目的:研究核內(nèi)RNA與真核細(xì)胞基因組三維結(jié)構(gòu)的關(guān)系,并探討核內(nèi)RNA對(duì)染色體高級(jí)結(jié)構(gòu)如拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域（TAD）和A/B區(qū)室的影響。方法:利用全基因組染色質(zhì)構(gòu)象捕獲（Hi-C）技術(shù)對(duì)正常GM12878細(xì)胞和經(jīng)過(guò)RNase處理的GM12878細(xì)胞進(jìn)行染色質(zhì)相互作用的檢測(cè)。結(jié)果:經(jīng)RNase處理后,染色質(zhì)的三維高級(jí)結(jié)構(gòu)在整體上變得松散,染色體之間的相互作用增強(qiáng)（秩和檢驗(yàn)P<0.05）,A/B區(qū)室發(fā)生改變,并且相比于所有染色體,X染色體在A/B區(qū)室上的變化更大。同時(shí),核內(nèi)RNA的去除也讓TAD邊界的強(qiáng)度有所減弱（Vilcox校驗(yàn)P<0.05）。結(jié)論:核內(nèi)RNA參與了真核細(xì)胞基因組三維高級(jí)結(jié)構(gòu)的形成,并使TAD和A/B區(qū)室更加致密。 

【文章來(lái)源】：生物技術(shù)通訊. 2020,31(05)

【文章頁(yè)數(shù)】：5 頁(yè)

【部分圖文】：

Hi-C數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制

我們繪制了全基因組IDE曲線（圖4），隨著基因距離的不斷增大，野生型GM12878和RNase處理的GM12878細(xì)胞的相互作用頻率由10-6下降到10-8，其中RNase處理組在基因距離108堿基對(duì)處的相互作用頻率略高于野生型GM12878，說(shuō)明相比于野生型GM12878細(xì)胞，經(jīng)RNase處理后的GM12878細(xì)胞的染色體遠(yuǎn)距離相互作用有所增強(qiáng)，染色體的結(jié)構(gòu)變得松散。圖3 染色質(zhì)內(nèi)相互作用的減扣

染色質(zhì)內(nèi)相互作用的減扣


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