發(fā)布時(shí)間：2021-11-22 07:41

　　龍眼（Dimocarpus longan Lour.）,又名桂圓,是重要的亞熱帶木本果樹,含有豐富的糖、鐵以及蛋白質(zhì),具有食用和藥用價(jià)值。龍眼胚胎發(fā)育與其果實(shí)的產(chǎn)量及品質(zhì)密切相關(guān)�？勺兗艚邮钱a(chǎn)生蛋白質(zhì)多樣性的重要因素,Sm蛋白是一種重要的RNA結(jié)合蛋白,主要包括Sm蛋白和LSm蛋白。一方面,Sm核心蛋白能夠形成多種七聚環(huán)配合物與sn RNPs結(jié)合參與可變剪接體的組裝,在前體m RNA剪接中起作用;另一方面LSm與U6sn RNP屬于非永久結(jié)合,因此比Sm蛋白具有更廣泛的作用。研究表明LSm蛋白能提高植物的抗旱能力,提高植物對(duì)鹽脅迫的敏感性,并且能參與植物的生物鐘調(diào)節(jié)。然而,目前Sm蛋白家族的功能研究主要集中在擬南芥等模式植物,在木本果樹中,尤其是龍眼體胚中尚未見報(bào)道。因此,本研究對(duì)龍眼Sm蛋白進(jìn)行了全基因組鑒定及生物信息學(xué)分析;利用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析該家族的可變剪接（AS）、單核苷酸多態(tài)性（SNP）和插入缺失標(biāo)記（In Del）;參考龍眼基因組,克隆驗(yàn)證了Dl LSm14s全長(zhǎng),并構(gòu)建p CAMBIA1302-Dl LSm14s-GFP載體進(jìn)行亞細(xì)胞定位;利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR（q RT-... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：101 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

DlSm家族啟動(dòng)子順式作用元件分布

第二章龍眼DlSm全基因組鑒定及表達(dá)分析222.6龍眼DlSm家族AS、SNP和InDel分析2.6.1‘紅核子’龍眼NEC和體胚發(fā)生早期DlSm基因家族可變剪接分析通過實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)有的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫篩選了龍眼NEC和體胚發(fā)生早期3個(gè)階段的四種不同剪接事件，包括可變3′剪接（Alternative3′splice，A3SS）、可變5′剪接（Alternative5′splice，A5SS）、內(nèi)含子保留（IntronRetention，IR）以及外顯子跳躍（Exonskipping，ES）。結(jié)果表明（圖2-4A），該家族在NEC階段的AS事件數(shù)量最多（35個(gè)），在ICpEC階段的AS事件數(shù)量最少（23個(gè)）。NEC階段的IR事件顯著高于其他3個(gè)階段，A5SS事件在GE階段數(shù)量最多為9個(gè)，4個(gè)階段的ES事件數(shù)量相同。圖2-4B結(jié)果表明，IR事件在NEC階段所占百分比（49%）最大，同時(shí)也在NEC階段4種AS事件中所占比重最大；除此之外，EC、ICpEC、GE3個(gè)階段的4種AS事件各自所占百分比無明顯差異。圖2-4.龍眼NEC和體胚發(fā)生早期AS事件分布。A：4種剪接事件模式及其在龍眼體胚發(fā)生早期的事件數(shù)。B：AS事件在龍眼NEC、EC、ICpEC、GE的分布情況Fig.2-4DistributionofASeventsinNECandearlySEstagesoflongan.A:foursplicingeventpatternsandtheirnumberofeventsinlonganearlySE.B:distributionofASeventsinlonganNEC,EC,ICpEC,GEstages.

龍眼Sm家族基因鑒定及其在體胚發(fā)生早期中的表達(dá)調(diào)控研究23比較龍眼NEC和體胚發(fā)生早期DlSm家族基因的AS事件分布情況（圖2-5），A3SS事件發(fā)生頻率最大，在4個(gè)發(fā)生階段分別有9、6、5、8個(gè)基因發(fā)生。在NEC階段有14個(gè)基因發(fā)生可變剪接，僅有3個(gè)基因發(fā)生了兩種以上剪接模式的AS事件，其中DlLSm14c四種剪接模式的AS事件均有發(fā)生，其余11個(gè)基因僅發(fā)生一種模式的AS事件；有5個(gè)基因發(fā)生了IR，其中DlLSm1a和DlLSm1b僅在NEC階段發(fā)生IR，該階段單個(gè)基因發(fā)生IR的數(shù)量明顯高于其他類型的AS事件數(shù)，IR的總數(shù)也是幾種模式中最多的（圖2-5A）。而在其他3個(gè)階段，雖然單個(gè)基因發(fā)生IR的數(shù)量明顯多于其他剪接模式的AS事件數(shù),但總體上A3SS的發(fā)生頻率要高于IR。我們還發(fā)現(xiàn)，DlLSm1a和DlLSm1b僅在NEC階段發(fā)生可變剪接，DlLSm6僅在GE階段發(fā)生可變剪接；DlLSm14c、DlLSm14d、DlLSm7a、DlLSm7b、DlSmD2a和DlSmEb在4個(gè)階段均發(fā)生了可變剪接（圖2-5B）。NEC階段，DlLSm14e發(fā)生AS最多（圖2-5A）；ICpEC階段，DlSmD2a發(fā)生AS最多（圖2-5C）；EC和GE階段DlLSm14c發(fā)生AS最多（圖2-5B，D）。隨著體胚發(fā)生，DlLSm14c發(fā)生AS類型逐漸減少，EC中發(fā)生4種類型AS，ICpEC中發(fā)生2種類型AS，GE中僅發(fā)生1種類型AS（圖2-5B-D）。上述結(jié)果表明，NEC階段AS事件大量發(fā)生可能影響導(dǎo)致龍眼體胚發(fā)生，尤其是IR的大量發(fā)生可能起重要作用，而DlLSm14c可能促進(jìn)龍眼EC向GE分化。圖2-5.4種剪接模式在龍眼NEC和體胚發(fā)生早期DlSm家族的分布情況Fig.2-5DistributionoffourtypesofASeventsintheDlSmfamilyoflonganNECandearlySEstages.


本文編號(hào)：3511242