糖基化是生物界中普遍存在且非常重要的蛋白質(zhì)翻譯后修飾之一,有研究表明真核生物中有50%以上的蛋白質(zhì)含有潛在的糖基化修飾位點。隨著質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展,研究熱點從糖組學(xué)的糖鏈結(jié)構(gòu)鑒定和蛋白質(zhì)組學(xué)的糖基化位點鑒定逐漸發(fā)展到糖蛋白質(zhì)組學(xué)的位點特異糖鏈鑒定,即完整糖肽的規(guī)模化鑒定。蛋白質(zhì)糖基化的修飾在蛋白質(zhì)折疊、免疫、信號傳導(dǎo)等方面有著重要的生物學(xué)功能。在實際應(yīng)用中,多種疾病診斷的生物標(biāo)志物和蛋白質(zhì)藥物是糖蛋白,更有大量具有重要和特殊功能的糖蛋白有待深入解析其糖基化修飾與疾病的相關(guān)性,因此,迫切需要研究和開發(fā)一套能夠規(guī)�；馕鎏堑鞍捉Y(jié)構(gòu)的算法和流程。但是由于糖結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫的缺乏以及糖結(jié)構(gòu)本身結(jié)構(gòu)的復(fù)雜性,導(dǎo)致N-糖肽結(jié)構(gòu)解析中遇到了極大的挑戰(zhàn),已有的方法在解決這類問題上結(jié)果并不是很理想。在此背景下,本研究以質(zhì)譜數(shù)據(jù)中糖鏈碎片特征的關(guān)聯(lián)關(guān)系為基礎(chǔ),利用改進的多重最小支持度關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘構(gòu)建了B離子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫,并將構(gòu)建好的數(shù)據(jù)庫應(yīng)用在完整N-糖肽鑒定流程中,取得了如下創(chuàng)新型成果:1.挖掘糖結(jié)構(gòu)碎片之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系,構(gòu)建B離子結(jié)構(gòu)庫。本研究針對質(zhì)譜數(shù)據(jù)事務(wù)集中不同數(shù)據(jù)項的重要性和出現(xiàn)概率各不相同的問題,結(jié)合垂直... 

【文章來源】：西安電子科技大學(xué)陜西省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：78 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
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第一章 緒論
    1.1 研究背景
    1.2 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 基于質(zhì)譜技術(shù)的蛋白質(zhì)鑒定研究現(xiàn)狀
        1.2.2 基于質(zhì)譜技術(shù)的糖肽鑒定研究現(xiàn)狀
        1.2.3 多重最小支持度研究現(xiàn)狀
    1.3 研究內(nèi)容及意義
    1.4 章節(jié)安排
第二章 相關(guān)知識介紹
    2.1 質(zhì)譜技術(shù)介紹
    2.2 N糖結(jié)構(gòu)編碼方式
        2.2.1 糖結(jié)構(gòu)編碼
        2.2.2 雙側(cè)外包分層編碼方法
    2.3 關(guān)聯(lián)規(guī)則的基本概念
    2.4 經(jīng)典關(guān)聯(lián)規(guī)則算法
        2.4.1 FP-Growth算法及生成過程實例
        2.4.2 Eclat算法及生成過程實例
    2.5 本章小結(jié)
第三章 基于多重最小支持度關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘算法構(gòu)建B離子庫
    3.1 B離子結(jié)構(gòu)的稀少數(shù)據(jù)項問題
    3.2 基于多重最小支持度關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘算法
        3.2.1 CFP-Growth++算法
        3.2.2 改進的多重最小支持度關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘算法
    3.3 質(zhì)譜數(shù)據(jù)預(yù)處理
        3.3.1 篩選糖肽譜圖
        3.3.2 母離子單同位素峰質(zhì)量矯正
        3.3.3 去除同位素峰簇及電荷確定
    3.4 實驗設(shè)計及結(jié)果分析
        3.4.1 B離子關(guān)聯(lián)規(guī)則挖掘?qū)嶒炘O(shè)計
        3.4.2 實驗結(jié)果分析
    3.5 本章小結(jié)
第四章 基于B離子庫的N-糖肽鑒定方法及生物意義解釋
    4.1 完整N-糖肽鑒定方法
    4.2 多肽序列鑒定
        4.2.1 常規(guī)的多肽鑒定方法
        4.2.2 改進的多肽鑒定方法
    4.3 糖鏈組成和結(jié)構(gòu)鑒定
        4.3.1 N-糖鏈結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)分析
        4.3.2 N-糖鏈組成和結(jié)構(gòu)鑒定流程
    4.4 實驗及結(jié)果分析
        4.4.1 實驗數(shù)據(jù)及設(shè)置
        4.4.2 性能評價指標(biāo)的描述
        4.4.3 鑒定結(jié)果及方法比較
        4.4.4 生物學(xué)意義解釋
    4.5 本章小結(jié)
第五章 總結(jié)與展望
    5.1 工作總結(jié)
    5.2 工作展望
參考文獻
致謝
作者簡介


【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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[6]質(zhì)譜數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)化存儲及壓縮問題研究[D]. 馬海濱.國防科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2010



本文編號：3173636