芒根組織在不同非生物脅迫下最適內(nèi)參基因的篩選
發(fā)布時間:2021-03-03 04:30
【目的】篩選不同非生物脅迫下芒根組織中穩(wěn)定表達的內(nèi)參基因,并為調控芒根組織中基因表達提供理論依據(jù)!痉椒ā恳悦ⅲ∕iscanthus sinensis)根組織為試驗材料,通過實時熒光定量PCR技術檢測12個候選內(nèi)參基因在不同非生物脅迫環(huán)境(干旱、鹽、鎘、鉻和砷)下的表達情況,并運用geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder軟件分析它們在芒根組織中的穩(wěn)定性!窘Y果】在不同的非生物環(huán)境脅迫條件下,最穩(wěn)定的內(nèi)參基因各不相同。12個內(nèi)參基因表達穩(wěn)定性由高到低排序為:Unigene26576,Unigene33024,Sb02g041180,eIF4A,ACTIN,GAPDH,Unigene33312,Sb09g019750,PP2A,SAMDC,18S rRNA,SAMS。其中在干旱脅迫條件下,Sb02g041180和ACTIN基因最穩(wěn)定;在鹽脅迫和砷脅迫處理下最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別是Sb09g019750和Unigene26576、Sb09g019750和PP2A;鎘和鉻脅迫下最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別為Unigene26576和PP2A、Sb09g019750和U...
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學學報. 2020,38(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
12個候選內(nèi)參基因PCR擴增結果
候選內(nèi)參基因在不同非生物脅迫環(huán)境下的平均Ct值
ge Norm軟件分析結果顯示:在鉻脅迫處理下,所有候選內(nèi)參基因的M值都小于1.5,表明12個候選內(nèi)參基因均能穩(wěn)定表達,穩(wěn)定性排名前兩位的內(nèi)參基因為PP2A和Sb09g019750;在干旱脅迫和鹽脅迫下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別為Unigene33024和Unigene26576、Unigene26576和Sb09g019750;在重金屬鎘脅迫和重金屬砷脅迫處理下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別是PP2A和Unigene26576、PP2A和Sb09g019750;而在考慮所有樣本的情況下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因為Unigene26576和Unigene33024(圖3)。此外,ge Norm程序還能基于成對變異分析確定所需的最佳內(nèi)參基因數(shù)量。ge Norm軟件可用于分析內(nèi)參基因的配對差異值(Vn/Vn+1),軟件分析默認值為0.15。當Vn/Vn+1大于0.15時,需要引入第n+1基因;當Vn/Vn+1小于0.15時,無須引入新的內(nèi)參基因[19]。本次試驗中,所有樣品的V2/3小于0.15,則該試驗條件下的最適內(nèi)參基因數(shù)目是2個。鉻脅迫下的成對變異(V2/3)小于0.15,表明使用兩個最穩(wěn)定的內(nèi)參基因(PP2A和Sb09g019750)可以足夠。干旱脅迫、鎘脅迫、砷脅迫、鹽脅迫的成對變異(V3/4)均大于0.15,這表明可能需要4個內(nèi)參基因來進行精確的歸一化(圖4)。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]冬瓜實時熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選與評價[J]. 葉新如,朱海生,林琿,劉建汀,王彬,陳敏氡,溫慶放. 核農(nóng)學報. 2019(03)
[2]望春玉蘭實時定量PCR分析中內(nèi)參基因的篩選[J]. 王寧杭,陸丹迎,常鵬杰,卞賽男,宣鈴娟,張超,申亞梅. 分子植物育種. 2019(11)
[3]中華鱉實時定量PCR內(nèi)參基因的篩選與評價[J]. 劉文婷,張貝貝,張耀紅,管越強. 內(nèi)蒙古大學學報(自然科學版). 2017(05)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽,何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]高溫脅迫下茄子qRT-PCR內(nèi)參基因篩選及穩(wěn)定性分析[J]. 龐強強,李植良,羅少波,陳日遠,金慶敏,黎振興,李德明,孫保娟,孫光聞. 園藝學報. 2017(03)
[6]芒屬植物重金屬耐性及其在礦山廢棄地植被恢復中的應用潛力[J]. 吳道銘,陳曉陽,曾曙才. 應用生態(tài)學報. 2017(04)
[7]番茄在非生物脅迫下實時定量RT-PCR中內(nèi)參基因的篩選[J]. 韓曉雪,韓佳軒,姜晶. 分子植物育種. 2015(04)
[8]非生物脅迫下多年生黑麥草qRT-PCR分析中內(nèi)參基因的選擇[J]. 嚴海東,蔣曉梅,張新全,黃琳凱. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2014(12)
