【摘要】：蛋白質(zhì)翻譯后修飾是計(jì)算生物領(lǐng)域最重要的問(wèn)題之一,通過(guò)將碳、氧、氮原子上引入乙酰基CH3CO-,以及功能基團(tuán)添加到一個(gè)及以上的氨基酸上改變蛋白質(zhì)的性質(zhì)的反應(yīng)被稱(chēng)為乙�；Ｒ阴；恢币詠�(lái),是最重要的翻譯后修飾之一,在許多生物機(jī)制中發(fā)揮重要作用,例如轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)機(jī)制,細(xì)胞凋亡以及細(xì)胞的因子信號(hào)傳導(dǎo)。研究某個(gè)氨基酸殘基是否會(huì)發(fā)生乙�；磻�(yīng),以及對(duì)乙�；瘷C(jī)制的探索和學(xué)習(xí)對(duì)理解細(xì)胞的遺傳信息表達(dá)、生物機(jī)理的調(diào)控有重要意義。用于鑒定蛋白質(zhì)乙�；稽c(diǎn)的現(xiàn)有方法可以分為兩大類(lèi):質(zhì)譜法和計(jì)算方法�；谫|(zhì)譜的實(shí)驗(yàn)方法可以發(fā)現(xiàn)來(lái)自真核生物的乙酰化位點(diǎn),但是可能耗時(shí)且昂貴。因此,有必要開(kāi)發(fā)能夠有效且準(zhǔn)確地鑒定蛋白質(zhì)乙酰化位點(diǎn)的計(jì)算方法�，F(xiàn)有的計(jì)算方法通常依賴(lài)特征工程,數(shù)據(jù)收集、特征提取的好壞嚴(yán)重影響乙�；稽c(diǎn)判斷的準(zhǔn)確,多余的特征和不相關(guān)的特征將分別導(dǎo)致冗余和判斷失誤�；谶@些問(wèn)題,本文使用深度學(xué)習(xí)框架幫助乙酰化位點(diǎn)預(yù)測(cè),它能夠通過(guò)多層網(wǎng)絡(luò)和非線性映射操作從大規(guī)模訓(xùn)練數(shù)據(jù)集挖掘潛在特征。在這項(xiàng)研究中,本文提出了雙模型深度學(xué)習(xí)架構(gòu)幫助乙酰化位點(diǎn)的預(yù)測(cè)。首先從蛋白質(zhì)賴(lài)氨酸修飾數(shù)據(jù)庫(kù)(PLMD)中收集數(shù)據(jù),包括泛物種乙�；瘮�(shù)據(jù)以及三個(gè)物種的乙酰化數(shù)據(jù),并劃分為訓(xùn)練集、驗(yàn)證集和獨(dú)立測(cè)試集。再?gòu)臄?shù)據(jù)中提取兩類(lèi)特征,一是蛋白質(zhì)序列信息,二是理化屬性。針對(duì)兩類(lèi)特征,先訓(xùn)練了兩個(gè)不同的網(wǎng)絡(luò),再將兩個(gè)網(wǎng)絡(luò)融合增加預(yù)測(cè)位點(diǎn)的準(zhǔn)確性,并使用貝葉斯方法進(jìn)行調(diào)參優(yōu)化。為了預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)集規(guī)模較小的物種特異性數(shù)據(jù),利用遷移學(xué)習(xí),將網(wǎng)絡(luò)遷移到特定物種數(shù)據(jù)集上進(jìn)行乙�；稽c(diǎn)預(yù)測(cè),也取得了好的效果。實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示了本文網(wǎng)絡(luò)的有效性,準(zhǔn)確率為70.8%,敏感性為72.3%,特異性為70.7%,MCC值為0.251。在物種特異性數(shù)據(jù)上也取得了比其他工具好的表現(xiàn),說(shuō)明本網(wǎng)絡(luò)可以適用于乙�；稽c(diǎn)預(yù)測(cè)。
【圖文】：

蛋白質(zhì)乙�；揎椷^(guò)程

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【學(xué)位授予單位】：東北師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類(lèi)號(hào)】：Q811.4;TP18

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本文編號(hào)：2655587