環(huán)狀RNA（circular RNA,circRNA）是由線性RNA的3’和5’末端連接起來形成的,區(qū)別于傳統(tǒng)的線性RNA,是一種特殊的內源性RNA分子,因其結構不容易被RNA酶降解,因此比線性RNA更穩(wěn)定。circRNAs可在生物體中以多種類型大量存在,具有調控基因表達的作用,其廣泛性、保守性及組織特異性等性質都預示著它在未來可能成為一種新型的生物標志物。目前,已經在動物中鑒定了大量具有調節(jié)能力的非編碼circRNAs,但在植物中的研究卻很少。光是植物生長發(fā)育的最重要的環(huán)境因素之一,影響植物幼苗的形態(tài)建成、葉綠體的建成和光合作用等過程。本研究選取模式植物擬南芥為實驗材料,通過高通量測序,生物信息學分析,并結合分子生物學的方法,對黃化與脫黃化擬南芥幼苗建成過程中circRNAs的表達情況進行深入研究。主要結果如下:（1）通過RNase R消化、高通量測序與生物信息學分析,共鑒定得到499個circRNAs分子,隨機分布在擬南芥的1-5號染色體、線粒體基因和葉綠體基因組中。173個circRNAs來源于編碼蛋白質的基因的外顯子區(qū)域,27個來自于內含子區(qū)域,309個circRNAs來自于基... 

【文章來源】：北京林業(yè)大學北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數】：114 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

全基因組circRNAs的鑒定Figure2.2Genome-wideidentificationofcircRNAs

＿３９８的接頭序列。根據預測ｃｉｒｃＲＮＡｓ??上的ｍｉＲＮＡ結合位點，進而繪制出ｍｉＲＮＡ與ｃｉｒｃＲＮＡｓ的調控網絡，見圖２．６。??ｍｉＲＮＡ可能只與一個ｃｉｒｃＲＮＡ結合，可能同時于多種ｃｉｒｃＲＮＡｓ結合，同樣，ｃｉｒｃＲＮＡｓ??可同時結合多個一種或幾種的ｍｉＲＮＡ，多個ｍｉＲＮＡｓ和多個ｃｉｒｃＲＮＡｓ互作。通過預??測，ｍｉＲＮＡ－ｃｉｒｃＲＮＡ的互作網絡較為復雜，以上這些ｃｉｒｃＲＮＡｓ具有許多潛在的??ｍｉＲＮＡ結合位點，可能參與各自親本基因的轉錄后調節(jié)。??、ｆＺ?．??？?脅??ｆ?氣＇／Ｌｙ?＾??＾?ｉ??戶?，？??？魯?ｅ??？ｖ、?？??濤?ｆ?ｆ?？??＊?、?／?／??金??氣、?＾?ｐ??ｏ?＾?＾??－?，■＊?令－??＊?＾?▲????－ｒｖＳＷＡ??？?ｃｕｃＲＷ??圖２．６?ｍｉＲＮＡ與ｃｉｒｃＲＮＡ調控網絡??注：橙色為ｍｉＲＮＡ，藍色為ｃｉｒｃＲＮＡ；點的大小表示調控通路數量。??Ｆｉｇｕｒｅ?２．６?Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ?ｎｅｔｗｏｒｋ?ｏｆ?ｍｉＲＮＡ?ａｎｄ?ｃｉｒｃＲＮＡ??Ｎｏｔｅｓ：?Ｔｈｅ?ｏｒａｎｇｅ?ｄｏｔｓ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ?ｍｉＲＮＡ

?于以上４個ｃｐ－ｃｉｒｃＲＮＡｓ，芯片上僅存在少量熒光斑點，而空白對照的芯片沒有熒光??斑點（圖３．２Ｂ）。??Ａ?Ｂ??Ｅｔｉｏｌａｔｅｄ?Ｄｅ－ｅｔｋ＞ｌａｔ？ｄ?Ｅｔｉｏｌａｔｅｄ?Ｄｅ－？ｔｌｏｌａｔｅｄ??Ｐｒｏｂｅ??—＊？???＾—?Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ?ｐｒｉｍｅｒ??２?ｆ?＾??（８３＜：５＾，，＜：６?＼?ａｔｈ＿ｄｒｃ＿４７６?ａｔｈ＿ｃｔｃ＿４８０??＾?９?９??ａｔｈ＿ｄｒｃ＿４７７?ｙｃｆ５??Ｐｒｏｂｅ?￣?￣?Ｐｒｏｂｅ??＞?—Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ?ｐｒｉｍｅｒ?—?，??＼?／?＾?ｎ??ａｔｈ＿ｃｌｒｃ＿４７Ｓ?ＮＴＣ??圖３．２擬南芥幼苗中ｃｐ－ｃｉｒｃＲＮＡｓ的驗證??注：（Ａ）探針和引物的設計，探針含有剪接位點，并具有５’熒光團ＦＡＭ和３’熒光猝滅劑ＭＧＢ，??引物位于接頭序列的兩端；（Ｂ）ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ３Ｄ中ｃｐ－ｃｉｒｃＲＮＡ的結果，藍色點為陽性樣本，ＮＴＣ??是空白對照。??Ｆｉｇｕｒｅ?３．２?Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｃｐ－ｃｉｒｃＲＮＡｓ?ｉｎ?Ａ．?ｔｈａｌｉａｎａ?ｓｅｅｄｌｉｎｇｓ??Ｎｏｔｅｓ：?（Ａ）?Ｔｈｅ?ｄｅｓｉｇｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｐｒｏｂｅｓ?ａｎｄ?ｐｒｉｍｅｒｓ．?Ｔｈｅ?ｐｒｏｂｅｓ?ｃｏｎｔａｉｎｅｄ?ｔｈｅ?ｂａｃｋ－ｓｐｌｉｃｅ?ｓｉｔｅ?ｗｉｔｈ?ｔｈｅ?５＇??ｆｌｕｏｒｏｐｈｏｒｅ?ＦＡＭ?ａｎｄ?ｔｈｅ?３＇?ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ?Ｑｕｅｎｃｈｅｒ?ＭＧＢ


本文編號：3135610