基于ACS的AVG功能類似物設(shè)計、合成與生物活性
發(fā)布時間:2022-02-13 10:40
園藝作物采摘后會受到自身以及環(huán)境中乙烯的影響,導(dǎo)致果實的軟化,貨架期縮短,使商品價值大打折扣。氨氧乙基乙烯基甘氨酸(aminoethoxyvinylglycine,AVG)是近年來發(fā)現(xiàn)的一種乙烯合成抑制劑,它能夠阻斷SAM進(jìn)攻PLP輔因子,抑制乙烯的合成。AVG合成成本高,發(fā)酵產(chǎn)率低,極大地限制了它的推廣應(yīng)用。本研究基于番茄ACS “1IAY”和蘋果ACS “1YNU”設(shè)計合成AVG功能類似物,并初步測定了其對櫻桃番茄和蘋果的保鮮活性,有望研究開發(fā)一類新的乙烯合成抑制劑。主要結(jié)果如下:1.以打分函數(shù)預(yù)測活性,篩選合成了 17個AVG功能類似物。通過核磁,高分辨質(zhì)譜確證其結(jié)構(gòu),并初步篩選了目標(biāo)化合物對櫻桃番茄和蘋果保鮮活性的影響。結(jié)果發(fā)現(xiàn),化合物2c、2e、2i、2h和2n等五個化合物對櫻桃番茄的保鮮有較高的活性,其中2n效果最好,在貯藏后第6 d果實硬度還保持在8.05 kg.cm2,乙烯釋放量僅為9.13 nL·mL-1·h-1;衔2c、2i和2j對蘋果果實具有較高的保鮮活性。預(yù)測結(jié)果與活性初篩數(shù)據(jù)基本一致。2.以綠熟期櫻桃番茄為試驗材料,測定了不同AVG濃度處理后貯藏過程中果實...
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:103 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1?PLP輔因子與SAM,?AVG和目標(biāo)化合物結(jié)構(gòu)??Fig.?2-1?PLP?with?SAM,?AVG?and?title?compounds.??
2.4.2番茄ACS分子對接??2.4.2.1分子對接??如圖2-1所示為將QingHuai等人(Huai?etal.?2001)報道出的番茄ACS(PDB?ID:?1IAY)、??PLP輔因子以及ACC合成抑制劑AVG三元復(fù)合晶體結(jié)構(gòu)導(dǎo)入Sybyl-X2.0中,將配體AVG??提取出來并加氫,保存為llAYJigand,再刪除蛋白中所有水分子,同時為所有的氨基酸加??氫,參數(shù)為“All”“Random”,同時創(chuàng)建對接口袋的方式為“Ligand”,在SurflexDock中將對接??文件設(shè)為“mdb”格式(已經(jīng)創(chuàng)建好的分子表單),在Details中將lIAY_ligand設(shè)為參照分子,??最后取消‘%而1^〔5〇^”計算后進(jìn)行81?'{^-0(^。圖中白色部分表示11八丫的設(shè)定的對接??口袋。??圖2-2?11?AY對接口袋??Fig.?2-2?1IAY?Docking?pocket??2A2.2分子對接結(jié)果分析??首先驗證對接方法的可信度,將配體AVG加氫優(yōu)化后對接到設(shè)定對接口袋中,通過不??斷調(diào)節(jié)對接參數(shù),直到使對接產(chǎn)生的構(gòu)象與復(fù)合物中的構(gòu)象比較接近。Total_Score為總打??分函數(shù)
J??Wm??圖2-5化合物2m-q與1IAY對接結(jié)果示意圖??Fig.?2-5?Compounds?2m-q?and?IIAY?docking?results??注:紅色虛線表示氫鍵,紫色基團(tuán)表示TyrlW,橙黃色基團(tuán)表示PLP輔因子,紅色基團(tuán)表示目標(biāo)化合物,淺藍(lán)色基團(tuán)表示Arg412,??綠色基團(tuán)表示Ala54,其他基團(tuán)為1丨AY活性口袋關(guān)鍵氨越酸。??Note:?The?red?dotted?line?represents?the?hydrogen?bond,?the?purple?group?represents?Tyrl?52,?the?orange?yellow?group?represents?the?PLP??cofactor,?the?red?group?represents?the?target?compound,?the?light?blue?group?represents?Arg412,?the?green?group?represents?Ala54,?the??other?group?is?1?IAY?activity?Pocket?key?amino?acids.??27??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Cu2+質(zhì)量分?jǐn)?shù)對速凍加工蠶豆色澤的影響與分析[J]. 陳惠,唐明霞,宋居易,袁春新,王學(xué)軍,吳浩,邱衛(wèi)池. 農(nóng)產(chǎn)品加工. 2015(03)
[2]基于分子對接技術(shù)對梔子苷衍生物的虛擬設(shè)計[J]. 孫亮亮,吳虹,張亞中,陳建,胡順莉,代苗苗,王偉. 廣東化工. 2014(23)
[3]1-甲基環(huán)丙烯對室溫貯存磨盤柿的保鮮作用[J]. 孫令強(qiáng),李召虎,王倩,段留生. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2005(05)
[4]采前噴布AVG對蘋果貯藏壽命和品質(zhì)的影響[J]. 蕭韻琴. 中國果樹. 1993(02)
碩士論文
[1]N-硝基脲類化合物的合成、生物活性及其3D-QSAR研究[D]. 申曉霞.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[2]艾維激素前體的合成研究[D]. 黃成美.南京理工大學(xué) 2009
本文編號:3623041
【文章來源】:中國農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市211工程院校985工程院校教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:103 頁
【學(xué)位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1?PLP輔因子與SAM,?AVG和目標(biāo)化合物結(jié)構(gòu)??Fig.?2-1?PLP?with?SAM,?AVG?and?title?compounds.??
