【摘要】：研究珊瑚鈣化機(jī)制和白化機(jī)制對(duì)保護(hù)和恢復(fù)珊瑚礁極其重要。本研究使用PCR和RACE技術(shù)擴(kuò)增了稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)Gagalaxin mRNA全長(zhǎng);體外原核表達(dá)后,通過pull down技術(shù)檢測(cè)與Galaxin蛋白互作的蛋白,利用生信分析Gagalaxin結(jié)合蛋白的功能并推測(cè)Gagalaxin的功能;其次,挖掘Gene Expression Omnibus(GEO)數(shù)據(jù)庫中的珊瑚白化過程差異表達(dá)基因(DEGs)從而了解高溫對(duì)珊瑚白化的影響,利用Protein-protein interaction(PPI)互作圖分析DEGs與Gagalaxin以及Gagalaxin結(jié)合蛋白的關(guān)系。本文旨在研究珊瑚Gagalaxin基因在珊瑚鈣化和白化過程中的作用。結(jié)果如下:1、稀杯盔形珊瑚的Gagalaxin mRNA(GenBank號(hào):MF063014.1)全長(zhǎng)1492 bp,包括41 bp 5'UTR,419 bp 3'UTR和1032 bp CDS,共編碼343個(gè)氨基酸(AA),富含雙胱氨酸重復(fù)序列;預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)Gagalaxin蛋白有兩個(gè)內(nèi)部重復(fù)結(jié)構(gòu),且該蛋白N端1-22號(hào)位置為信號(hào)肽區(qū)域;該Gagalaxin的起始密碼子至PolyA內(nèi)存在長(zhǎng)度為2100 bp的內(nèi)含子;多序列比對(duì)結(jié)果顯示,該基因在鹿角和盔形珊瑚屬內(nèi)變異很小而屬間變異較大。2、合成不含信號(hào)肽區(qū)域的Gagalaxin序列與GST標(biāo)簽重組后經(jīng)原核表達(dá)成功;采用終濃度為0.5 mM的異丙基硫代半乳糖苷(IPTG)誘導(dǎo)后重組蛋白表達(dá)量明顯提高(37℃誘導(dǎo)4 h)。3、Pull down實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示,有明顯與Gagalaxin結(jié)合的蛋白,8條蛋白條帶質(zhì)譜中只有2個(gè)Gagalaxin結(jié)合蛋白能成功與稀杯盔形珊瑚轉(zhuǎn)錄組匹配,分別為:Suppressor of Mek1(可能來源于單細(xì)胞雙鞭毛藻)和Coadhesin-like protein。4、在GSE16151中共檢測(cè)出107個(gè)DEGs,對(duì)照組和輕微白化組之間共檢測(cè)出37個(gè)DEGs,在對(duì)照組和完全白化組之間共檢測(cè)出98個(gè)DEGs,這些DEGs主要與細(xì)胞信號(hào)/轉(zhuǎn)錄,細(xì)胞骨架/細(xì)胞外基質(zhì)蛋白,DNA復(fù)制/周期/增殖,核糖體相關(guān);Suppressor of Mek1,Gagalaxin和Coadhesin-like蛋白在STRING中沒有匹配成功;DCAF13、DKC1和CCT7蛋白位于蛋白互作網(wǎng)絡(luò)圖的關(guān)鍵位置。
【圖文】：

圖 2-1 稀杯盔形珊瑚 Gagalaxin mRNA 和氨基酸序列Fig. 2-1 Nucleotide and deduced amino acid sequence of Gagalaxin in G. astreataExPASy 在線分析結(jié)果顯示，稀杯盔形珊瑚的 Gagalaxin 基因 CDS 序列的分子量為 34.76217 kDa，理論等電點(diǎn)為 4.95。親水性(GRAVY)的總平均值為 0.859；預(yù)測(cè)顯示該蛋白 N 端有一段高度疏水區(qū)域，，推測(cè)可能是跨膜區(qū)域。

圖 2-1 稀杯盔形珊瑚 Gagalaxin mRNA 和氨基酸序列Fig. 2-1 Nucleotide and deduced amino acid sequence of Gagalaxin in G. astreatPASy 在線分析結(jié)果顯示，稀杯盔形珊瑚的 Gagalaxin 基因 CDS 序列的6217 kDa，理論等電點(diǎn)為 4.95。親水性(GRAVY)的總平均值為 0.859；白 N 端有一段高度疏水區(qū)域，推測(cè)可能是跨膜區(qū)域。
【學(xué)位授予單位】：廣東海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：Q953

【相似文獻(xiàn)】

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1 袁吉貴;稀杯盔形珊瑚Gagalaxin基因的功能分析[D];廣東海洋大學(xué);2019年

本文編號(hào)：2642854