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基于mtDNA全序列的噪鹛科部分鳥類的系統(tǒng)進化

發(fā)布時間:2021-03-25 00:58
  噪鹛科鳥類來自于雀形目一目中的原來的畫眉科。原來的畫眉科所包含的鳥類俗稱畫眉,其物種相互間的系統(tǒng)進化關系大多都是未知或有爭議的,噪鹛科中的鳥類也不例外。本實驗采用LA-PCR,引物步移法,以及測序得到大草鹛(Garrulax waddelli)(英文名:Giant Babax)、山噪鹛(Garrulax davidi)(英文名:Plain Laughingthrush)、灰腹噪鹛(Trochalopteron henrici)(英文名:Brown-cheeked Laughingthrush)和橙翅噪鹛(Trochalopteron elliotii)(英文名:Elliot’s Laughingthrush)的mtDNA全序列;分別對這4種鳥類的mtDNA序列長度、堿基含量、蛋白編碼基因(PCGs)、核糖體RNA基因(rRNA genes)、轉運RNA基因(tRNA genes),以及D-loop區(qū)進行分析;同時使用這4種鳥類mtDNA序列,及從NCBI中獲得的草鹛屬、噪鹛屬及彩翼噪鹛屬的10種鳥類與2種相思鳥屬鳥類,共16種噪鹛科鳥類的mtDNA全序列和它們序列中的13/12個蛋白編... 

【文章來源】:蘭州大學甘肅省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:85 頁

【學位級別】:碩士

【部分圖文】:

基于mtDNA全序列的噪鹛科部分鳥類的系統(tǒng)進化


鳥類mtDNA的基因排列順序(Singh,2008)

基因圖譜


和D-loop1(圖3-1)。圖 3-1 橙翅噪鹛 mtDNA 的基因圖譜Fig 3-1 The gene map of Trochalopteron elliotii mtDNA

二級結構,控制區(qū),非編碼區(qū),相似度


22圖 3-2 橙翅噪鹛 mtDNA 的 tRNA 二級結構Fig 3-2 The tRNA secondary structure of Trochalopteron elliotii mtDNA3.1.6 控制區(qū)橙翅噪鹛 mtDNA 中有 2 個 D-loop 區(qū),又稱為非編碼區(qū)或者控制區(qū)。D-loop1長 1,135 bp,A+T 的含量為 53.57%;D-loop2長 1,162 bp,A+T 的含量為 54.73%。經 NCBI Blast 比對發(fā)現(xiàn),這兩個控制區(qū)的相似度達到 100%。D-loop1分布于tRNAThr和 tRNAPro之間,D-loop2分布于 tRNAGlu和 tRNAPhe之間。

【參考文獻】:
期刊論文
[1]北京地區(qū)山噪鹛繁殖巢記述[J]. 鄭光美.  動物學雜志. 2016(05)
[2]鶯總科鳥類的系統(tǒng)分類進展評述(英文)[J]. Per ALSTRM,Urban OLSSON,雷富民.  Chinese Birds. 2013(02)
[3]甘肅卓尼橙翅噪鹛繁殖生態(tài)報道[J]. 蔣迎昕,朱永智,孫悅華.  四川動物. 2007(03)
[4]雀形目15種鳥類CoⅠ與Cyt b基因序列的比較[J]. 梁剛,張衛(wèi),雷富民,尹祚華,黃原,李天憲.  動物分類學報. 2007(03)
[5]山西蘆芽山自然保護區(qū)山噪鹛的生態(tài)觀察[J]. 吳麗榮.  四川動物. 2005(04)
[6]山西歷山黑臉噪鹛的生態(tài)習性觀察[J]. 劉榮,賈紅衛(wèi),寧建友.  動物學雜志. 2002(01)
[7]鷹科四種鳥類線粒體DNA的差異和分子進化關系的研究[J]. 李慶偉,田春宇,李爽.  遺傳. 2001(06)
[8]橙翅噪鹛的生態(tài)觀察[J]. 劉煥金,薛紅忠.  野生動物. 1999(01)
[9]山噪鹛繁殖習性的觀察[J]. 楊向明,李世廣.  動物學雜志. 1998(02)
[10]山噪鹛繁殖習性初步觀察[J]. 田德雨,仝英.  山西林業(yè)科技. 1998(01)

碩士論文
[1]鶇屬九種鳥線粒體基因組全序列比較及系統(tǒng)發(fā)生關系[D]. 江波.蘭州大學 2018
[2]倉鼠屬物種線粒體基因組特征及系統(tǒng)發(fā)生[D]. 丁勵.蘭州大學 2017
[3]部分雀形目鳥類的CoⅠ和Cytb基因序列測定及其系統(tǒng)發(fā)育研究[D]. 熊偉.四川農業(yè)大學 2010



本文編號:3098726

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