病毒與宿主間的遺傳沖突會(huì)導(dǎo)致循環(huán)往復(fù)的進(jìn)化軍備競賽。病毒需結(jié)合宿主細(xì)胞表面上的受體分子（絕大多數(shù)為蛋白）來感染宿主細(xì)胞。病毒受體蛋白是具有正常生物學(xué)功能的宿主蛋白,但被病毒“挾持”用來輔助入侵宿主細(xì)胞。病毒受體在進(jìn)化上受到兩個(gè)相互沖突的作用力,即由于功能限制而導(dǎo)致的負(fù)選擇和因宿主病毒軍備競賽而引起的正選擇。尚不清楚病毒受體在多重選擇壓力下是如何進(jìn)化的。本研究系統(tǒng)地整理了目前已知的96個(gè)哺乳動(dòng)物病毒受體的信息,并通過比較基因組學(xué)和分子進(jìn)化分析的方法來研究哺乳動(dòng)物病毒受體基因在靈長類動(dòng)物中發(fā)生的進(jìn)化模式。研究發(fā)現(xiàn)52.1%的病毒受體基因在靈長類動(dòng)物進(jìn)化過程中經(jīng)歷了適應(yīng)性進(jìn)化。位點(diǎn)分析表明42.7%病毒受體基因中存在受正選擇的氨基酸位點(diǎn)。本研究將受正選擇的氨基酸位點(diǎn)與病毒和受體互作界面進(jìn)行了關(guān)聯(lián)分析,發(fā)現(xiàn)病毒受體中許多受選擇的氨基酸位點(diǎn)位于病毒和受體互作界面。本研究通過對靈長目動(dòng)物病毒受體基因以及對照基因進(jìn)行比較分析發(fā)現(xiàn)病毒受體基因的d N/d S顯著高于對照基因,病毒受體基因中受正選擇的基因比例顯著高于對照基因,病毒受體基因中受正選擇的支系以及正選擇位點(diǎn)比例顯著高于對照基因。這些結(jié)果表明宿... 

【文章來源】：南京師范大學(xué)江蘇省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：109 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1 病毒入侵
        1.1 病毒受體
        1.2 病毒入侵機(jī)制
    2 病毒與宿主進(jìn)化
        2.1 進(jìn)化軍備競賽
        2.2 病毒-宿主軍備競賽研究進(jìn)展
    3 正選擇檢測
    4 群體遺傳學(xué)分析
    5 本研究的目的和意義
第2章 病毒受體基因在靈長類的進(jìn)化研究
    1 材料方法
        1.1 靈長類基因組的獲取
        1.2 病毒受體信息收集
        1.3 病毒受體基因GO富集分析
        1.4 病毒受體基因同源序列識別
        1.5 病毒受體基因的進(jìn)化分析
    2 結(jié)果
        2.1 病毒受體基因信息
        2.2 病毒受體GO富集分析
        2.3 病毒受體選擇壓力分析
        2.4 病毒與受體互作界面的正選擇位點(diǎn)
    3 討論
第3章 病毒受體基因與對照基因進(jìn)化的比較研究
    1 材料方法
        1.1 病毒受體對照基因的選取
        1.2 統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)
    2 結(jié)果
        2.1 病毒受體與對照基進(jìn)化的對比研究
        2.2 病毒受體與對照基GO富集的對比研究
        2.3 病毒受體間的進(jìn)化的對比研究
    3 討論
第4章 病毒受體基因在人群中的進(jìn)化研究
    1 材料方法
        1.1 人類群體遺傳變異數(shù)據(jù)提取
        1.2 中性檢驗(yàn)
        1.3 單倍型純合度檢驗(yàn)
        1.4 群體差異分析
        1.5 受體基因疾病關(guān)聯(lián)
    2 結(jié)果
        2.1 病毒受體的群體遺傳分析
        2.2 病毒受體疾病關(guān)聯(lián)
    3 討論
第5章 總結(jié)
參考文獻(xiàn)
在讀期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文及研究成果
致謝
附錄A



本文編號：3168488