[9]基因表達研究中內(nèi)參基因的選擇與應用[J]. 張玉芳,趙麗娟,曾幼玲. 植物生理學報. 2014(08)
[10]鴨茅根組織實時定量PCR分析中候選內(nèi)參基因的篩選[J]. 蔣曉梅,嚴海東,張新全,張瑜,黃琳凱. 草地學報. 2014(04)
碩士論文
[1]紫花苜蓿內(nèi)參基因篩選及MsWRKY33基因的克隆、分析[D]. 付媛媛.東北師范大學 2014
[2]不同條件下檸條錦雞兒熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[D]. 尹佳佳.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2013
本文編號:3060606
【文章來源】:四川農(nóng)業(yè)大學學報. 2020,38(06)北大核心
【文章頁數(shù)】:9 頁
【部分圖文】:
12個候選內(nèi)參基因PCR擴增結果
候選內(nèi)參基因在不同非生物脅迫環(huán)境下的平均Ct值
ge Norm軟件分析結果顯示:在鉻脅迫處理下,所有候選內(nèi)參基因的M值都小于1.5,表明12個候選內(nèi)參基因均能穩(wěn)定表達,穩(wěn)定性排名前兩位的內(nèi)參基因為PP2A和Sb09g019750;在干旱脅迫和鹽脅迫下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別為Unigene33024和Unigene26576、Unigene26576和Sb09g019750;在重金屬鎘脅迫和重金屬砷脅迫處理下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因分別是PP2A和Unigene26576、PP2A和Sb09g019750;而在考慮所有樣本的情況下,表達最穩(wěn)定的內(nèi)參基因為Unigene26576和Unigene33024(圖3)。此外,ge Norm程序還能基于成對變異分析確定所需的最佳內(nèi)參基因數(shù)量。ge Norm軟件可用于分析內(nèi)參基因的配對差異值(Vn/Vn+1),軟件分析默認值為0.15。當Vn/Vn+1大于0.15時,需要引入第n+1基因;當Vn/Vn+1小于0.15時,無須引入新的內(nèi)參基因[19]。本次試驗中,所有樣品的V2/3小于0.15,則該試驗條件下的最適內(nèi)參基因數(shù)目是2個。鉻脅迫下的成對變異(V2/3)小于0.15,表明使用兩個最穩(wěn)定的內(nèi)參基因(PP2A和Sb09g019750)可以足夠。干旱脅迫、鎘脅迫、砷脅迫、鹽脅迫的成對變異(V3/4)均大于0.15,這表明可能需要4個內(nèi)參基因來進行精確的歸一化(圖4)。
【參考文獻】:
期刊論文
[1]冬瓜實時熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選與評價[J]. 葉新如,朱海生,林琿,劉建汀,王彬,陳敏氡,溫慶放. 核農(nóng)學報. 2019(03)
[2]望春玉蘭實時定量PCR分析中內(nèi)參基因的篩選[J]. 王寧杭,陸丹迎,常鵬杰,卞賽男,宣鈴娟,張超,申亞梅. 分子植物育種. 2019(11)
[3]中華鱉實時定量PCR內(nèi)參基因的篩選與評價[J]. 劉文婷,張貝貝,張耀紅,管越強. 內(nèi)蒙古大學學報(自然科學版). 2017(05)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件進行內(nèi)參基因穩(wěn)定性分析的方法[J]. 吳建陽,何冰,杜玉潔,李偉才,魏永贊. 現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科技. 2017(05)
[5]高溫脅迫下茄子qRT-PCR內(nèi)參基因篩選及穩(wěn)定性分析[J]. 龐強強,李植良,羅少波,陳日遠,金慶敏,黎振興,李德明,孫保娟,孫光聞. 園藝學報. 2017(03)
[6]芒屬植物重金屬耐性及其在礦山廢棄地植被恢復中的應用潛力[J]. 吳道銘,陳曉陽,曾曙才. 應用生態(tài)學報. 2017(04)
[7]番茄在非生物脅迫下實時定量RT-PCR中內(nèi)參基因的篩選[J]. 韓曉雪,韓佳軒,姜晶. 分子植物育種. 2015(04)
[8]非生物脅迫下多年生黑麥草qRT-PCR分析中內(nèi)參基因的選擇[J]. 嚴海東,蔣曉梅,張新全,黃琳凱. 農(nóng)業(yè)生物技術學報. 2014(12)
[9]基因表達研究中內(nèi)參基因的選擇與應用[J]. 張玉芳,趙麗娟,曾幼玲. 植物生理學報. 2014(08)
[10]鴨茅根組織實時定量PCR分析中候選內(nèi)參基因的篩選[J]. 蔣曉梅,嚴海東,張新全,張瑜,黃琳凱. 草地學報. 2014(04)
碩士論文
[1]紫花苜蓿內(nèi)參基因篩選及MsWRKY33基因的克隆、分析[D]. 付媛媛.東北師范大學 2014
[2]不同條件下檸條錦雞兒熒光定量PCR內(nèi)參基因的篩選[D]. 尹佳佳.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學 2013
本文編號:3060606
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