枸杞LbCO基因的克隆與生物信息學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-04-10 14:20
CONSTANS (CO)基因是高等植物葉片中光周期途徑的關(guān)鍵成分,生物鐘及光信號控制CO基因的表達(dá)。本研究以寧夏枸杞(Lycium barbarum L.)品種之一‘寧杞7號’葉片為實(shí)驗(yàn)材料,通過轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果篩選,利用RT-PCR技術(shù)擴(kuò)增得到‘寧杞7號’的CO基因cDNA全長序列,命名為LbCO。利用生物信息學(xué)手段對所獲得的序列進(jìn)行結(jié)果及功能預(yù)測,結(jié)果顯示:LbCO基因的cDNA序列全長1 224 bp,編碼407個(gè)氨基酸,分子質(zhì)量為44.83 k D,理論等電點(diǎn)pI=5.58,不穩(wěn)定指數(shù)為39.66,是一種穩(wěn)定的非分泌蛋白。該蛋白亞細(xì)胞定位于細(xì)胞核,二級結(jié)構(gòu)中無規(guī)則卷曲占比最高(54.48%),其次為α-螺旋(28.99%)。系統(tǒng)進(jìn)化分析表明枸杞LbCO蛋白與其它物種的CO蛋白具有較高的同源性,其中與辣椒屬CO蛋白親緣關(guān)系最近。本研究為后續(xù)進(jìn)一步探討該基因編碼的蛋白在調(diào)控枸杞花期研究方面提供理論參考。
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(01)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
‘寧杞7號’枸杞LbCO基因的cDNA序列
枸杞LbCO蛋白跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測分析
通過Swiss-Model對LbCO編碼的蛋白建立三級結(jié)構(gòu)空間模型預(yù)測(圖8),結(jié)果顯示其蛋白三維結(jié)構(gòu)主要以無規(guī)則卷曲及α-螺旋為主。圖8 枸杞Lb CO編碼蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]水稻生物鐘相關(guān)基因的表達(dá)特征鑒定及其功能預(yù)測分析[J]. 董昭桐,雷雅琪,陳淼林,余婧,朱璐,許杰. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2016(03)
[2]不同產(chǎn)地寧夏枸杞土壤和果實(shí)中重金屬含量比較研究[J]. 齊國亮,鄭國琦,張磊,王俊,王彩艷,張艷. 北方園藝. 2014(15)
本文編號:3129792
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(01)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:6 頁
【部分圖文】:
‘寧杞7號’枸杞LbCO基因的cDNA序列
枸杞LbCO蛋白跨膜結(jié)構(gòu)域預(yù)測分析
通過Swiss-Model對LbCO編碼的蛋白建立三級結(jié)構(gòu)空間模型預(yù)測(圖8),結(jié)果顯示其蛋白三維結(jié)構(gòu)主要以無規(guī)則卷曲及α-螺旋為主。圖8 枸杞Lb CO編碼蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]水稻生物鐘相關(guān)基因的表達(dá)特征鑒定及其功能預(yù)測分析[J]. 董昭桐,雷雅琪,陳淼林,余婧,朱璐,許杰. 基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2016(03)
[2]不同產(chǎn)地寧夏枸杞土壤和果實(shí)中重金屬含量比較研究[J]. 齊國亮,鄭國琦,張磊,王俊,王彩艷,張艷. 北方園藝. 2014(15)
本文編號:3129792
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