基于盆跳圖含假結(jié)的RNA折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究
發(fā)布時(shí)間:2021-01-27 14:51
核糖核酸(Ribonucleic Acid,RNA)是一種生物大分子,在生命遺傳信息的表達(dá)、傳遞過程中扮演著連接DNA與蛋白質(zhì)的重要角色。RNA分子結(jié)構(gòu)復(fù)雜、種類繁多,而且RNA結(jié)構(gòu)會(huì)極大影響它的功能。目前人們已經(jīng)通過生物實(shí)驗(yàn)獲得了相對(duì)完備的RNA一級(jí)結(jié)構(gòu),也通過X射線、核磁共振等方法測(cè)量了一些RNA的三級(jí)結(jié)構(gòu)。但對(duì)RNA的二級(jí)結(jié)構(gòu)的研究,如果單獨(dú)采用物理實(shí)驗(yàn)方法來測(cè)定一方面成本較高,另一方面也無法僅靠實(shí)驗(yàn)觀察海量的待測(cè)序列數(shù)據(jù)。目前學(xué)者們利用計(jì)算機(jī)工具,分析已經(jīng)測(cè)得的RNA序列結(jié)構(gòu),通過數(shù)學(xué)建模來預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu),因而設(shè)計(jì)預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的算法成為研究的一個(gè)重要途徑。RNA折疊結(jié)構(gòu)中的一個(gè)特殊子結(jié)構(gòu)—假結(jié)也被發(fā)現(xiàn),假結(jié)對(duì)于許多RNA的催化、折疊過程中有重要影響,假結(jié)的存在對(duì)于RNA的轉(zhuǎn)化過程也起到關(guān)鍵作用。近年來,對(duì)于含假結(jié)的RNA折疊動(dòng)力學(xué)過程的研究領(lǐng)域越來越受到科研學(xué)者所關(guān)注。經(jīng)過近幾十年的不懈努力,目前已經(jīng)產(chǎn)生了多種含假結(jié)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)方法,也對(duì)RNA分子的折疊結(jié)構(gòu)加以深入研究,但每種對(duì)于結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的算法都有其優(yōu)缺點(diǎn),不能囊括全部RNA分子。本文就是在這樣的背景下,對(duì)...
【文章來源】:山東建筑大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】:73 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因表達(dá)中DNA、RNA、與蛋白質(zhì)之間的作用關(guān)系
山東建筑大學(xué)碩士學(xué)位論文第 2 章 RNA 結(jié)構(gòu)基本知識(shí).1 RNA 簡介核糖核酸(RNA)是線性聚合物分子,由核糖核苷酸經(jīng)磷酸二酯鍵縮合而成長子。RNA 分子構(gòu)成的基礎(chǔ)稱為堿基,由腺嘌呤(Adenine, A)、鳥嘌呤(Guanine嘧啶(Uracil, U)和胞嘧啶(Cytosine, C)這四種堿基構(gòu)成[30],見圖 2.1。這些堿每一個(gè)都具有相同的核糖糖環(huán)和磷酸基團(tuán)。
山東建筑大學(xué)碩士學(xué)位論文 開關(guān):調(diào)節(jié)功能,對(duì)特定的代謝物或溫度有反應(yīng),遺傳信息的生; mRNA 含量大約為 2%; tRNA 是分子質(zhì)量最小的一類,它的二級(jí)葉草[33],如圖 2.2 所示。它是遺傳信息翻譯過程中的接合器。rR%,rRNA 與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核糖體,核糖體被稱作蛋白質(zhì)的合成tRNA是攜帶與三聯(lián)體密碼子對(duì)應(yīng)的氨基酸殘基與正在進(jìn)行翻譯的A 將各個(gè)氨基酸殘基通過肽鍵連接成肽鏈進(jìn)而構(gòu)成蛋白質(zhì)分子[34]。研究中,人們對(duì)于 RNA 結(jié)構(gòu)的了解更加深入,對(duì)于生命的認(rèn)識(shí)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]RNA病毒表達(dá)調(diào)控研究中的RNA結(jié)構(gòu)分析技術(shù)[J]. 王德亞,于成明,丁誠實(shí),原雪峰. 病毒學(xué)報(bào). 2018(04)
[2]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的研究進(jìn)展[J]. 黃伊子,李都悅,劉偉,周瑋. 湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(18)
[3]基于CUDA對(duì)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的并行研究[J]. 陳飛,郝福珍. 計(jì)算機(jī)工程與設(shè)計(jì). 2014(01)
[4]基于隱Markov模型的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)新方法[J]. 董浩,劉元寧,張浩,王剛. 計(jì)算機(jī)研究與發(fā)展. 2012(04)
[5]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法綜述[J]. 鄒權(quán),郭茂祖,張濤濤. 電子學(xué)報(bào). 2008(02)
[6]含假結(jié)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)類的圖語法[J]. 高世樂,丁克詮. 計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用. 2008(02)
[7]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[J]. 李恒武,朱大銘,紀(jì)秀花. 計(jì)算機(jī)工程與科學(xué). 2006(07)
[8]日新月異的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)[J]. 劉海軍,史定華,王翼飛. 自然雜志. 2003(06)
博士論文
[1]包含假結(jié)的RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 劉振棟.山東大學(xué) 2014
[2]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的研究[D]. 邢翀.吉林大學(xué) 2012
[3]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的若干計(jì)算生物學(xué)問題研究[D]. 劉琦.浙江大學(xué) 2008
[4]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的建模及其應(yīng)用研究[D]. 劉海軍.上海大學(xué) 2005
[5]計(jì)算分子生物學(xué)中若干問題研究[D]. 廖波.大連理工大學(xué) 2004
碩士論文
[1]基于模擬退火的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 呂育林.武漢科技大學(xué) 2019
[2]基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法研究[D]. 張春鶴.吉林大學(xué) 2019
[3]含假結(jié)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 徐瑞.吉林大學(xué) 2017
[4]基于深度學(xué)習(xí)的RNA打分函數(shù)的研究[D]. 王帥.蘇州大學(xué) 2017
[5]含假結(jié)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 汪方良.南京航空航天大學(xué) 2017
