轉(zhuǎn)座子是基因組中可移動(dòng)的序列,由于轉(zhuǎn)座子的存在,真核生物擁有動(dòng)態(tài)基因組�；谄渚幋a轉(zhuǎn)座酶的能力,轉(zhuǎn)座子可分為自主性轉(zhuǎn)座子和非自主性轉(zhuǎn)座子,非自主轉(zhuǎn)座子失去獨(dú)立轉(zhuǎn)座能力,但仍可被自主轉(zhuǎn)座元件產(chǎn)生的轉(zhuǎn)座酶識(shí)別而被作為轉(zhuǎn)座底物。盡管很多自主性轉(zhuǎn)座子在進(jìn)化過(guò)程中對(duì)基因組結(jié)構(gòu)的塑造有重要影響,但是大部分基因組包含更多易“增殖”的微型非自主性轉(zhuǎn)座子。微型反向重復(fù)轉(zhuǎn)座元件(Miniature inverted-repeat transposable elements)簡(jiǎn)稱MITE就是這樣一類轉(zhuǎn)座子,它廣泛存在于真核基因組中,擁有較高的拷貝數(shù),對(duì)宿主的基因表達(dá)的調(diào)控及基因組進(jìn)化可能有重要作用,然而對(duì)其相關(guān)的分子調(diào)控機(jī)制研究較少。本研究以光誘導(dǎo)花青素合成野生型和缺陷型津田蕪菁(Brasics rapa subsp.rapa’Tsuda’)為試材,在花青素合成基因啟動(dòng)子區(qū)的多態(tài)性位點(diǎn)處克隆到一個(gè)蕪菁轉(zhuǎn)座子DTM-Brr4,該轉(zhuǎn)座子早前已由軟件預(yù)測(cè)出,但其對(duì)蕪菁特異性狀的影響,其來(lái)源及進(jìn)化,在基因組上的分布及轉(zhuǎn)座特性與功能尚未得到系統(tǒng)研究。本論文首先進(jìn)行回交群體轉(zhuǎn)座子側(cè)翼PCR驗(yàn)證及下游基因表達(dá)模式分析;利...

【文章頁(yè)數(shù)】：65 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 轉(zhuǎn)座子簡(jiǎn)介
        1.1.1 轉(zhuǎn)座子分類及其轉(zhuǎn)座特點(diǎn)
        1.1.2 轉(zhuǎn)座子對(duì)宿主基因組的影響
        1.1.3 轉(zhuǎn)座子的沉默和激活
    1.2 Brassica中轉(zhuǎn)座子的研究進(jìn)展
    1.3 MITE轉(zhuǎn)座子的研究進(jìn)展
        1.3.1 MITE的發(fā)現(xiàn)
        1.3.2 MITE的分布
        1.3.3 MITE的活動(dòng)和增殖
    1.4 本研究的目的及意義
2 蕪菁特異性轉(zhuǎn)座子DTM-Brr4的發(fā)現(xiàn)
    2.1 引言
    2.2 材料與試劑
        2.2.1 試驗(yàn)材料
        2.2.2 試驗(yàn)試劑
    2.3 試驗(yàn)方法
        2.3.1 DNA甲基化的檢測(cè)
        2.3.2 目的片段克隆測(cè)序
        2.3.3 g75突變體群體插入片段基因型檢測(cè)
        2.3.4 花青素合成基因表達(dá)分析
        2.3.5 插入序列的初步比對(duì)分析
    2.4 結(jié)果與分析
        2.4.1 蕪菁花青素積累相關(guān)多態(tài)性位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)
        2.4.2 多態(tài)性位點(diǎn)與蕪菁花青素積累表型的連鎖分析
        2.4.3 多態(tài)性位點(diǎn)與花青素積累關(guān)鍵基因的表達(dá)
        2.4.4 多態(tài)性位點(diǎn)處插入序列的初步比對(duì)分析
    2.5 討論
    2.6 本章小結(jié)
3 蕪菁DTM-Brr4生物信息學(xué)分析
    3.1 引言
    3.2 試驗(yàn)方法
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 DTM-Brr4的序列特點(diǎn)
        3.3.2 DTM-Brr4在十字花科植物中的進(jìn)化分析
        3.3.3 DTM-Brr4蕪菁基因組中的分布
    3.4 討論
    3.5 本章小結(jié)
4 DTM-Brr4的轉(zhuǎn)座活性及功能分析
    4.1 引言
    4.2 材料與試劑
        4.2.1 試驗(yàn)材料
        4.2.2 試驗(yàn)試劑
    4.3 試驗(yàn)方法
        4.3.1 DTM-Brr4在多個(gè)蕪菁重測(cè)序樣本中的拷貝數(shù)差異分析
        4.3.2 DTM-Brr4在蕪菁重測(cè)序樣本中的共有(或穩(wěn)定)位點(diǎn)及側(cè)翼序列分析
        4.3.3 McrBC-PCR法檢測(cè)DTM-Brr4穩(wěn)定位點(diǎn)側(cè)翼序列的甲基化情況
        4.3.4 重亞硫酸鹽克隆測(cè)序法(BS)檢測(cè)基因附近多態(tài)性位點(diǎn)的DTM-Brr4及側(cè)翼序列的甲基化情況
        4.3.5 蕪菁特異小RNA與DTM-Brr4的比對(duì)
    4.4 結(jié)果與分析
        4.4.1 DTM-Brr4在蕪菁中的轉(zhuǎn)座活性分析
        4.4.2 DTM-Brr4在蕪菁中靶向插入保守基序的探索
        4.4.3 DTM-Brr4插入相對(duì)穩(wěn)定位點(diǎn)和非穩(wěn)定位點(diǎn)的的甲基化差異分析
        4.4.4 基因附近DTM-Brr4的內(nèi)部及外側(cè)甲基化情況檢測(cè)
        4.4.5 DTM-Brr4與蕪菁特異小RNA的關(guān)系
    4.5 討論
    4.6 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3861366