基于轉(zhuǎn)錄組和共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析的玫瑰類(lèi)黃酮和萜類(lèi)生物合成相關(guān)基因研究
發(fā)布時(shí)間:2021-08-14 17:17
薔薇屬落葉灌木玫瑰(Rosa rugosa)因其花形優(yōu)雅、色彩豐富和富含植物精油的特點(diǎn)成為具有重要研究?jī)r(jià)值的經(jīng)濟(jì)花卉。類(lèi)黃酮是和玫瑰花色緊密相關(guān)的次生代謝產(chǎn)物,萜類(lèi)物質(zhì)則與玫瑰精油和花香形成有關(guān),因此研究玫瑰類(lèi)黃酮和萜類(lèi)生物合成的相關(guān)基因及其代謝調(diào)控網(wǎng)絡(luò)顯得至關(guān)重要。目前玫瑰缺乏合適的參考基因組和對(duì)應(yīng)的基因信息,本研究首先對(duì)實(shí)驗(yàn)室已有的’紫枝’玫瑰基因組組裝版本進(jìn)行全基因組基因注釋,鑒定類(lèi)黃酮、萜類(lèi)合成通路結(jié)構(gòu)基因,再在基因結(jié)構(gòu)信息的輔助下分析不同器官不同時(shí)期的RNA-seq數(shù)據(jù),最終通過(guò)WGCNA構(gòu)建玫瑰基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),篩選對(duì)類(lèi)黃酮、萜類(lèi)合成具有調(diào)控作用的潛在基因。主要的研究結(jié)果如下:1.從’紫枝’玫瑰鑒定出58462個(gè)編碼蛋白的基因和1943個(gè)tRNA,并統(tǒng)一命名:同時(shí)鑒定出413個(gè)MYB、177個(gè)bHLH、447個(gè)WD40轉(zhuǎn)錄因子并完成MYB亞家族分類(lèi),和擬南芥、薔薇科其他5個(gè)物種(草莓、蘋(píng)果、梨、梅花、桃)比較發(fā)現(xiàn)3個(gè)轉(zhuǎn)錄因子家族擴(kuò)增明顯,3R-MYB和4R-MYB數(shù)目更多;同理,研究類(lèi)黃酮、萜類(lèi)合成相關(guān)結(jié)構(gòu)基因的拷貝數(shù)發(fā)現(xiàn)類(lèi)黃酮結(jié)構(gòu)基因數(shù)目保守,均不存在F3’5’H基因,而玫...
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:81 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
植物類(lèi)黃酮生物合月CSaitoetal2013)
2.2.1甲羥戊酸(MVA)途徑??MVA途徑中IPP的生物合成從3種分子之間的轉(zhuǎn)化開(kāi)始,乙酰輔酶A依次??被乙酰乙酰輔酶A硫解酶(acetoacetyl-CoAthiolase,d/6)5/^L4Cr)、輕甲基戊二??酸輔酶?A?合酶(hydroxymethylglutaryl-CoA?synthase,//MGSO、輕甲基戊二酸輔??7??
Fig.?3?Copies?of?genes?related?to?flower?color??in?phenylpropanoid?and?flavonoid?biosynthesis??根據(jù)文獻(xiàn)和KEGG代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)信息,圖4展示萜類(lèi)化合物骨架合成通??路中脫氧隣酸木酮糖途徑7個(gè)基因(ZX¥i\?/.vpD、/ApA’、沖/"'、/SpG、沖//),??甲羥戊酸途徑?6?個(gè)基因(/4/〇凡A^、AW/C/M/VJ)和/L>/、??GG八S'的拷貝數(shù),發(fā)現(xiàn)蘋(píng)果中沒(méi)有/少C拷貝,梨不存在/以基因,同時(shí)玫瑰中??HMC況拷貝數(shù)達(dá)到19個(gè)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]國(guó)產(chǎn)玫瑰精油的化學(xué)成分及香氣特征[J]. 程劼,謝建春,孫寶國(guó). 中國(guó)食品添加劑. 2007(05)
[2]玫瑰精油提取工藝研究[J]. 馬希漢,王永紅,尉芹,張廣軍. 林產(chǎn)化學(xué)與工業(yè). 2004(S1)
[3]中國(guó)苦水玫瑰油香氣成分的研究[J]. 周?chē)?周小平,趙國(guó)宏,劉紅衛(wèi),丁蘭,陳立仁. 色譜. 2002(06)
[4]植物精油及萜類(lèi)成分的生物活性[J]. 孫凌峰. 江西師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2000(02)
本文編號(hào):3342866
【文章來(lái)源】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】:81 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
植物類(lèi)黃酮生物合月CSaitoetal2013)
2.2.1甲羥戊酸(MVA)途徑??MVA途徑中IPP的生物合成從3種分子之間的轉(zhuǎn)化開(kāi)始,乙酰輔酶A依次??被乙酰乙酰輔酶A硫解酶(acetoacetyl-CoAthiolase,d/6)5/^L4Cr)、輕甲基戊二??酸輔酶?A?合酶(hydroxymethylglutaryl-CoA?synthase,//MGSO、輕甲基戊二酸輔??7??
Fig.?3?Copies?of?genes?related?to?flower?color??in?phenylpropanoid?and?flavonoid?biosynthesis??根據(jù)文獻(xiàn)和KEGG代謝通路數(shù)據(jù)庫(kù)信息,圖4展示萜類(lèi)化合物骨架合成通??路中脫氧隣酸木酮糖途徑7個(gè)基因(ZX¥i\?/.vpD、/ApA’、沖/"'、/SpG、沖//),??甲羥戊酸途徑?6?個(gè)基因(/4/〇凡A^、AW/C/M/VJ)和/L>/、??GG八S'的拷貝數(shù),發(fā)現(xiàn)蘋(píng)果中沒(méi)有/少C拷貝,梨不存在/以基因,同時(shí)玫瑰中??HMC況拷貝數(shù)達(dá)到19個(gè)
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]國(guó)產(chǎn)玫瑰精油的化學(xué)成分及香氣特征[J]. 程劼,謝建春,孫寶國(guó). 中國(guó)食品添加劑. 2007(05)
[2]玫瑰精油提取工藝研究[J]. 馬希漢,王永紅,尉芹,張廣軍. 林產(chǎn)化學(xué)與工業(yè). 2004(S1)
[3]中國(guó)苦水玫瑰油香氣成分的研究[J]. 周?chē)?周小平,趙國(guó)宏,劉紅衛(wèi),丁蘭,陳立仁. 色譜. 2002(06)
[4]植物精油及萜類(lèi)成分的生物活性[J]. 孫凌峰. 江西師范大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2000(02)
本文編號(hào):3342866
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