魔芋是天南星科多年生草本植物,特有的魔芋葡甘露聚糖具有廣泛的應(yīng)用。然而魔芋生活周期較長,影響魔芋有性雜交育種工作的開展。針對魔芋花芽分化的機(jī)制尚不明確這一問題,本研究以花魔芋為試驗(yàn)材料,用二代測序技術(shù)對花芽和葉芽進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和基因功能分析,共獲得61.03 Gb的數(shù)據(jù),組裝后得到184 366條Transcript和95 707條Unigene序列,其中29 685條Unigene注釋成功,占全部Unigene的31.00%。差異基因表達(dá)分析發(fā)現(xiàn),與花芽相比,葉芽中有781個(gè)基因的表達(dá)上調(diào),1 822個(gè)基因的表達(dá)下調(diào)。KEGG信號通路分析發(fā)現(xiàn),35個(gè)基因參與植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路,暗示激素可能在花芽和葉芽的分化過程中發(fā)揮重要作用。本研究為深入開展魔芋花芽分化的分子機(jī)制研究提供了一定的理論基礎(chǔ)。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(16)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

差異表達(dá)基因分析

隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，轉(zhuǎn)錄組測序在研究功能基因組學(xué)、探究代謝途徑等方面發(fā)揮著重要作用(劉紅亮等,2013;Liu et al.,2013)。本研究在沒有參考基因組的情況下，對花魔芋和花芽和葉芽進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序及分析，共獲得了61.03 Gb的數(shù)據(jù)，Transcript和Unigene的N50分別為2 216 bp和1 442 bp,Q30堿基百分比均不小于89.66%，組裝效果較為理想。在后續(xù)的分析中鑒定出6種類型的SSR標(biāo)記和2 603個(gè)差異表達(dá)基因，其中1 822個(gè)基因在花芽中表達(dá)上調(diào)。GO功能分析和KEGG代謝通路分析發(fā)現(xiàn)，差異表達(dá)基因較集中在淀粉和蔗糖代謝通路以及植物激素信號轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。本研究數(shù)據(jù)豐富了魔芋轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫，為進(jìn)一步研究魔芋花芽和葉芽分化及其分子機(jī)制提供了一定的基礎(chǔ)。3 材料與方法

將凍存樣品在液氮中研磨，用TRIzol Reagent(Invitrogen,美國)提取總RNA，分別采用Nanodrop2 000和瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA樣品的純度和質(zhì)量。樣品檢測合格后，構(gòu)建文庫，并用Q-PCR方法對文庫的質(zhì)量進(jìn)行檢驗(yàn)，檢驗(yàn)合格后用Illumina Hi Seq2 000進(jìn)行高通量測序。3.3 測序數(shù)據(jù)處理

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3410511