【摘要】：蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測是當(dāng)前計算生物學(xué)和生物信息學(xué)領(lǐng)域最具代表性和挑戰(zhàn)性的課題之一。隨著計算機(jī)技術(shù)的快速發(fā)展,過去二十余年里不斷涌現(xiàn)出各類結(jié)構(gòu)預(yù)測方法。而自1994年起,每兩年一屆的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測大賽(CASP)更是吸引了世界范圍內(nèi)不同背景科學(xué)家的參與,極大促進(jìn)了結(jié)構(gòu)預(yù)測的發(fā)展,它被譽為結(jié)構(gòu)預(yù)測領(lǐng)域的奧林匹克競賽。根據(jù)是否使用已知的結(jié)構(gòu)為模板,預(yù)測方法通�？煞譃榛谀０宓姆椒ê兔饽０�(或從頭預(yù)測)的方法兩大類。無論是哪一類,蛋白質(zhì)能量函數(shù)的設(shè)計開發(fā)都是事關(guān)預(yù)測方法成敗的核心挑戰(zhàn)。本文聚焦于結(jié)構(gòu)預(yù)測領(lǐng)域應(yīng)用最廣的基于知識的能量函數(shù)——統(tǒng)計勢,詳細(xì)設(shè)計構(gòu)建了新的基于“原子對”距離和方位角統(tǒng)計信息的高性能勢能函數(shù)。在前期大量測試研究的基礎(chǔ)上,我們找到了“原子對”截斷距離這一關(guān)鍵參數(shù),針對統(tǒng)計勢的天然結(jié)構(gòu)識別能力和假構(gòu)象排序能力,采用不同的截斷距離進(jìn)行優(yōu)化,使兩方面性能都獲得了顯著提升。于此同時,我們還根據(jù)不同篩選條件構(gòu)建了若干不同的非冗余結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)集,分別以這些數(shù)據(jù)集為統(tǒng)計對象構(gòu)建統(tǒng)計勢,研究了數(shù)據(jù)集大小、類型對統(tǒng)計勢性能的影響。通過將統(tǒng)計勢應(yīng)用于632個蛋白質(zhì)假構(gòu)象集,并與若干現(xiàn)有能量函數(shù)進(jìn)行對比評估,討論確認(rèn)了本文新開發(fā)的統(tǒng)計勢在蛋白質(zhì)天然結(jié)構(gòu)識別和假構(gòu)象排序兩方面的性能優(yōu)勢。
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：Q51;Q811.4
【圖文】：

蛋白質(zhì)序列/結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)增長趨勢

氨基酸結(jié)構(gòu)通式

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2 魏艷宇;蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測中二面角統(tǒng)計勢研究[D];華中師范大學(xué);2012年

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本文編號：2714081