蘿卜(Raphanussativus L.)是原產(chǎn)于我國(guó)的一種重要十字花科根菜類(lèi)蔬菜作物,具有較高營(yíng)養(yǎng)和藥用價(jià)值。單核苷酸多態(tài)性(SNP)是基因組中特定位點(diǎn)單個(gè)核苷酸的變異,SNPs在生物基因組中分布廣泛且數(shù)量巨大,且SNP標(biāo)記已越來(lái)越廣泛地被應(yīng)用于基因定位、圖位克隆及標(biāo)記輔助選擇等研究。新一代測(cè)序(NGS)技術(shù)可高效獲得大量可信轉(zhuǎn)錄序列,可為SNPs的鑒定及SNP標(biāo)記大規(guī)模開(kāi)發(fā)提供可靠序列來(lái)源。目前,基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序進(jìn)行SNP標(biāo)記開(kāi)發(fā)的方法已成功應(yīng)用于水稻、小麥、白菜和甘藍(lán)等作物的遺傳育種研究中,且較二代分子標(biāo)記顯示出巨大優(yōu)勢(shì)。但該方法在蘿卜中的應(yīng)用還未見(jiàn)報(bào)道,致使蘿卜遺傳育種可用分子標(biāo)記數(shù)量遠(yuǎn)少于其它作物。鑒于此,本研究以蘿卜轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的大量unigenes為基礎(chǔ),利用生物信息學(xué)方法鑒定出大量SNPs,進(jìn)而根據(jù)SNP位點(diǎn)信息開(kāi)發(fā)CAPS/dCAPS標(biāo)記,并應(yīng)用于蘿卜遺傳多樣性分析和種質(zhì)鑒定。取得主要研究結(jié)果如下:1.將‘NAU-LB’經(jīng)Illumina測(cè)序獲得的短序列與參考轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行序列比對(duì),成功檢索到位于 10,775 條 unigenes 上的 56,809 個(gè) SNPs。其...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－２?ｄＣＡＰＳ標(biāo)記原理圖??斜體加粗字母代表突變堿基；斜體、加粗、下劃線字母代表引入的錯(cuò)配堿基??Ｆｉｇ．?１－２?Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ?ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ｔｈｅ?

變的ＳＮＰｓ。ｄＣＡＰＳ標(biāo)記中，通過(guò)在引物中引入一個(gè)或多個(gè)錯(cuò)配堿基，而將包含ＳＮＰ??位點(diǎn)的限制性內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)引入到ＰＣＲ產(chǎn)物中，再利用限制性內(nèi)切酶消化酶切產(chǎn)??物，通過(guò)凝膠電泳結(jié)果來(lái)判斷ＳＮＰｓ的有無(wú)（Ｎｅｆｆ?ｅｔａｌ．，?１９９８）。該標(biāo)記原理如圖１－２??所示，由于酶的....

圖２－４不同ＣＡＰＳ引物在４個(gè)基因型蘿卜中的擴(kuò)增酶切結(jié)果??

根據(jù)表２－３各限制性內(nèi)切酶出現(xiàn)頻次，結(jié)合各種酶的通用性，對(duì)ＳＮＰｓ引起ＩＩＩ、??￡ｃｏＲＩ、／／ａｅｌｌｌ、７＾１、所紅１、Ｕａｌ、＆／１、Ｐ對(duì)?Ｉ?和?＜ＳａｃＩ?這?１０?種限制性??內(nèi)切酶識(shí)別位點(diǎn)改變的序列設(shè)計(jì)ＣＡＰＳ引物。這１０種酶的理論可用次數(shù)如圖２－４所示，??共設(shè)....

圖２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８?jìng)�(gè)基因型蘿卜中的擴(kuò)增酶切結(jié)果??

ＳＮＰ位點(diǎn)處的堿基不同。為驗(yàn)證ＣＡＰＳ標(biāo)記開(kāi)發(fā)的準(zhǔn)確性，共用１０對(duì)引物擴(kuò)增并克??隆測(cè)序了?２０條序列，結(jié)果表明，每對(duì)組合兩條序列在ＳＮＰ位點(diǎn)處的堿基均不同，部??分測(cè)序結(jié)果如圖２－８所示。??■?．?ｊ?．??Ａ?Ｇ?Ｇ?ＡＴ?Ｃ?Ｃ?Ａ?Ａ?Ａ?Ａ?Ｔ?Ｇ?Ａ?Ｇ?Ｃ?Ｃ?Ａ....

圖2-7CAPS引物SNP位點(diǎn)測(cè)序結(jié)果

．．?．■丨＜（，＾＾壓?＇??＇＂；，?＇－Ｉ?＂??ＡＢＣ??圖２－６不同ｄＣＡＰＳ引物在８?jìng)�(gè)基因型蘿卜中的擴(kuò)增酶切結(jié)果??１－８：不同基因型蘿卜；Ａ－Ｃ：＆／Ｉ、Ｍｎｆｌ和ｉｆｏｅｌｌｌ酶切結(jié)果??Ｆｉｇ．?２－６?Ｄｉｇｅｓｔｉｏｎ?ｒｅｓｕｌｔｓ?ｏｆ?ＰＣＲ?ｐｒｏｄ....

本文編號(hào)：3964888