微生物廣泛分布于自然界中,它們種類(lèi)多、數(shù)量大,有著復(fù)雜的相互作用,對(duì)許多生物過(guò)程產(chǎn)生影響,因此了解微生物有助于我們理解自然界。在微生物的研究中,微生物基因組和微生物元基因組有著重要的研究和應(yīng)用前景。微生物基因組是研究微生物全部遺傳物質(zhì)的學(xué)科,針對(duì)微生物基因組的研究能幫助解釋許多表型和遺傳物質(zhì)的關(guān)聯(lián),為解析更為復(fù)雜的相互作用打下基礎(chǔ),例如毒力和基因的關(guān)聯(lián)。而微生物元基因組的研究能夠解析自然界中微生物群落中,各微生物的種類(lèi),數(shù)量比例,和相互作用關(guān)系。因此,我們希望對(duì)微生物基因組和微生物元基因組的方法學(xué)及應(yīng)用進(jìn)行研究。在方法學(xué)方面,我們分析了已有的微生物基因組分析方法和研究工具,然后借鑒已有的工具和方法結(jié)合自己編寫(xiě)的程序工具,整合了一套微生物基因組自動(dòng)分析流程,包含測(cè)序數(shù)據(jù)下機(jī)的質(zhì)量控制、基因組從頭拼接,基因組注釋,核心基因組和泛基因組篩選、毒力基因和耐藥基因篩選、基因變異位點(diǎn)提取、基因序列比對(duì)和進(jìn)化分析。同時(shí),整合了一套通用微生物元基因組分析流程,包括測(cè)序數(shù)據(jù)下機(jī)質(zhì)量控制、16s序列拼接、細(xì)菌物種鑒定和計(jì)數(shù)、常規(guī)數(shù)據(jù)分析。在應(yīng)用方面,我們分析了食源性微生物單增李斯特菌的基因組,疫源性昆蟲(chóng)腸... 

【文章來(lái)源】：安徽大學(xué)安徽省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：85 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１展示了純化過(guò)程中使用的ＰＡＬＣＡＭ篩選平板和李斯特顯色平板，通過(guò)??這兩步較為特異的篩選培養(yǎng)，獲得了純的單增李斯特菌落（圖１．１）

Ａ圖為ＰｒｆＡ基因變異位點(diǎn)展示，Ｂ圖為ＶｉｒＲ變異位點(diǎn)及對(duì)應(yīng)的密碼子。??ＰｒｆＡ是單增李斯特蘭核心毒力基因的重要轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子。經(jīng)過(guò)分析發(fā)現(xiàn)，其??基因上存在１９個(gè)變異位點(diǎn)，主要能分為兩類(lèi)（圖１．２Ａ中ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｌｏｇｏ），第一??類(lèi)包含圖１．２Ａ中所示的前三個(gè)模式，他們較為相似，屬于單增世系１１。第二類(lèi)??的４４條序列屬于單增李斯特菌世系Ｉ。雖然基因上存在少量變異，但在蛋白水平??上，ＰｒｆＡ是完全保守的。??單增李斯特菌種存在一種ＶｉｒＲ／ＶｉｒＳ雙組分系統(tǒng)，是重要的毒力調(diào)節(jié)因子。??在其主要組分ＶｉｒＲ的基因上，發(fā)現(xiàn)８９個(gè)變異位點(diǎn)，然而僅引起了一條蛋白序列??（ＬＭ２０７）上的兩個(gè)位點(diǎn)的改變。該條序列的４３位氨基酸Ｓ不同于其他蛋白的??Ａ，其２１１位Ｄ不同于其他蛋白的Ｓ。引起這兩個(gè)氨基酸位點(diǎn)改變的密碼子分別??為?１２７－１２９?位的?ＧＣＴ?變?yōu)?ＴＣＧ，６３１－６３３?位的?ＡＧＣ?變?yōu)?ＧＡＴ?（圖?１．２Ｂ）。??１９??

ＶｉｒＲ／ＶｉｒＳ系統(tǒng)中的另一個(gè)調(diào)控元件ＶｉｒＳ的基因上，有著２０２個(gè)變異位點(diǎn)，??是所分析的這些基因中變異最多的。這些位點(diǎn)在蛋白水平造成了?２８?jìng)�(gè)氨基酸改??變，事實(shí)上，這２８?jìng)�(gè)變異位點(diǎn)僅形成了?４種不同的變異模式（圖１．３）。分支一??主要由單增李斯特菌ＳＴ９型構(gòu)成，分支二則包括多種ＳＴ型，它與分支一相比僅??一個(gè)氨基酸位點(diǎn)差異，這兩個(gè)分支屬于單增李斯特世系ＩＩ。分支三屬于世系Ｉ，??２０??


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