2.4.2番茄ACS分子對接??2.4.2.1分子對接??如圖2-1所示為將QingHuai等人(Huai?etal.?2001)報道出的番茄ACS(PDB?ID:?1IAY)、??PLP輔因子以及ACC合成抑制劑AVG三元復(fù)合晶體結(jié)構(gòu)導(dǎo)入Sybyl-X2.0中,將配體AVG??提取出來并加氫,保存為llAYJigand,再刪除蛋白中所有水分子,同時為所有的氨基酸加??氫,參數(shù)為“All”“Random”,同時創(chuàng)建對接口袋的方式為“Ligand”,在SurflexDock中將對接??文件設(shè)為“mdb”格式(已經(jīng)創(chuàng)建好的分子表單),在Details中將lIAY_ligand設(shè)為參照分子,??最后取消‘%而1^〔5〇^”計算后進(jìn)行81?'{^-0(^。圖中白色部分表示11八丫的設(shè)定的對接??口袋。??圖2-2?11?AY對接口袋??Fig.?2-2?1IAY?Docking?pocket??2A2.2分子對接結(jié)果分析??首先驗證對接方法的可信度,將配體AVG加氫優(yōu)化后對接到設(shè)定對接口袋中,通過不??斷調(diào)節(jié)對接參數(shù),直到使對接產(chǎn)生的構(gòu)象與復(fù)合物中的構(gòu)象比較接近。Total_Score為總打??分函數(shù)
J??Wm??圖2-5化合物2m-q與1IAY對接結(jié)果示意圖??Fig.?2-5?Compounds?2m-q?and?IIAY?docking?results??注:紅色虛線表示氫鍵,紫色基團(tuán)表示TyrlW,橙黃色基團(tuán)表示PLP輔因子,紅色基團(tuán)表示目標(biāo)化合物,淺藍(lán)色基團(tuán)表示Arg412,??綠色基團(tuán)表示Ala54,其他基團(tuán)為1丨AY活性口袋關(guān)鍵氨越酸。??Note:?The?red?dotted?line?represents?the?hydrogen?bond,?the?purple?group?represents?Tyrl?52,?the?orange?yellow?group?represents?the?PLP??cofactor,?the?red?group?represents?the?target?compound,?the?light?blue?group?represents?Arg412,?the?green?group?represents?Ala54,?the??other?group?is?1?IAY?activity?Pocket?key?amino?acids.??27??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]Cu2+質(zhì)量分?jǐn)?shù)對速凍加工蠶豆色澤的影響與分析[J]. 陳惠,唐明霞,宋居易,袁春新,王學(xué)軍,吳浩,邱衛(wèi)池. 農(nóng)產(chǎn)品加工. 2015(03)
[2]基于分子對接技術(shù)對梔子苷衍生物的虛擬設(shè)計[J]. 孫亮亮,吳虹,張亞中,陳建,胡順莉,代苗苗,王偉. 廣東化工. 2014(23)
[3]1-甲基環(huán)丙烯對室溫貯存磨盤柿的保鮮作用[J]. 孫令強(qiáng),李召虎,王倩,段留生. 中國農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2005(05)
[4]采前噴布AVG對蘋果貯藏壽命和品質(zhì)的影響[J]. 蕭韻琴. 中國果樹. 1993(02)
碩士論文
[1]N-硝基脲類化合物的合成、生物活性及其3D-QSAR研究[D]. 申曉霞.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010
[2]艾維激素前體的合成研究[D]. 黃成美.南京理工大學(xué) 2009
本文編號:3623041
本文鏈接:http://sikaile.net/nykjlw/yylw/3623041.html
最近更新
教材專著