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番茄OFP20基因的克隆及功能初步分析

發(fā)布時(shí)間:2021-11-20 23:54
  番茄(Solanum lycopersicum)是非常重要的蔬菜作物,也是研究果實(shí)發(fā)育、成熟和形狀的模式植物。果實(shí)形狀作為番茄的重要外觀品質(zhì),直接影響果實(shí)的商品價(jià)值。OVATE family proteins(OFPs)是植物特有的蛋白家族,在調(diào)控植物生長發(fā)育尤其是果實(shí)的發(fā)育方面起著非常重要的作用。番茄的OFP家族包含31個(gè)成員,但目前除了OVATE被證明可以調(diào)控番茄果實(shí)的長度之外,其余OFP家族成員中SlOFP20在開花當(dāng)天的花中表達(dá)量最高。為了明確SlOFP20是否在番茄果形調(diào)控方面起作用,本研究克隆了SlOFP20基因,構(gòu)建了SlOFP20的過表達(dá)及沉默表達(dá)載體,并分別遺傳轉(zhuǎn)化番茄,獲得了過表達(dá)轉(zhuǎn)基因株系,初步明確了其在番茄果實(shí)發(fā)育中的作用。主要研究結(jié)果如下:1.生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),SlOFP20的DNA序列無內(nèi)含子,S1OFP20定位在細(xì)胞核中且OVATE結(jié)構(gòu)域位于第259-315個(gè)氨基酸之間。SlOFP20的ATG上游2Kb區(qū)域共有22個(gè)順式作用元件,其中能夠與MYB轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的有1個(gè),能夠參與調(diào)控赤霉素、生長素生物合成的順式作用位點(diǎn)有3個(gè)。2.同源進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn),S1OFP... 

【文章來源】:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】:73 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

番茄OFP20基因的克隆及功能初步分析


圖1?RNA-seq分析570/^20在野生型番茄種LA1589?(A)和栽培種Heinz?(B)中各組織器官及果實(shí)發(fā)育不同時(shí)期的??表達(dá)量(數(shù)據(jù)來源于番前基因組網(wǎng)站https://solgenomics.ne?

序列,文庫,文庫構(gòu)建,有效濃度


先使用Qubit2.0進(jìn)行初步定量,稀釋文庫至庫的插入片段長度(insert?size)進(jìn)行檢測,insert?siz對文庫的有效濃度進(jìn)行準(zhǔn)確定量(文庫有效濃度>2,把不同文庫按照有效濃度及目標(biāo)下機(jī)數(shù)據(jù)量的需學(xué)分析流程??序列(Sequenced?Reads)后,在有相關(guān)物種參考序流程進(jìn)行生物信息分析:??

生物信息學(xué)分析,網(wǎng)站,順式作用元件,流程


圖4生物信息學(xué)分析流程??Fig.4?The?process?of?bioinformatics?analysis??15生物信息學(xué)分析網(wǎng)站??基因組:https://solgenomics.net??I:?https://www.ncbi.nlm.nih.gov??預(yù)測:https://www.predictprotein.org??結(jié)構(gòu):http://gsds.cbi.pku.edu.cn/??子順式作用元件分析:http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/??

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]番茄轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 劉冠,趙婷婷,楊歡歡,張冬野,姜景彬,李景富,許向陽.  基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2016(10)
[2]番茄基因組學(xué)研究進(jìn)展[J]. 張立慧,王志敏,郭航,呂煥青,安禮渝,湯青林,宋明.  園藝學(xué)報(bào). 2014(09)
[3]蔬菜作物果形研究進(jìn)展[J]. 潘玉朋,孟煥文,陳書霞,李玉紅,申曉青,程智慧.  中國蔬菜. 2013(04)
[4]番茄畸形果的發(fā)生與防治[J]. 常麗,李敏慧.  農(nóng)村科學(xué)實(shí)驗(yàn). 2011(10)
[5]園藝作物果形遺傳研究進(jìn)展[J]. 喬軍,劉富中,陳鈺輝,連勇.  園藝學(xué)報(bào). 2011(07)
[6]番茄心室形成的遺傳規(guī)律初探(英文)[J]. 李悅,李天來,王丹.  遺傳學(xué)報(bào). 2007(11)
[7]番茄畸形果研究進(jìn)展[J]. 趙建鋒,秦進(jìn)華,孫玉東,朱明超,劉友華.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2007(31)
[8]GSDS:基因結(jié)構(gòu)顯示系統(tǒng)[J]. 郭安源,朱其慧,陳新,羅靜初.  遺傳. 2007(08)
[9]植物L(fēng)EAFY同源基因的研究進(jìn)展[J]. 馬月萍,陳凡,戴思蘭.  植物學(xué)通報(bào). 2005(05)
[10]影響番茄花芽分化的因素及與畸形果發(fā)生的關(guān)系[J]. 楊暉,蔣新龍,陳先知.  長江蔬菜. 2005(02)

博士論文
[1]水稻OsOFP轉(zhuǎn)錄因子家族基因克隆與功能分析[D]. 于慧.吉林大學(xué) 2015
[2]控制茄子果型相關(guān)性狀關(guān)鍵基因的克隆及功能研究[D]. 韓洪強(qiáng).上海交通大學(xué) 2014
[3]擬南芥微管結(jié)合蛋白WDL3調(diào)控下胚軸生長的分子機(jī)理[D]. 劉小敏.中國農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]番茄耐寒種質(zhì)低溫脅迫下的轉(zhuǎn)錄組分析及相關(guān)基因功能鑒定[D]. 劉輝.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
[5]水稻粒形、粒重基因GS5及堊白基因Chalk5的克隆與功能研究[D]. 李一博.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011

碩士論文
[1]葡萄果形相關(guān)基因的克隆及功能分析[D]. 宋新新.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[2]擬南芥spe1及da1增強(qiáng)子與抑制子的篩選鑒定[D]. 田媛媛.東北大學(xué) 2010
[3]番茄在中國的傳播及其影響研究[D]. 劉玉霞.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007



本文編號:3508337

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