【摘要】：絲膜菌屬(Cortinarius)是世界上最大的真菌類群之一,含有數(shù)量眾多的物種,具有非常重要的經(jīng)濟價值和生態(tài)價值。由于該屬物種多樣性豐富,經(jīng)典的形態(tài)地理學方法不能很好地解決屬內分類問題,相關的分子系統(tǒng)發(fā)育研究亦不充分,使得該屬的分類問題爭議不斷。本論文對采自云南的疑似絲膜菌屬真菌的50份樣品的核糖體基因內轉錄間隔區(qū)(ITS)、核糖體大亞基(LSU)、核糖體小亞基(SSU)三個序列片段進行PCR擴增和克隆測序,共獲得了 108條自測序列。將ITS序列、LSU序列分別與GenBank中的數(shù)據(jù)進行BLAST 比對,進行初步的物種鑒定。對每個序列片段運用鄰接法(NJ)、最大似然法(ML)和貝葉斯分析(Bayesian Analysis)分別構建系統(tǒng)發(fā)育樹,再將三個序列片段串聯(lián)起來運用三種方法進行分析,比較不同的方法構建的系統(tǒng)樹的拓撲結構,比較每個序列提供的系統(tǒng)發(fā)育信息。研究結果表明:在本論文所獲得的36份樣品的ITS、LSU和SSU序列通過BLAST比對,下載相似度接近99%的序列構建系統(tǒng)發(fā)育樹,進行分子系統(tǒng)發(fā)育分析后得出36份樣品均為絲膜菌屬物種,且C22(半血紅絲膜菌)、C30(黏柄絲膜菌)、C42(白紫絲膜菌)、C46(半血紅絲膜菌)、C49(皺蓋絲膜菌)的分子鑒定結果與形態(tài)鑒定結果一致。所構建的12棵系統(tǒng)發(fā)育樹表明該研究的36份樣品分屬于Subg.Phlegmacium,Subg.Myxacizum,Subg.Dermocybe,Subg.Anomali,Subg.Telamonia,Subg.Leprocybe六個亞屬,其中Sect.Anomdli是一個獨立的亞屬。在三種分析方法中,貝葉斯分析提供較高的分支后驗概率,鄰接法和最大似然法中每個序列的分支支持率都不是很高;貝葉斯分析提供的分支信息不如鄰接法和最大似然法多,其中最大似然法較鄰接法更優(yōu)。在單個序列的分析中,LSU序列能提供更多的信息。因此建議將LSU序列作為絲膜菌屬真菌分子鑒定及系統(tǒng)發(fā)育分析的主要片段,ITS、SSU序列作為輔助片段,使我們能更好地借助分子數(shù)據(jù)研究絲膜菌屬物種的形態(tài)和生態(tài)學的演變情況。
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圖２．３．１基因ＩＴＳ、ＬＳＵ、ＳＳＵ的引物結合位點，，基于逡逑ｈｔｔｐ：／／ｓｉｔｅｓ．ｂｉｏｌｏｇｖ．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｆｕｎｇｉ／ｍｖｃｏｌａｈ／ｐｒｉｍｃｒｓ．ｈｔｍ邋修改，紅色字體為引物位點逡逑Ｆｉｇ２．３．１邋Ｐｒｉｍｅｒ邋ｂｉｎｇｉｎｇ邋ｓｉｔｅ邋ｏｆ邋ＩＴＳｎ邋ＬＳＵ＞邋ＳＳＵ，邋ｂａｓｅｄ邋ｏｎ逡逑ｈｔｔｎ：／／ｓｉｔｅｓ．ｂｉｏｌｏｇ＼．ｄｕｋｅ．ｅｄｕ／ｆｕｎｇｉ／ｍｖｃｏｌａｈ／ｐｒｉｎｉｅｒｓ．ｈｔｍ逡逑１）邋ＰＣＲ體系參數(shù)優(yōu)化逡逑①模板濃度的確定：在ＰＣＲ反應中，樣品ＤＮＡ的濃度和純度會影響后續(xù)的進行。使用ＣＴＡＢ法提取的樣品ＤＮＡ濃度一般都比較高，用于ＰＣＲ反應的逡逑ＮＡ模板都需要進行稀釋，通常用做模板的ＤＮＡ濃度需要在２００ｎｇ／ｕＬ左右。逡逑②最佳退火溫度確定：隨機抽取Ｃｌ、Ｃ９、Ｃ１６、Ｃ２６、Ｃ３１號樣品ＤＮＡ為逡逑增模板，在退火溫度為５３°Ｃ、５４°Ｃ、５５°Ｃ、５６°Ｃ、５７°Ｃ的條件下分別擴X椕扛鰣義掀返模桑裕有蛄校輝諭嘶鷂露齲擔

本文編號：2671596