荷的相互作用，被加載到芯片中有正電荷修飾的活化位點(diǎn)的過程，稱為DNB加載，如下圖1-2所示。DNB與芯片上活化位點(diǎn)的直徑大小相當(dāng)，可避免了多個(gè)DNB同時(shí)結(jié)合到同一個(gè)位點(diǎn)上，可提高DNB的有效利用率。圖1-2DNB加載聯(lián)合探針錨定聚合測序法：即combinatorialProbeAnchorSynthesis,Cpas，是指在DNA聚合酶的作用下，DNA分子錨和熒光探針在DNB上進(jìn)行聚合，洗脫未結(jié)合的探

華南理工大學(xué)工程碩士學(xué)位論文1412000xg的離心機(jī)中離心30-60s；9)棄其濾液，將柱子裝回收集管中，取650μLBufferGW2（已稀釋）到柱子中，在12000xg的離心機(jī)中離心30-60s；10)棄其濾液，將柱子裝回收集管中，在12000xg的離心機(jī)中離心2min，去除柱子上殘余的乙醇；11)將柱子轉(zhuǎn)移到新的1.5mL的離心管中，取30-100μLAEBuffer（AEBuffer需預(yù)加熱到65℃）到膜中央，并于室溫下放置2min后，在12000xg的離心機(jī)中離心1min；12)丟棄結(jié)合住，保存DNA，并進(jìn)行建庫。2.2.2文庫的構(gòu)建2.2.2.1WGS建庫樣本的質(zhì)量要求基因組DNA總量m≥1μg，濃度≥12.5ng/μL，電泳結(jié)果沒有降解或者輕微降解，電泳結(jié)果判定參考下圖所示。圖2-1電泳結(jié)果判斷圖2.2.2.2DNA打斷和片段選擇1)將提取到的DNA在CovarisLE220打斷儀上進(jìn)行打斷，打斷儀的設(shè)定參數(shù)如下表所示：

【參考文獻(xiàn)】：
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3217205