染色體三維重構(gòu)是近年表觀遺傳和基因組學(xué)的研究熱點(diǎn),其中一個(gè)最主要的方法是利用測(cè)序技術(shù)獲得染色體空間結(jié)構(gòu)信息,即根據(jù)染色體二維接觸頻率數(shù)據(jù)來(lái)預(yù)測(cè)其在細(xì)胞核中的三維形態(tài)。越來(lái)越多的研究表明,染色體的三維空間結(jié)構(gòu)對(duì)于DNA轉(zhuǎn)錄、復(fù)制和修飾等細(xì)胞進(jìn)程有著重要影響。利用三維重構(gòu)信息揭示染色體空間交互作用網(wǎng)絡(luò)和基因共調(diào)控區(qū)域,有助于我們從不同層次和維度了解基因組的復(fù)雜行為。隨著基于3C等染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)的出現(xiàn),高通量的Hi-C測(cè)序技術(shù)具備了在全基因組高效、精準(zhǔn)檢測(cè)染色體空間接觸作用的能力,使得系統(tǒng)構(gòu)建全基因組三維結(jié)構(gòu)成為了可能。本文主要完成了以下三部分工作。一、系統(tǒng)研究了兩種最具代表性的染色體三維結(jié)構(gòu)模型:即ShRec3D算法和最大似然算法。全面比較了二者的優(yōu)缺點(diǎn),揚(yáng)長(zhǎng)避短,為提出變步長(zhǎng)自適應(yīng)最大似然算法作理論鋪墊。二、根據(jù)酵母染體Hi-C數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)特征,分別建立了16條染色體接觸矩陣分布模型。在此基礎(chǔ)上,引入了變步長(zhǎng)自適應(yīng)最大似然算法實(shí)現(xiàn)酵母染色體的三維重構(gòu),為分析與染色體的結(jié)構(gòu)有關(guān)的共調(diào)控區(qū)域提供了可視化依據(jù)。三、基于三維重構(gòu)模型,本文對(duì)酵母染色體特定共調(diào)控區(qū)域的染色體結(jié)構(gòu)和基因?qū)傩赃M(jìn)行了分... 

【文章來(lái)源】：云南民族大學(xué)云南省

【文章頁(yè)數(shù)】：82 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

染色體三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)經(jīng)典算法（1）基于概率預(yù)測(cè)的染色體三維重構(gòu)模型

第 2 章 染色體三維重構(gòu)算法簡(jiǎn)介2 章 染色體三維重構(gòu)算法重構(gòu)流程構(gòu)象（3C）及其衍生技術(shù)成為目 Hi-C 技術(shù)能獲取全基因組相互作和計(jì)算方法可以重構(gòu)染色體的三.1 所示。

多維尺度算法實(shí)施步驟


本文編號(hào)：2902513