發(fā)布時間：2021-08-11 10:47

　　褐斑病、銹病、鐮刀枯萎病等真菌病害是我國草坪草的主要病害,嚴(yán)重影響我國草坪業(yè)的發(fā)展。深入研究病原真菌與草坪草的互作機理是實施病害綜合防治措施的重要基礎(chǔ)。本研究利用草坪草模式生物二穗短柄草的基因組信息,采用計算方法分析幾種草坪草病原真菌與二穗短柄草之間的蛋白互作關(guān)系（protein-protein interaction, PPI）,以期為病原真菌與草坪草的互作研究奠定基礎(chǔ)。主要獲得如下結(jié)果：基于共進化法（Interolog法）和結(jié)構(gòu)域互作法（DDI法）的計算方法,獲得禾草離蠕孢（Bipolaris sorokiniana）-二穗短柄草（Brachypodium distachyon） （BS-BD）、立枯絲核菌（Rhizoctonia solani）-二穗短柄草（RS-BD）、鐮刀枯萎菌（Fusarium graminearum）-二穗短柄草（FG-BD）及禾柄銹菌（Puccinia graminis）-二穗短柄草（PG-BD）的跨物種蛋白互作組,分別包括109050、29297、109315和86498個互作對。經(jīng)數(shù)據(jù)過濾后,獲得高支持度的BS-BD、RS-BD、FG-BD和PG-B... 

【文章來源】：福建農(nóng)林大學(xué)福建省

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
1 引言
    1.1 草坪草真菌病害研究概況
        1.1.1 病害調(diào)查
        1.1.2 病原真菌的致病機理及草坪草的防御響應(yīng)
        1.1.3 病害防治
    1.2 病原真菌與植物互作機理研究
        1.2.1 病原真菌與植物互作的形態(tài)學(xué)變化
        1.2.2 病原真菌與植物互作的生理生化變化
        1.2.3 病原真菌與植物互作的分子機理
        1.2.4 病原真菌與二穗短柄草的互作研究
    1.3 蛋白質(zhì)相互作用的研究
        1.3.1 蛋白質(zhì)相互作用的研究方法
        1.3.2 跨物種蛋白互作的預(yù)測
    1.4 本研究目的和意義
2 材料與方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
        2.1.1 病原真菌與二穗短柄草的全基因組數(shù)據(jù)來源
        2.1.2 作預(yù)測方法的相關(guān)數(shù)據(jù)來源
        2.1.3 互作蛋白的GO注釋信息來源
        2.1.4 二穗短柄草物種內(nèi)蛋白互作數(shù)據(jù)來源
    2.2 實驗方法
        2.2.1 病原真菌分泌蛋白的篩選
        2.2.2 病原真菌與二穗短柄草的跨物種蛋白互作預(yù)測
        2.2.3 蛋白互作網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與節(jié)點分析
        2.2.4 二穗短柄草物種內(nèi)互作網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點連接度和介數(shù)分析
        2.2.5 病菌效應(yīng)子的預(yù)測及效應(yīng)了相關(guān)子網(wǎng)絡(luò)分析
3 結(jié)果與分析
    3.1 病原真菌與二穗短柄草的跨物種PPI預(yù)測與分析
        3.1.1 病原真菌分泌蛋白及其與寄主蛋白的互作情況
        3.1.2 高支持度預(yù)測結(jié)果的網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與分析
    3.2 二穗短柄草物種內(nèi)PPI網(wǎng)的病菌靶標(biāo)蛋白分析
        3.2.1 病菌靶標(biāo)蛋白是二穗短柄草PPI網(wǎng)的關(guān)鍵節(jié)點
        3.2.2 病菌靶標(biāo)蛋白的生物學(xué)功能多樣
        3.2.3 病菌靶標(biāo)蛋白互作子網(wǎng)絡(luò)的模塊化分析
    3.3 病菌與二穗短柄草的重要互作蛋白對分析
        3.3.1 病菌致病因子與二穗短柄草蛋白的互作
        3.3.2 病菌候選效應(yīng)子與二穗短柄草防御相關(guān)蛋白的互作
4 討論
    4.1 病原真菌與寄主之間的蛋白互作預(yù)測
    4.2 預(yù)測結(jié)果的功能富集分析
    4.3 病原真菌致病因子與二穗短柄草的互作
5 小結(jié)及展望
    5.1 小結(jié)
    5.2 展望
參考文獻
附表1 基于Interolog法的高可信度互作預(yù)測結(jié)果(部分)
附表2 基于DDI法的高可信度互作預(yù)測結(jié)果(部分)
附表3 Interolog法和DDI法共有的高可信度互作預(yù)測結(jié)果(部分)
附表4 過濾前的互作網(wǎng)絡(luò)中二穗短柄草蛋白的KEGG富集分析結(jié)果(部分)
附圖1 病菌靶標(biāo)蛋白互作子網(wǎng)絡(luò)的模塊


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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[2]玉米與紋枯病菌互作蛋白的系統(tǒng)篩選[D]. 史軍偉.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
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本文編號：3336025