發(fā)布時間：2020-12-16 20:08

　　腫瘤壞死因子（TNF）受體相關(guān)因子（TRAFs）在TNF受體超家族和白細胞介素-1受體/Toll樣受體（IL-1R/TLR）超家族的信號傳導過程中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。TRAFs單獨或協(xié)同在多種生物過程和機體免疫中發(fā)揮重要作用。然而,硬骨魚中TRAF基因家族的系統(tǒng)鑒定尚未見報道,關(guān)于它們在半滑舌鰨（Cynoglossus semilaevis）先天免疫中的作用很少被研究。本研究中,通過生物信息學鑒定分析了半滑舌鰨中TRAF基因家族七個成員Cs TRAF2a、Cs TRAF2b、Cs TRAF3、Cs TRAF4a、Cs TRAF5、Cs TRAF6和Cs TRAF7,并克隆了Cs TRAF2a、Cs TRAF2b、Cs TRAF3、Cs TRAF4a、Cs TRAF5和Cs TRAF7完整的ORF序列,七個TRAF基因（Cs TRAF2a-Cs TRAF7）的ORF區(qū)全長依次分別為1791、1629、1779、1413、1668、1731、1965 bp。序列分析顯示Cs TRAFs具有多樣性的基因結(jié)構(gòu),并且與哺乳動物TRAFs相比包含典型的保守結(jié)構(gòu)域。系統(tǒng)發(fā)育分析表明了硬骨魚中TRA... 

【文章來源】：上海海洋大學上海市

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

-2半滑舌鰨TRAF蛋白的保守結(jié)構(gòu)域水平灰色條代表預測的沒有功能域的氨基酸序列，而彩色框代表預測的可信度高的結(jié)構(gòu)域的區(qū)域

3-2 9 個不同物種的 TRAF 的無根系統(tǒng)發(fā)育樹：半滑舌鰨（CsTRAFs），牙鲆（PoTRAFs）羅羅非魚（OnTRAFs），劍尾魚（XmTRAFs），青鳉（OlTRAFs），紅鰭東方鲀（TrTRAFs）魚（GaTRAFs），斑點雀鱔（LoTRAFs），斑馬魚（DrTRAFs）。 使用 NJ（鄰接）方法建系統(tǒng)發(fā)育樹。7 個家族成員以不同的顏色區(qū)分。氨基酸序列的登錄號附于表 2-2-1 中Fig. 3-2 Unrooted phylogenetic tree of TRAFs from nine different species: Chinese tongue sol(CsTRAFs), Japanese flounder (PoTRAFs), Nile tilapia (OnTRAFs), Platyfish (XmTRAFs),Medaka (OlTRAFs), Fugu (TrTRAFs), Stickleback (GaTRAFs)，Spotted gar ( LoTRAFs),Zebrafish (DrTRAFs). The phylogenetic tree was constructed using the NJ (Neighbor-joiningethod with 1000 bootstrap replications. The 7 subfamilies were distinguished in different coloThe accession number of the amino acid sequences were attached in Table 2-2-1.3 基因結(jié)構(gòu)和 Motif 組成為了更好地了解半滑舌鰨 TRAF 基因家族的結(jié)構(gòu)多樣性，半滑舌鰨和其他物種（根據(jù)圖 3-2）外顯子-內(nèi)含子的結(jié)構(gòu)和相位通過基因組 DNA 與 TRADNA 序列的比對來確定。如圖 2-3-1 所示，CsTRAF 基因具有 7 至 22 個外顯CsTRAF4a 具有 7 個外顯子、CsTRAF6 具有 8 個外顯子、CsTRAF2a 和 2b 具1 個外顯子、CsTRAF3 具有 14 個外顯子和 CsTRAF7 具有 22 個外顯子）。同

中沒有內(nèi)含子相位 0。此外，與其他四個物種相比，CsTRAF3 和 CsTRAF4a 的內(nèi)含子相位顯示出顯著差異。通過 MEME Suite web server 鑒定 TRAF 蛋白的保守 motif，共發(fā)現(xiàn) 12 個不同的保守 motif。這些保守 motif 的氨基酸長度介于 15 到 100 個之間。表 3-3 中概述了 12 個推定 motif 的詳細信息。發(fā)現(xiàn)所有使用的硬骨魚 TRAF 蛋白中存在motif 1、motif 3、motif 5 和 motif 8。基于 Pfam 和 SMART 的分析，motif 1 和motif 3 是高度保守的 MATH 結(jié)構(gòu)域的兩個片段，motif 8 是高度保守的 RING 結(jié)構(gòu)域的片段。此外，TRAF4a 和 TRAF6 之間具有高度相似的 motif 組成和分布，暗示這兩種蛋白之間可能具有相似的功能。有趣的是，除了 TRAF7 之外我們使用的所有 TRAF 蛋白，僅在 CsTRAF5 中檢測到 motif 2，CsTRAF6 的 motif 分布中 motif 7 的位置位于 motif 2 的前面，并且 motif 2 和 motif 7 也是 MATH 結(jié)構(gòu)域的兩個片段。另外，TRAF7 內(nèi)的 Motif 10 和 motif 11 被發(fā)現(xiàn)編碼 WD40 結(jié)構(gòu)域，由于WD40重復在TRAF7 C-末端取代了經(jīng)典的TRAF-C結(jié)構(gòu)域，相對于他TRAF成員是獨特的。

【參考文獻】：
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碩士論文
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本文編號：2920709