【摘要】：差異性表達分析是轉(zhuǎn)錄組研究的核心目標之一,對于揭示基因功能和調(diào)控規(guī)律具有重要意義。但該分析屬于多步迭代且耗時較長的計算密集型過程,軟件之間具有復(fù)雜的數(shù)據(jù)依賴關(guān)系,輸入輸出格式不盡相同,傳統(tǒng)方式下軟件安裝與使用復(fù)雜、繁瑣的手動操作、分析環(huán)境的不易遷移以及無法按需集成都是有待解決的關(guān)鍵問題。針對上述問題,文中首次將云開源項目Docker容器技術(shù)應(yīng)用于生物信息領(lǐng)域,提出了一種高效自動化的轉(zhuǎn)錄組差異性表達分析方法,最終形成了一種更為簡單易用的框架與平臺。具體工作如下:(1)本文深入調(diào)研總結(jié)了國內(nèi)外轉(zhuǎn)錄組差異性表達分析自動化研究現(xiàn)狀,提出將Docker容器技術(shù)應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組差異性表達分析領(lǐng)域的方法,將整合形成的最佳實踐流程各環(huán)節(jié)依賴組件在可移植的Docker容器中內(nèi)置與集成,內(nèi)部采用“多腳本聯(lián)動”與Web服務(wù)相結(jié)合的方式進行了轉(zhuǎn)錄組差異性表達分析高效自動化的實現(xiàn)。(2)其次,本文以6節(jié)點的Kubernetes集群為實驗環(huán)境,將上述方法與傳統(tǒng)人工方式進行樣本分析測試,對準確性以及處理效率等多方面進行實驗驗證。實驗結(jié)果表明,與傳統(tǒng)方式相比,該方法的分析時間縮短約69.3%,效率提升2倍左右,為研究人員提供了更高效的技術(shù)支持。(3)最后,本文基于上述方法形成了轉(zhuǎn)錄組差異性分析自動化分析框架DEA-container框架,該框架提供了友好的用戶訪問界面和自動向用戶生成報告的功能,對外提供單一的數(shù)據(jù)輸入和輸出端點,用戶僅需對分析序列進行上傳與提交,無需其他任何操作。當后端服務(wù)器處理分析完畢后,會將分析結(jié)果文件通過Web界面反饋至用戶的同時并提供用戶下載結(jié)果文件功能,進而為生物學(xué)家進一步的研究提供可靠性依據(jù)。
【圖文】：

轉(zhuǎn)錄組差異性表達分析處理流程

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【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號】：Q811.4

【參考文獻】

相關(guān)期刊論文 前3條

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本文編號：2696720