[6]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)中假結(jié)的研究及預(yù)測(cè)[D]. 艾露露.吉林大學(xué) 2015
[7]基于能量優(yōu)化的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)[D]. 王魁祎.吉林大學(xué) 2013
[8]帶假結(jié)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究[D]. 苑寅.電子科技大學(xué) 2013
[9]基于類別信息的莖自由組合算法預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)[D]. 劉濤.燕山大學(xué) 2011
[10]微粒群算法的改進(jìn)及其在蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的應(yīng)用[D]. 濮承東.武漢科技大學(xué) 2010
本文編號(hào):3003238
【文章來源】:山東建筑大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】:73 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
基因表達(dá)中DNA、RNA、與蛋白質(zhì)之間的作用關(guān)系
山東建筑大學(xué)碩士學(xué)位論文第 2 章 RNA 結(jié)構(gòu)基本知識(shí).1 RNA 簡介核糖核酸(RNA)是線性聚合物分子,由核糖核苷酸經(jīng)磷酸二酯鍵縮合而成長子。RNA 分子構(gòu)成的基礎(chǔ)稱為堿基,由腺嘌呤(Adenine, A)、鳥嘌呤(Guanine嘧啶(Uracil, U)和胞嘧啶(Cytosine, C)這四種堿基構(gòu)成[30],見圖 2.1。這些堿每一個(gè)都具有相同的核糖糖環(huán)和磷酸基團(tuán)。
山東建筑大學(xué)碩士學(xué)位論文 開關(guān):調(diào)節(jié)功能,對(duì)特定的代謝物或溫度有反應(yīng),遺傳信息的生; mRNA 含量大約為 2%; tRNA 是分子質(zhì)量最小的一類,它的二級(jí)葉草[33],如圖 2.2 所示。它是遺傳信息翻譯過程中的接合器。rR%,rRNA 與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核糖體,核糖體被稱作蛋白質(zhì)的合成tRNA是攜帶與三聯(lián)體密碼子對(duì)應(yīng)的氨基酸殘基與正在進(jìn)行翻譯的A 將各個(gè)氨基酸殘基通過肽鍵連接成肽鏈進(jìn)而構(gòu)成蛋白質(zhì)分子[34]。研究中,人們對(duì)于 RNA 結(jié)構(gòu)的了解更加深入,對(duì)于生命的認(rèn)識(shí)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]RNA病毒表達(dá)調(diào)控研究中的RNA結(jié)構(gòu)分析技術(shù)[J]. 王德亞,于成明,丁誠實(shí),原雪峰. 病毒學(xué)報(bào). 2018(04)
[2]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的研究進(jìn)展[J]. 黃伊子,李都悅,劉偉,周瑋. 湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(18)
[3]基于CUDA對(duì)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的并行研究[J]. 陳飛,郝福珍. 計(jì)算機(jī)工程與設(shè)計(jì). 2014(01)
[4]基于隱Markov模型的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)新方法[J]. 董浩,劉元寧,張浩,王剛. 計(jì)算機(jī)研究與發(fā)展. 2012(04)
[5]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法綜述[J]. 鄒權(quán),郭茂祖,張濤濤. 電子學(xué)報(bào). 2008(02)
[6]含假結(jié)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)類的圖語法[J]. 高世樂,丁克詮. 計(jì)算機(jī)工程與應(yīng)用. 2008(02)
[7]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn)[J]. 李恒武,朱大銘,紀(jì)秀花. 計(jì)算機(jī)工程與科學(xué). 2006(07)
[8]日新月異的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)[J]. 劉海軍,史定華,王翼飛. 自然雜志. 2003(06)
博士論文
[1]包含假結(jié)的RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 劉振棟.山東大學(xué) 2014
[2]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法的研究[D]. 邢翀.吉林大學(xué) 2012
[3]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的若干計(jì)算生物學(xué)問題研究[D]. 劉琦.浙江大學(xué) 2008
[4]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的建模及其應(yīng)用研究[D]. 劉海軍.上海大學(xué) 2005
[5]計(jì)算分子生物學(xué)中若干問題研究[D]. 廖波.大連理工大學(xué) 2004
碩士論文
[1]基于模擬退火的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 呂育林.武漢科技大學(xué) 2019
[2]基于卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法研究[D]. 張春鶴.吉林大學(xué) 2019
[3]含假結(jié)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 徐瑞.吉林大學(xué) 2017
[4]基于深度學(xué)習(xí)的RNA打分函數(shù)的研究[D]. 王帥.蘇州大學(xué) 2017
[5]含假結(jié)的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)算法研究[D]. 汪方良.南京航空航天大學(xué) 2017
[6]RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)中假結(jié)的研究及預(yù)測(cè)[D]. 艾露露.吉林大學(xué) 2015
[7]基于能量優(yōu)化的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)[D]. 王魁祎.吉林大學(xué) 2013
[8]帶假結(jié)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)研究[D]. 苑寅.電子科技大學(xué) 2013
[9]基于類別信息的莖自由組合算法預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)[D]. 劉濤.燕山大學(xué) 2011
[10]微粒群算法的改進(jìn)及其在蛋白質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)中的應(yīng)用[D]. 濮承東.武漢科技大學(xué) 2010
本文編號(hào):3003238
本文鏈接:http://sikaile.net/projectlw/swxlw/3003238.html
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