香菇是一種深受大眾喜愛的食用菌,其菌絲和子實體的提取物具有多種醫(yī)用價值。為了深入了解從早期菌蕾階段（EBS）,到中期發(fā)育階段（IDS）,再到完全成熟階段（FDS）子實體生長的分子機制,我們進行了從頭轉(zhuǎn)錄組高通量Illumina RNA測序。首先,我們生成了三個分別代表三個相應(yīng)階段的c DNA文庫。然后,從相應(yīng)的文庫中獲得了38,933,148、44,594,472和37,905,646個高質(zhì)量讀段,并將讀段組裝成了25,104個轉(zhuǎn)錄重疊群,其中包含15,199個單基因。我們發(fā)現(xiàn),只有9,331個單基因已在NCBI非冗余蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中有注釋信息。之后,我們通過基因本體論（GO）注釋了4,758個單基因,通過蛋白質(zhì)直系同源集群分析（COGs）注釋了2,921個單基因。我們還通過使用“京都基因和基因組百科全書”（KEGG）將3,995個單基因分別注釋到其參與的代謝途徑。我們在EBS和IDS之間、IDS和FDS之間、EBS和FDS之間分別發(fā)現(xiàn)了399、1,428和1,830個差異表達基因（DEGs）,并在多個代謝信號通路中對應(yīng)上了769個差異基因。有趣的是,只有一部分差異基因的表達與FDS顯著... 

【文章頁數(shù)】：55 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1 組學(xué)
        1.1 基因組學(xué)
        1.2 蛋白質(zhì)組學(xué)
        1.3 代謝組學(xué)
        1.4 轉(zhuǎn)錄組學(xué)
    2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究技術(shù)方法
        2.1 Microarray
        2.2 SAGE
        2.3 MPSS
        2.4 RNA-Seq
    3 香菇
        3.1 香菇簡介
        3.2 香菇中與發(fā)育過程相關(guān)基因的研究進展
        3.3 香菇香味基因的研究進展
        3.4 RNA-Seq技術(shù)在香菇中的應(yīng)用
    4. 研究目的與意義
第二章 實驗材料及方法
    1 實驗材料、器材及試劑
        1.1 實驗材料
        1.2 實驗器材與用具
        1.3 實驗試劑
    2 實驗方法
        2.1 材料準(zhǔn)備
        2.2 轉(zhuǎn)錄組測序
        2.3 Trizol法提取RNA
        2.4 Northern blot
        2.5 反轉(zhuǎn)錄
        2.6 PCR檢測
        2.7 DNA瓊脂糖凝膠電泳
        2.8 Real-time PCR
        2.9 構(gòu)建質(zhì)粒
第三章 結(jié)果
    1 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)處理
        1.1 香菇子實體生長三個階段測序及裝配
        1.2 序列注釋
        1.3 GO、COG和KEGG注釋
        1.4 差異表達基因的分析
    2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)有效性的實驗驗證
        2.1 通過PCR驗證數(shù)據(jù)的有效性
        2.2 通過Real-time PCR驗證數(shù)據(jù)的有效性
        2.3 通過Northern blot驗證數(shù)據(jù)的有效性
    3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的相關(guān)功能分析
        3.1 鮮味物質(zhì)代謝通路中，基因在三個時期的表達量變化情況
        3.2 減數(shù)分裂通路中，基因在三個時期的表達量變化情況
        3.3 脂肪酸代謝通路中，基因在三個時期的表達量變化情況
        3.4 通過基因組和轉(zhuǎn)錄組比對得到基因的外顯子以及內(nèi)含子的結(jié)構(gòu)
第四章 討論
    1 香菇的轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序
    2 與鮮味相關(guān)的 5’核苷酸、天冬氨酸、谷氨酸代謝通路
    3 與香味相關(guān)的不飽和脂肪酸的代謝通路
    4 在早期子實體以及成熟子實體之間減數(shù)分裂相關(guān)基因的表達量不同
第五章 結(jié)論
參考文獻
致謝
在學(xué)期間學(xué)術(shù)成果情況


【參考文獻】：
期刊論文
[1]鮮香菇與干香菇揮發(fā)性風(fēng)味成分的GC-MS分析[J]. 安晶晶,王成濤,劉國榮,楊雪蓮,張小溪,李靖.  食品工業(yè)科技. 2012(14)
[2]香菇子實體形態(tài)分化過程[J]. 馬向東,王明道,鄭姣.  中國食用菌. 2005(01)



本文編號：3681616