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基于SCoT、IRAP和SSR分子標(biāo)記的柿屬植物親緣關(guān)系分析

發(fā)布時間:2021-08-29 23:36
  柿(Diospyros kaki Thunb.)屬于柿科(Ebenaceae L.)柿屬(Diospyros L.),柿屬植物在我國栽培歷史悠久,有著較為豐富的柿屬種質(zhì)資源,在我國現(xiàn)已經(jīng)有一千多份柿屬植物品種資源(楊勇等2005);谌绱素S富的種質(zhì)資源,前人對柿屬植物種質(zhì)資源親緣關(guān)系進(jìn)行了部分研究,但是所進(jìn)行的研究所采用的材料大多有限,僅僅是對部分或者一類柿屬種質(zhì)資源進(jìn)行了研究與分析。本實驗在國家柿種質(zhì)資源圃豐富的品種資源的背景下,在前人研究基礎(chǔ)上,選取了柿種質(zhì)資源圃268份柿屬植物材料,利用三種分子標(biāo)記,分別是SCoT、IRAP以及SSR對它們進(jìn)行遺傳多樣性分析以及群體結(jié)構(gòu)分析,并比較三者之間的差異,以期對柿屬資源進(jìn)行全面且系統(tǒng)的研究,為今后柿屬植物遺傳育種工作,優(yōu)質(zhì)資源推廣提供實驗與理論依據(jù)。通過本次試驗,主要獲得以下結(jié)果:1.通過計算SCoT、IRAP和SSR三種分子標(biāo)記多態(tài)性條帶比率發(fā)現(xiàn)三種分子標(biāo)記方法多態(tài)性水平都比較高,利用NTsys-pc 2.01軟件對三種分子標(biāo)記數(shù)據(jù)進(jìn)行分析分別得到268份柿屬材料的遺傳矩陣以及它們的遺傳系數(shù),并利用UPGMA方法對其進(jìn)行聚類分析,聚類... 

【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:65 頁

【學(xué)位級別】:碩士

【部分圖文】:

基于SCoT、IRAP和SSR分子標(biāo)記的柿屬植物親緣關(guān)系分析


按世界區(qū)域劃分的2006年至2016年的柿累計產(chǎn)量份額Fig.1-1Productionshareofpersimmonsbyregionfrom2006to2016

襄汾,柿屬,樣品,轉(zhuǎn)錄組


圖 2-1 樣品“襄汾七月紅”在 DKES11 處擴增產(chǎn)物的毛細(xì)管電泳圖譜Fig.2-1 Capillary electropherogram of obtained in locus DKES11 of “xiangfenqiyuehong”.3.4 柿屬植物種間比較轉(zhuǎn)錄組分析基于單拷貝同源基因?qū)?9 種柿屬植物的進(jìn)化樹構(gòu)建。首先對上述 9 份材料分別

散點圖,主坐標(biāo)分析


圖 3-4 a.SCoT 主坐標(biāo)分析 b. IRAP 主坐標(biāo)分析 c.SSR 主坐標(biāo)分析Fig. 3-4 a.SCoT Principal Component Analysis b. IRAP Principal Component Analysis c.SSR PrincComponent Analysis3.5 群體結(jié)構(gòu)(Structure)分析從聚類圖和 PCoA 散點圖可以直觀的看出不同材料間的分類關(guān)系,但是柿屬植是否存在基因交流,是否有雜交現(xiàn)象并無法得知,所以為了明確這 268 份材料的成,判斷它們之間是否存在基因交流,使用 Structure2.3.4 軟件對其 0-1 數(shù)值矩陣體結(jié)構(gòu)分析,判斷個體間的 “混血程度”,該方法需要先假設(shè)群體由若干亞群(K成,再通過模擬算法找出在 K=X 的情況下,最為合理的樣本分類方法。最后再次模擬的最大似然值,找出最佳 K 值(Falush, et al. 2003)。

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
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博士論文
[1]柑橘亞科植物系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)及野生枸櫞、宜昌橙譜系地理學(xué)研究[D]. 楊曉明.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
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[3]柿(Diospyros kaki Thunb.)優(yōu)良品種AFLP指紋圖譜構(gòu)建及遺傳多樣性研究[D]. 王文江.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2004

碩士論文
[1]四川特異性資源德陽柿的觀測與鑒定[D]. 張永芳.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2016
[2]柿及其近緣種親緣關(guān)系及柿品種遺傳多樣性的研究[D]. 梁晉軍.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2015
[3]甜瓜種質(zhì)遺傳多樣性分析及核心種質(zhì)構(gòu)建[D]. 蘇艷.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[4]枇杷屬植物的遺傳多樣性分析和指紋圖譜初步構(gòu)建[D]. 龍治堅.西南大學(xué) 2013
[5]浙江省柿農(nóng)家品種SSR親緣關(guān)系分析與鑒別[D]. 熊春艷.中國林業(yè)科學(xué)研究院 2013
[6]78份杧果種質(zhì)指紋圖譜構(gòu)建[D]. 應(yīng)東山.海南大學(xué) 2012



本文編號:3371599

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