鹵醇脫鹵酶是一類重要的蛋白質(zhì),它不僅能通過開環(huán)反應催化有毒污染物的降解,還能作為親核試劑促進高價值藥物中間體的生成。鹵醇脫鹵酶在自然界中的分布極為稀少,目前僅在少數(shù)菌株中發(fā)現(xiàn)過鹵醇脫鹵酶酶活性的表達。已有的生成鹵醇脫鹵酶的生物實驗雖然可行,但存在成本高昂且效率過低的問題。因此,根據(jù)已測定的鹵醇脫鹵酶序列高效挖掘更多的新鹵醇脫鹵酶序列,豐富已有的鹵醇脫鹵酶數(shù)據(jù)集的需求顯得尤為迫切。另一方面,深度生成模型在圖像處理、語音識別和文本生成領(lǐng)域都取得了令人驚喜的成果,但在生物序列方面的應用仍然存在較大的空白。綜合考慮以上兩個因素,本文提出了一種新的研究思路——將深度生成模型應用于新型鹵醇脫鹵酶序列挖掘研究之中。為實現(xiàn)新鹵醇脫鹵酶序列的挖掘,本文首先根據(jù)已有相關(guān)的序列知識構(gòu)建鹵醇脫鹵酶數(shù)據(jù)集,然后識別鹵醇脫鹵酶序列中的模體,再使用深度生成模型生成新鹵醇脫鹵酶序列,最后建立分類模型對生成的序列進行挖掘預測。本文主要內(nèi)容及創(chuàng)新點如下:1)提出了將模體的判別能力考慮在內(nèi)的模體識別算法。使用已有的MEME算法識別鹵醇脫鹵酶正樣本包含的模體后,計算模體的判別式評分特征（MSC、MOR和MRE）,并據(jù)此篩選過... 

【文章來源】：電子科技大學四川省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

遺傳信息在生物大分子之間的傳遞

表 2-1 組成蛋白質(zhì)序列的 20 種氨基酸及其縮寫Alanine A CysteiAspartic GlutamPhenylalanine GlyciHistidine IsoleucLysineD F H K LeuciMethionine AsparagProline G uP taMl稱 英文名稱 縮寫氨基酸名稱 半胱氨酸 谷氨酰胺 甘氨酸 異亮氨酸 天冬英文名酰胺 谷氨酸亮氨酸mArginine SerinThreonineR T ValinTryptophan WTyrosi 絲氨酸 纈氨酸 酪氨酸

第二章 相關(guān)理論概述2.3.1.3 可視化 logo 表示法序列 logo 是序列保守區(qū)域的可視化表示，通過對每一個殘基位置的可能出現(xiàn)的字母的頻率進行繪制，可以直觀的展示模體中的保守位置以及對應的字符。在logo 圖中，橫坐標是共有序列的位置，縱坐標代表出現(xiàn)在對應序列位置上的字符出現(xiàn)的頻率。通過觀察字符的高低來判斷字符在當前位置所包含的信息量。字符在某個位置上的高度越高，說明該字符在這個位置上越保守。借助于 WebLogo[29]，對圖 2-5 中包含的模體的可視化表示，詳見圖 2-6。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]合成生物學發(fā)展現(xiàn)狀與前景[J]. 熊燕,陳大明,楊琛,趙國屏.  生命科學. 2011(09)

碩士論文
[1]用于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)設(shè)計的深度生成模型的研究與應用[D]. 常菁.北京交通大學 2018



本文編號：2946816