煙草葉綠體基因組RNA編輯位點的鑒定與分析
發(fā)布時間:2021-04-25 14:56
為了更好地了解煙草葉綠體基因組中RNA編輯位點的數(shù)量及它們發(fā)揮的功能,本研究借助煙草3種器官(葉,花,根)的基因組測序數(shù)據(jù)及RNA測序數(shù)據(jù),對煙草葉綠體基因組里胞嘧啶(C)轉(zhuǎn)換為尿嘧啶(U)的RNA編輯位點進行了鑒定。在煙草葉綠體基因組中,發(fā)現(xiàn)了1 002個RNA編輯位點。609個編輯位點位于63個蛋白編碼基因,占所有編輯位點的60.8%,其中無義突變的編輯位點46個。蛋白編碼基因中,rpoC2、ycf1和ndhD發(fā)生的編輯位點最多,RNA基因中trnG、trnfM和trnD有最多的編輯位點。對葉、花和根中的編輯位點進行比較,根的RNA編輯位點最多,為652個。這些無義突變的RNA編輯位點,在花、根中主要是影響參與光合作用的基因,而在葉中這些基因未受影響。表明RNA編輯作為轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的一種方式,對于維持不同器官的功能是非常重要的。本研究為進一步研究煙草RNA編輯的生物學(xué)功能提供幫助。
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(20)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 RNA編輯位點
1.2 葉的編輯位點
1.3 花的編輯位點
1.4 根的編輯位點
1.5 葉、花、根編輯位點比較
2 討論
3 材料與方法
3.1 數(shù)據(jù)及實驗設(shè)計
3.2 數(shù)據(jù)質(zhì)控及比對到參考基因組
3.3 鑒定RNA編輯位點
作者貢獻
【參考文獻】:
期刊論文
[1]蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子進化特點研究[J]. 段義忠,王建武,亢福仁,李娟. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(07)
[2]RNA editing machinery in plant organelles[J]. Junjie Yan,Qunxia Zhang,Ping Yin. Science China(Life Sciences). 2018(02)
[3]大麥葉綠體基因RNA編輯位點的預(yù)測與鑒定[J]. 馬紅戰(zhàn),張保軍,樊虎玲. 麥類作物學(xué)報. 2013(06)
[4]煙草表達(dá)抗病基因同源物(RGA)的鑒定及RGA-SSR標(biāo)記的開發(fā)[J]. 袁清華,謝銳鴻,張振臣,馬柱文,李集勤,李淑玲,陳俊標(biāo). 作物學(xué)報. 2014(02)
本文編號:3159585
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(20)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:8 頁
【文章目錄】:
1 結(jié)果與分析
1.1 RNA編輯位點
1.2 葉的編輯位點
1.3 花的編輯位點
1.4 根的編輯位點
1.5 葉、花、根編輯位點比較
2 討論
3 材料與方法
3.1 數(shù)據(jù)及實驗設(shè)計
3.2 數(shù)據(jù)質(zhì)控及比對到參考基因組
3.3 鑒定RNA編輯位點
作者貢獻
【參考文獻】:
期刊論文
[1]蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子進化特點研究[J]. 段義忠,王建武,亢福仁,李娟. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2018(07)
[2]RNA editing machinery in plant organelles[J]. Junjie Yan,Qunxia Zhang,Ping Yin. Science China(Life Sciences). 2018(02)
[3]大麥葉綠體基因RNA編輯位點的預(yù)測與鑒定[J]. 馬紅戰(zhàn),張保軍,樊虎玲. 麥類作物學(xué)報. 2013(06)
[4]煙草表達(dá)抗病基因同源物(RGA)的鑒定及RGA-SSR標(biāo)記的開發(fā)[J]. 袁清華,謝銳鴻,張振臣,馬柱文,李集勤,李淑玲,陳俊標(biāo). 作物學(xué)報. 2014(02)
本文編號:3159585
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